Ждали вскрытия моря, делая запасы из охотничьей добычи, мастерили к вельботу полозья, и все же с первой попытки уйти по воде, пробиться не удалось из-за массы мелкого льда. Вышли в море 18 июля, и сразу на них обрушился густой снегопад. В своем отчете об этой экспедиции Колчак писал:
«Мне никогда не приходилось видеть такой массы снега во время арктического лета; снег шел не переставая, густыми хлопьями, заваливая все на вельботе мягким, влажным покровом, который таял в течение дня, вымачивая нас хуже дождя и заставляя испытывать ощущение холода сильнее, чем в сухие морозные дни. Время от времени, для отдыха и чтобы согреться, мы предпринимали высадку на берег. Находя проход в ледяном вале, мы входили в тихую, точно в озере, полосу воды, шириной иногда около кабельтова, и сейчас же садились на мель.
Приходилось влезать всем в воду и тащить, насколько хватало сил, вельбот ближе к берегу. Затем мы переносили палатку и необходимые вещи на берег, разводили костер из плавника, отдыхали и принимались снова бродить по ледяной воде, пока не удавалось вытащить вельбот на глубокое место, где мы ставили паруса и отправлялись дальше. Иногда мы выбирали площадку прямо на торосе и устраивались на ней, предпочитая предпринимать довольно отдаленные экскурсии за плавником на берег, чем перетаскивать вельбот по отмелям». Так колчаковская команда шла вдоль земли Бунге, потом — вдоль острова Фадеевский. Самое трудное все же оставалось впереди: Благовещенский пролив с приливно-отливными течениями, мелями, мощными ледяными заторами. Они преодолели и его, двинувшись наконец по открытому океану к Бен нету.
Море было гладко, но обрушился сплошной туман. Колчаковцы двое суток шли непрерывно. Они заснули после 12-часовой гребли на небольшом ледяном обломке. Ночью он под ними треснул, вельбот чуть не унесло.
Лишь 4 августа эта неимоверно мужественная команда высадилась на остров Беннета и начала его обследовать. Колчак, переходивший залив по льду, провалился в трещину и ушел под воду. Командира вытащили и отогрели. В этих широтах Александр Васильевич продолжал зарабатывать свои будущие многочисленные расстройства здоровья.
Найдя документы, оставшиеся на острове от Толля, выяснили, что барон со спутниками ушел отсюда в начале прошлой зимы. Бережно собрали научные материалы исчезнувших полярников: составленную бароном карту, геологические коллекции. Ушли люди Колчака с Беннета 7 августа.
Лишь 27 августа колчаковцы вернулись к исходному пункту плавания на остров Беннета. На обратном пути им пришлось еще солонее — попали в бурю. Стали искать на берегах Новосибирских островов приметы группы барона Толля вместе со вспомогательной партией. Заложенные здесь год назад продовольственные склады для Толля были нетронуты. Сомнений не осталось: Э. В. Толль со своими товарищами погиб.
Когда Колчак, самоотверженно выполнив свой долг, вернулся в селение Казачье на Яне, он неожиданно встретился здесь со своей невестой Софьей! Она добиралась сюда из лучезарной Италии, с острова Капри, где на отдыхе услыхала безысходные прогнозы о своем женихе.
После ухода экспедиции Колчака в Петербурге склонились вернуть спасателей с гибельного маршрута, но связи с ними уже не было. Узнав об этом, Софья уговорила отца жениха Василия Ивановича ехать к Ледовитому океану. Они взялись доставить провизию экспедиции, ринулись в приполярную Сибирь длинной дорогой на судах, поездах, лошадях, оленях. Своей породой, боевитостью девушка была жениху под стать.
Софья Федоровна Омирова родилась в Каменец-Подольске, недалеко от краев, где русские пленили Колчак-пашу. А непосредственно брал его в плен брат пращура Софьи по материнской линии, екатерининский вельможа фельдмаршал Миних. Со стороны матери Софьи Дарьи Федоровны Каменской был и еще один знаменитый российский воин — генерал-аншеф Берг, разбивший Фридриха Великого в Семилетней войне.
