Из-за глубокого прорыва конницы Буденного и отсутствия достаточного количества боеспособной кавалерии в Добровольческой армии генерал Врангель в рапорте от 11 (24) декабря 1919 года предложил отвести правый фланг Добровольческой армии на линию река Миус — Новочеркасск, а левый фланг, состоящий из 1-го армейского корпуса А. П. Кутепова, — в Крым. 11 декабря в Ростове состоялось совещание Деникина с Сидориным и Врангелем.
Двадцатого декабря 1919 года (2 января 1920-го) Врангель в связи с расформированием Добровольческой армии был направлен в распоряжение Главнокомандующего. Накануне он отдал прощальный приказ по Добровольческой армии и отбыл в Екатеринодар, где обнаружил, что та же задача по мобилизации казачества была поручена главнокомандующим генералу Шкуро. По словам Раковского, «общая политическая обстановка делала совершенно немыслимым участие генерала Врангеля в этом формировании. Быстро терял свою популярность и генерал Шкуро, авторитет и престиж которого в глазах кубанцев был подорван его приверженностью к Ставке». Действительно, после того, как Врангель сыграл активную роль в разгоне Кубанской рады, его участие в формировании кубанских корпусов могло только отпугнуть казаков.
Советский историк H. E. Какурин тоже отметил связь конфликта Деникина и Врангеля с переформированием Вооруженных сил Юга России: «Намерение советского командования отделить Добровольческую армию от казачьих областей отвечало тайным намерениям Врангеля, который тогда уже замышлял свергнуть власть Деникина и продолжать гражданскую войну, опираясь на Крым, силами исключительно одной Добровольческой армии. Но ее слабость, по-видимому, лишала его возможности выразить явно эти намерения… Группировка сил Добровольческой армии при отступлении свидетельствовала об этих намерениях ее командования самому оторваться от Донской армии и уйти в Крым. Врангель держал сильно выдвинутым вперед свой левый фланг на харьковском направлении, быстро оттягивая назад и ослабляя свой правый фланг. Этот маневр был замечен донским командованием, и по его представлению Деникин круто изменил направление отхода Добровольческой армии, свернул опасным фланговым маршем ее главные силы на Ростов. Для прикрытия крымского направления была оставлена только группа Слащева в 3500 штыков и сабель при 32 орудиях. Подготовка Врангеля к свержению Деникина, по-видимому, явилась также одной из причин переформирования Добровольческой армии в корпус с подчинением его донскому командованию и с увольнением от своих обязанностей Врангеля».
Генерал Врангель 26 декабря прибыл в Батайск, где находилась Ставка Деникина, и получил предписание отправиться в Новороссийск и организовать его оборону. Однако вскоре пришел приказ о назначении генерал-губернатором Новороссийской области генерала Лукомского.
Врангель и на Кубани продолжал критиковать стратегию и методы военного руководства Деникина, отсутствие у него сколько-нибудь внятной внутренней политики. 14 января 1920 года он неожиданно получил от оставившего Одессу и прибывшего в Севастополь генерала Шиллинга предложение принять должность его помощника по военной части. Но переговоры по этому вопросу со Ставкой Деникина затянулись — Антон Иванович явно не горел желанием давать эту должность Врангелю, которого справедливо подозревал в намерении стать главнокомандующим.
Тем временем 22 января (4 февраля) капитан Орлов с тремястами солдатами поднял мятеж и захватил Симферополь, арестовав начальника штаба Шиллинга генерала Чернавина, коменданта Севастополя генерала Субботина и таврического губернатора. Он заявил, что представляет «молодое офицерство», которое выступило против лиц, «разлагающих тыл», и за уход Деникина и других генералов, ответственных за поражение. Орловцы выступали с лозунгом «Оздоровление тыла для плодотворной борьбы с большевиками». Отряд, посланный генералом Слащевым, выбил орловцев из Симферополя. Они ушли в горы, откуда иногда совершали налеты на Алушту и Ялту. Шиллинг по телефону убедил Орлова отправиться на фронт. Слащев встретил Орлова, как отец блудного сына. Но через короткий промежуток времени капитан Орлов во главе отряда из четырехсот человек неожиданно снялся с фронта и снова двинулся к Симферополю. Их встретила слащевская конница, и завязался форменный бой, после которого Орлов с тринадцатью подручными скрылся в горах, где сидел до конца крымской эпопеи.
Многие общественные деятели, а также генерал Лукомский и командующий Черноморским флотом вице-адмирал Ненюков и его начальник штаба контр-адмирал Бубнов предлагали заменить Шиллинга, провалившего одесскую эвакуацию, Врангелем.