Основной задачей его становится оснащение Красной Армии самолетами. С поручением, судя по всему, Георгий Максимилианович справляется, так как в сентябре 1943 года удостаивается звания Героя Социалистического Труда. Иными словами, Г. М. Маленков становился признанным лидером технократов и пользовался полной поддержкой большинства военачальников.
По свидетельству Андрея Маленкова, его отец в октябрьские дни 1941 года некоторое время находился в Москве один. Уловив, очевидно, какое-то недоверие в моих глазах, жестко подтвердил: «Да, один, потому что все руководство во главе со Сталиным из Москвы выехало. Сам Сталин отсутствовал десять дней».
А когда Сталин вернулся в Москву, Кремлем была получена телефонограмма из Хабаровска о том, что, по надежным разведданным, Япония не собирается нападать на СССР, свою агрессию она направила на Китай и Юго-Восточную Азию. Это известие сыграло решающую роль в переброске нескольких сибирских дивизий под Москву и в разгроме немцев на подступах к столице.
После войны Маленков с Берия становятся членами Политбюро. Но в августе 1946 года нарком НКГБ В. С. Абакумов на основании шифровок военного времени поставит перед ЦК КПСС вопрос о многочисленных случаях гибели советских самолетов из-за технических неисправностей. Возникает так называемое дело «авиационных работников». Маршал авиации А. А. Новиков, руководитель авиационной промышленности А. И. Шахурин арестовываются. Маленкова удаляют из Секретариата ЦК и в должности заместителя Председателя Совета Министров направляют на хлебозаготовки в Сибирь. На место его выдвинется А. А. Жданов. Заняв пост Маленкова, Жданов за женоподобный образ своего предшественника обзовет «Маланьей». Однако полной победе над Маленковым Абакумову с Берия воспрепятствовал секретарь ЦК КПСС А. А. Кузнецов, курировавший органы безопасности.
В 1949 году на имя Сталина поступает анонимка о якобы фальсификации выборов на объединенной городской и областной конференции коммунистов Ленинграда. В анонимке сообщалось, что ленинградская организация пытается противопоставить себя центру. Сталин поручает Маленкову разобраться с этим на месте. В результате проверки ленинградскую парторганизацию обвинили в сепаратизме; П. С. Попков, А. А. Кузнецов, М. И. Родионов, А. А. Вознесенский были арестованы и расстреляны, а Н. А. Вознесенский отправлен на Урал в телячьем вагоне без зимней одежды, отчего в пути основательно промерз, простудился и умер.
А. А. Жданов в свою очередь был тоже отстранен от руководства. Он умер у себя на даче в возрасте пятидесяти двух лет. После его смерти Маленков взял на себя функции главного идеолога и в 1950–1952 годах стал, по сути, вторым человеком в партии. Узнав о том, что Светлана Сталина по настоянию отца развелась с мужем-евреем Г. Морозом, он настаивает на том, чтобы и его дочь Валя тоже оставила еврея-мужа.
В июне 1951 года старший следователь МГБ Рюмин передал Маленкову записку о том, что в работе следователей по делу врачей им обнаружены подлоги. Маленков передал записку хозяину, а тот поручил ему же создать комиссию по проверке МГБ. Была дана санкция на арест Абакумова. Вместе с тем Маленков будто бы раскрыл огромные финансовые злоупотребления Девятого управления МГБ. Абакумов отрицал свою причастность к заговору врачей, и тогда был отдан приказ арестовать полковника Шварцмана, работника следственной части МГБ, еврея по национальности. Тот показал, что является помощником Абакумова по сионистской организации, в которую входят все высшие офицеры МГБ. На допросе он «признался», что будто бы получил задание от Абакумова создать в Министерстве госбезопасности группу евреев-заговорщиков для разработки террористических акций против членов правительства. Он заявил также, что, будучи гомосексуалистом, был в тесных отношениях с Абакумовым, его сыном и с послом Великобритании в Москве. По распоряжению Сталина были арестованы все ответственные сотрудники-евреи, сотрудники центрального аппарата Министерства госбезопасности, в числе которых оказался и сын Свердлова Андрей.
Готовя эти записки, мне довелось беседовать с людьми, хорошо осведомленными в этом весьма «загадочном деле», но не желающими раскрывать свои фамилии. Один из таких разговоров позволю себе привести ниже в форме вопросов и ответов.
ВОПРОС. Так ли уж были сильны злоупотребления Девятки, что следовало арестовывать начальника личной охраны вождя Н. Власика?
ОТВЕТ. Причиной его отстранения послужило дело врачей. Власика обвинили в том, что он с 1948 года скрывал у себя письмо Лидии Тимашук, где главными обвиняемыми должны были стать Ворошилов, Микоян и Молотов.