Отец же Софьи, начальник Казенной палаты Каменец-Подольска Федор Васильевич Омиров происходил из духовного сословия, но ушел из бурсы на юридический факультет Московского университета. Был он учеником и другом известного публициста М. Н. Каткова, отличным юристом, в эпоху реформ Александра Второго называли Омирова «маленьким Сперанским». Софья, закончив в Петербурге Смольный институт благородных девиц, знала семь языков, из них английским, французским, немецким владела в совершенстве.
В дни приполярной встречи Софьи с 29-летним Александром Колчаком, который был на два года ее старше, грянула русско-японская война. Они решили не откладывать свою свадьбу. Тронулись из сибирской глубинки в Иркутск, где 5 марта 1904 года обвенчались. В церкви жениха представляли его отец, генерал-майор В. И. Колчак, и другой поручитель — боцман Русской полярной экспедиции со шхуны «Заря» Никифор Алексеевич Бегичев. Молодые пробыли вместе всего несколько дней, Александр Васильевич уже подал рапорт, чтобы его отправили в район боевых действий.
Разлетелись тогда из Иркутска все они. Старший Колчак и его невестка отправились в Петербург ждать Александра с войны, он — в Порт-Артур. Никто из них не мог себе и представить, что именно в этом, «венчальном» Иркутске вознесут Александра Васильевича расстрелом и под терновый венец.
Сурово сложится судьба и у супруги адмирала. Поживет с мужем, рожая ему детей, Софья Федоровна во время его будущей службы на Балтике, потом в Севастополе. После Февральской революции, отъезда мужа по делам в Петроград союзники англичане, занявшие Севастополь, опасаясь, что жена прославленного русского адмирала может попасть в руки немцев или большевиков, переправят ее за границу. До своей смерти в 1956 году, очень бедствуя поначалу, проживет Софья Федоровна во Франции. Единственный оставшийся в живых из детей Колчаков сын Ростислав умрет в 1965 году. Поныне живет в Париже его сын, внук адмирала Колчака Александр Ростиславович.
Прибыв в Порт-Артур во второй половине марта 1904 года, Колчак явился к командующему флотом вице-адмиралу Макарову. Лейтенант просился на миноносец, но адмирал пожалел измотанного двумя арктическими экспедициями офицера и назначил его на крейсер 1-го ранга «Аскольд».
Адмирала Макарова Колчак считал своим учителем. Ударом в самое сердце явилась для него гибель Макарова прямо на глазах всей эскадры 31 марта. Флагманский эскадренный броненосец «Петропавловск» подорвался на мине и мгновенно затонул.
17 апреля Колчак добился перевода на минный заградитель «Амур». Суденышко было незавидное, но верткое. Его командир, лейтенант Колчак, уводил из порта свой корабль ночью в открытое море. Четыре японских транспорта с грузом и войсками пошло ко дну от вылазок «Амура». Его команда дралась вместе с новым капитаном беспощадно.
В конце апреля Колчак командовал уже эскадренным миноносцем «Сердитый». Однако пришлось сойти на берег в госпиталь из-за тяжелого воспаления легких. С июля Александр Васильевич снова стоял на капитанском мостике «Сердитого», хотя к осени стал добивать лейтенанта острый суставной ревматизм. Его он заработал в Арктике вместе с ослабевшими деснами, из которых выпадали зубы. Но командир успел и здесь досадить врагу: на минной банке «Сердитого» взлетел в воздух японский крейсер «Такасаго». За «сторожевую службу и охрану прохода в Порт-Артур, обстреляние неприятельских позиций» Колчак награждается орденом Св. Анны IV степени с надписью «За храбрость».
В сентябре основные бои развернулись на суше. Командир батареи морских орудий Колчак обороняет Порт-Артур на его северо-восточном участке. С ноября он командует сдвоенной батареей у Скалистых Гор. Все последующее время до падения крепости Колчак сражается в кромешной артиллерийской перестрелке, отбивая японских пехотинцев. Его тут снова ранили, и ревматизм валил с ног.
Из дневника А. В. Колчака с 3 по 21 декабря 1904 года:
«С утра началось… обстреливание Орлиного Гнезда. Подходившие резервы несли огромные потери. После полудня сильный артиллерийский огонь по вновь занятым позициям. На Заредутной батарее, на Скалистом кряже японцы… поставили пулеметы… 120-мм сегментными снарядами я разбил бруствер на Заредутной батарее и заставил японцев очистить гребень — в это время японцы уже выбили нас из окопов Орлиного Гнезда и стали взбираться на вершину…