По выходе из тюрьмы Василий уедет на встречу со своим сослуживцем, бывшим командиром полка, и попадет в автомобильную катастрофу.
В апреле 1960 года его вернут в Лефортовскую тюрьму «досиживать» восьмилетний срок и выпустят в 1961-м полным инвалидом, с больной печенью и прогрессирующей язвой желудка. Надежда Сталина, дочь Василия, припомнит:
«После смерти И. В. Сталина отец каждый день ожидал ареста. И на квартире, и на даче он был в полном одиночестве. Однажды, вернувшись из школы, я обнаружила пустую квартиру, отца уже увели, а дома шел обыск. Тогда многие документы пропали безвозвратно. Во 2-й Владимирской тюрьме отца содержали под фамилией Василия Павловича Васильева. Я с мамой каждую неделю навещала его. Это были одночасовые встречи в обеденный перерыв. Отец любил наши приезды, очень ждал их. Во время одной из встреч отец утверждал, что суда над ним не было. Часто, когда мы его ожидали, через открытую дверь в коридоре было видно, как его вели. В телогрейке, ушанке, кирзовых сапогах, он шел, слегка прихрамывая, руки за спиной. Сзади конвоир, одной рукой придерживавший ремень карабина, а другой державший палку отца, которую ему давали в комнате свиданий. Если отец спотыкался и размыкал руки, тут же следовал удар прикладом. Он действительно был в отчаянии. В письмах, которые он передавал через нас и посылал официально, постоянно доказывал, что вины его ни в чем нет. Он требовал суда. Но все было бесполезно.
Кстати, после ареста отца я, как обычно, явилась в школу. Но в гардеробе меня встретила директор школы. Сорвав с вешалки пальто и швырнув его мне в лицо, она прокричала: «Иди вон к своему отцу и деду». — «Мне идти некуда! Отец в тюрьме, а дед в могиле!» Но из школы пришлось уйти. Училась я тогда в седьмом классе.
Семь лет, пока отец был в тюрьме, дни тянулись очень медленно. Как-то я сидела вечером одна дома, когда раздался телефонный звонок. Я подняла трубку. Знакомый голос сказал: «Дочка, это я — твой папа, я звоню с вокзала. Скоро буду».
Я так растерялась, что спросила: «Какой папа?» Его ответ я запомнила дословно: «У тебя что, их много? Отец бывает только один».
Через полчаса он приехал с белым узелком и тростью в руках. На другой день он пошел оформлять документы. При выписке паспорта ему предложили принять другую фамилию. Он отказался. После этого его вызвал Шелепин. Разговор был долгий. Вернувшись от него, отец сказал, что он лучше будет жить без паспорта, чем с другой фамилией. Его поселили в гостинице «Пекин», а через некоторое время — на Фрунзенской набережной. Тогда же его осмотрел профессор А. Н. Бакулев. Его вывод был такой: сердце в порядке, печень здорова, единственное, что вызывает опасение, так это болезнь ноги и чрезмерное злоупотребление табаком.
На свободе он пробыл всего два с половиной месяца. За это время мы побывали с ним в санатории, он загорел, чувствовал себя хорошо. Как-то ему передали вино, мы отослали его сестре-хозяйке.
После отдыха его тянуло к работе. Он говорил мне, что хотел бы работать директором бассейна. Такая у него была мечта. Вообще, он был очень добродушный человек. После перевода в Лефортово ограниченность в движении отрицательно сказалась на нем и во многом подточила его здоровье. Что касается автомобильной катастрофы, то, на наш взгляд, она была подстроена. Все это было на моих глазах, когда мы ехали с отцом. После выхода из Лефортова его сразу выслали из Москвы в Казань сроком на пять лет. Дальнейшую связь мы поддерживали с ним по телефону.
18 марта 1962 года он позвонил мне, мы говорили долго. Он очень просил приехать. Встреча, к сожалению, не состоялась. Смерть моего отца до сегодняшнего дня для меня загадка. Заключения о его смерти не было».
Вероятнее всего, Василий был подвергнут аресту на основании решения особого совещания КГБ СССР. Л. П. Берия, после смерти И. В. Сталина завладевший многими личными документами вождя, среди которых, вероятно, имелись досье на членов Политбюро и на самого Л. П. Берия, опасался, что Василий мог об этом знать и в запальчивости проговориться.
А. Н. Шелепин, посетивший Василия в тюрьме после очередного письма, был потрясен его состоянием. После доклада Н. С. Хрущеву последний выразил желание доставить Василия к нему.
В Казани Василий Иосифович жил на улице Гагарина в Ленинском районе в однокомнатной квартире № 105 на последнем этаже пятиэтажного блочного дома.
31 октября 1961 года его застала весть о выносе из Мавзолея тела И. В. Сталина. Личная жизнь сына вождя также не сложилась. После смерти, наступившей 19 марта 1962 года, у него осталось семеро детей: четверо своих и трое приемных.
Он похоронен на Арском (Ершовом) поле-кладбище Казани. В глубине центральной аллеи — первая с левой стороны могила Василия Иосифовича Сталина. На небольшом, из черного мрамора памятнике надпись: «Василий Иосифович Джугашвили. 24 марта 1920—19 марта 1962.