Уже с середины 1949 года Центральный зубровый питомник приступил к выполнению своей основной задачи — разведению животных. Результаты ожидались в 1950 году, и действительно, 11 мая появился на свет первый зубренок, получивший кличку Москвитянин, которого по праву считают первенцем питомника.
Именно с этих событий начал свою деятельность новый резерват. Поначалу он занимал территорию площадью тридцать гектаров, но постепенно расширялся и к концу 1960-х годов увеличился до ста девяносто восьми гектаров, эту площадь он сохранил и до сегодняшнего дня. Число живущих в нем животных с 1949 по 1960 год увеличилось с семи до пятидесяти особей. Именно на уровне пятидесяти пяти зубров и предполагалось поддерживать племенное стадо, а остальных нужно было вывозить в другие пункты разведения и места вольного обитания. Питомник, используя современную терминологию, представлял собой генетический банк, где сохранялся генофонд вида как для создания новых мест обитаний зубра, так и на случай неудач их вселения в новую, зачастую чуждую природную среду.
Питомник рос, однако лишь количественно: увеличивалась его площадь, но еще быстрее ухудшались пастбища, росло количество рождающихся зубрят, но возрастало и число павших животных. Под прессом нерегламентированного выпаса исчезал подрост и подлесок, ухудшался травянистый покров. Сегодня, проходя по центральному коридору питомника, по обе стороны от которого расположены загоны, не только специалист, но и случайный посетитель понимает, насколько трудно зубрам добывать полноценный естественный корм в захламленном лесу, где подрост деревьев и кустарников порой начисто уничтожен, а трава вытоптана животными.
Росла численность зубрового стада — накапливались проблемы, многие из которых не решались десятилетиями. В деятельности Центрального зубрового питомника, взвалившего на себя, кроме конкретной работы по разведению, еще и координацию аналогичных мероприятий в СССР, как в фокусе сконцентрировались прошлые и современные достижения и ошибки в решении всей проблемы сохранения и восстановления зубра. Если не решался какой-то отдельный, казалось бы, частный вопрос, то как снежный ком нарастали новые, отражаясь на состоянии дел не только в питомнике, но и далеко за его пределами.
Начало работы Центрального зубрового питомника совпало с разгулом в биологической науке лысенковщины. К большому сожалению, этот ложный подход активно насаждался в племенной работе с зубрами, став определяющим на многие годы. «Для придания работе по восстановлению зубра производственного масштаба, — писал в 1949 году М. А. Заблоцкий, один из первых заведующих Центральным зубровым питомником, — необходимо параллельно и одновременно с разведением зубров расширять масштабы работы по формированию породы нового зубра — путем поглотительного скрещивания зубра с бизоном». Основанием для проведения подобного мероприятия служили следующие аргументы того же автора: «Всестороннее изучение каждого из животных, полученных в результате поглотительного скрещивания зубра с бизоном (I, II, III поколений) и в результате спаривания животных различных поколений между собой, убедительно показывают, что зубр не укладывается в рамки «гороховых законов» Менделя, «расщепления» признаков зубра и бизона не наступает». Вот почему более тридцати лет в Центральном зубровом питомнике существовала многочисленная группа гибридов (зубробизонов, зубробизонокоров), дававшая ежегодно по несколько телят. В 1950-1960-х годах они были выпущены в природную среду, создав ряд проблем, не разрешимых и до сегодняшнего дня. В последующем всех гибридных зверей просто отстреливали.
Непроизводительная трата материальных ресурсов на разведение не нужных для восстановления вида животных ограничивало темпы воспроизводства чистокровных зубров. Не будь гибридов, число животных, вывезенных из Центрального зубрового заповедника для расселения, увеличилось бы на четверть. Но самое главное — это потенциальная угроза смешения чистокровных зубров с гибридными, что могло уничтожить труд нескольких поколений зуброводов, сохранявших чистоту генофонда вида в невероятно трудных исторических условиях.
Иногда можно слышать, что в послевоенное время оставалось слишком мало чистокровных животных и для страховки разводили гибридов. Это оправдание несостоятельно, так как еще в 1947 году в первом послевоенном издании Международной родословной книги зубров «Pedigree book of the European bison» ее редактор — профессор Ян Жабински писал: «… сейчас, когда мы имеем в нашем распоряжении на 1 января 1947 года 93 чистокровных зубра (из них 50 коров), совершенно нет никакой необходимости рассматривать гибридов как потенциальный резерв для размножения». Лишь в 1982 году Центральный зубровый питомник удалось освободить от гибридов.