На протяжении столетий интерьер собора несколько раз преобразовывался. Из сохранившихся и поныне является моленное место Ивана Грозного, появившееся в 1551 году, через четыре года после венчания Грозного на царство.
Рядом с Большим Кремлевским дворцом располагается собор Благовещенский — домовая церковь русских великих князей и царей, в котором совершались обряды бракосочетания, крещения детей, ежедневные моления. Строительство собора велось по указанию Ивана III с 1484 по 1489 год. Из летописи узнаем: великий князь «заложил церковь каменну Благовещение Пресвятые Богородицы на своем дворе, а за ней палату заложил».
Новый изящный, на высоком подклете небольшой собор был увенчан тремя главами и окружен открытой галереей-папертью со сходами на Соборную площадь. Во время пожара 1547 года собор пострадал, и при восстановительных работах в шестидесятых годах XVI века галереи-паперти перекрыты сводами, по углам возвели четыре привела в виде небольших церквей: «Александра Невского», «Архангела Гавриила», «Собора Богоматери» и «Входа в Иерусалим». Над центральной частью храма с западной стороны появились еще две маковки, отчего собор стал девятиглавым, а кровля его покрылась золоченой медью, после чего храм стал именоваться «златоверхим».
В 1572 году с юго-восточной стороны собора было пристроено крыльцо с резным полихромным декором из белого камня, а придел в южной паперти превратился в личную молельню Ивана Грозного. В результате чего парадный и живописный облик Благовещенского собора стал соответствовать его прямому назначению — дворцового царского храма.
Четыре мощных крещатых столпа поддерживают устремленные ввысь ступенчатые своды. Важнейшую роль в интерьере играет яшмовый пол, в XVI веке перенесенный из собора Ростова Великого, и один из древнейших высоких иконостасов с иконами XIV–XV и XVI–XIX веков. В двух чинах-ярусах иконостаса центром монументальной композиции, состоящей из девяти икон, является Христос в белоснежных одеждах, восседающий на троне. К Нему с обеих сторон устремлены фигуры святых в молитвенных позах. Иконы деисус-ного чина («деисус» в переводе с греческого «моление») воплощают молитвы о спасении человечества на Страшном суде, где фигура каждого святого воспринимается самостоятельно и самостоятельно несет идею смирения, любви, преданности, душевной ясности или суровой величавости.
Над деисусным чином располагается праздничный чин из пятнадцати икон с изображением основных христианских праздников и событий из жизни Спасителя. Из памятников древнерусской и византийской живописи впечатляют иконы «Богоматерь Одигитрия» и «Спас на престоле» XVI века. А из настенной живописи собора — изображенный в центральной главе «Спас Вседержитель», а в двух других — «Богоматерь» и «Саваоф».
На столпах помещены изображения киевских, владимирских и московских князей: среди них византийский царь Константин и царица Елена, царица Феодора и царь Михаил, киевская княгиня Ольга и князь Владимир, Александр Невский и первый московский князь Даниил Александрович.
Среди композиций наиболее древней является «Троица». В росписи центральной части храма звучит тема княжеского родословия, среди князей изображены Даниил Александрович и Дмитрий Донской, Василий I Дмитриевич, Иван III, Василий Ш.
Как предшественники христианских мудрецов воспроизведены «портреты» греческих философов Платона и Анахарсиса, Гомера с венком на голове и Вергилия в широкополой шляпе и в красной мантии.
Над входом в галерею Симон Ушаков поместил изображение «Спаса нерукотворного».
Строителями Благовещенского собора были псковичи. Они возвели и небольшую одноглавую церковь Ризположения, расположенную с западной стороны Успенского собора. Эта церковь по заказу патриарха Никона стала дворцовой и в отличие от Благовещенского собора отошла к женской половине царской семьи, в связи с чем была соединена переходом с хоромами цариц и царевен. Росписи западной, северной и южной стен ее посвящены Богородице, в связи с посвящением Ей храма, и рассказывают в пятнадцати сценах о Марии, Иоакиме и Анне, о Ее жизни в родительском доме, в храме, о Ее замужестве, рождении Сына Спасителя и об успении.