В феврале 1917 года Свердлов уехал в Петроград, а Мрачковский избирается членом Уральского губкома РСДРП (б). После Октября он становится наркомом по управлению Уралом (была тогда такая должность). Вскоре, однако, Троцкий призывает его в Красную Армию и назначает комиссаром Сводной Уральской дивизии.
Боевые действия на Восточном фронте идут с переменными успехами. Белые взяли Пермь, советская власть сосредоточилась в Вятке. Наступившей зимой Мрачковский возглавляет лыжный отряд особого назначения и скрывается в лесах. Троцкий, подтягивая кадры с Урала, назначает Мрачковского членом Реввоенсовета, а Белобородова и Юровского переводит в Москву. Начинается ожесточённая внутрипартийная борьба. Мрачковский постоянно раздражён, он осыпает своих единомышленников упрёками: они изнежились, одрябли, позабыли традиции боевых лет. Он требует активности, конкретных дел. Сталин уже приступил к чистке партийных рядов. Чего ещё ждём? После поражения троцкистского путча его, как и многих, исключают из партии. Издёрганный, неряшливый, он хромает по морозной Москве, вспоминая трудную зиму в уральских лесах. Он частый гость в роскошной квартире Белобородова на улице Грановского — там поселился Троцкий, недавно изгнанный из Кремля. Бывший председатель Реввоенсовета снисходительно выслушивает желчные речи гостя и с усмешкой произносит: «Скоро, скоро, потерпите». Человек действия, Мрачковский организовывает подпольную типографию.
Троцкого высылают в Алма-Ату, Мрачковского с Белобородовым — на Урал, в городишко Уфалей. Оба уральца принимают наказание с затаённой радостью. Родные места, давние связи! Мрачковский разыскивает своих единомышленников — начинаются тайные собрания, вербуются новые сторонники, по ночам на стенах и заборах появляются плакаты: «Требуйте освобождения борца за Октябрьскую революцию!» Однако ОГПУ не чета царской охранке. Мрачковского быстро «установили» и арестовали, поместили в Углический политизолятор. Скрепя сердце, он пишет покаянное письмо в ЦК партии. Власть ещё слишком доверчива и снисходительна, и Мрачковский едет в Ташкент на руководящую работу. Затем он строит железную дорогу Караганда — Боровое, после чего отправляется на строительство Байкало-Амурской магистрали. Троцкий за границей, налаживая связи с врагами СССР, постоянно хвалится своей подпольной организацией. Время от времени ему удаётся послать Мрачковскому весточку. В Москву, на VII Всесоюзный съезд Советов, Мрачковский едет с радостью. Он давно не встречался с товарищами. Ему не терпится узнать обстановку, договориться о дальнейших планах. Тем более, что от Троцкого уже давно не получалось никаких вестей.
Его арестовали и поместили на Лубянку. Следователи замучились с Мрачковским. Этот немолодой колченогий террорист не боялся даже расстрела. Он отказывался отвечать на вопросы, сыпал оскорблениями, а Ежова обложил площадным матом. Его поставили «на конвейер», не давая спать. Он сделался ещё неистовей. Крепкий орешек! Между тем следователи понимали, что из всех арестованных именно Мрачковский опаснее остальных.
В его лице партийное подполье угрожало настоящим террором, т. е. возрождало методы, которыми в своё боевое время большевики так успешно боролись с царизмом.
Не добившись ничего насилием, следствие передало упорного арестанта Слуцкому, начальнику ИНО. В своё время они были близкими товарищами. Но такова судьба-индейка: один оказался обречённым, другой — его палачом. Мрачковский интересовал начальника ИНО необычайно. Удалось установить, что с Мрачковским пытались зачем-то снестись такие «закордонники», как И. Рейсе и В. Кривицкий, агенты-перебежчики, изменники…
Слуцкий, зная неистовый характер своего старого товарища, умело выстроил всю встречу, весь разговор.
Когда Мрачковского ввели в кабинет, он осыпал Слуцкого грязными ругательствами, затем заявил, сжимая кулаки и оскаливая зубы:
— Я ненавижу Сталина, неннавижу! Так и передай ему!
Опытный допросчик, Слуцкий переждал поток ругани и начал задавать малостепенные, незначительные вопросы. Мрачковский продолжал топорщиться. Внезапно зазвонил телефон. Слуцкий, подняв трубку, долго слушал, лишь изредка роняя реплики. Мрачковский понял, что разговор крайне неприятный. Наконец Слуцкий кончил разговаривать и горько повесил голову. «Эх-ма…» — вздохнул он и поднял глаза:
— Вот видишь, — сказал он как бы в забытьи. — Такие вот дела.
Мрачковский ждал, не смея задавать вопросов. Но взгляд его спрашивал: что случилось?