В 1940 году Борис Андреевич принял находившееся в кризисе московское «Динамо» и за один сезон не только вернул команду в чемпионы, но и перестроил её игру, усовершенствовал взятую на вооружение тактическую схему «дубль-вэ».
Динамовские нападающие демонстрировали широкоманёвренные действия со сменой мест, что получило название «организованный беспорядок». И основным проводником этого оригинального тактического решения был наделённый диспетчерскими качествами правый инсайд Михаил Якушин.
В книге Леонида Прибыловского «Тренеры большого футбола» приводится характеристика, данная той команде Борисом Аркадьевым: «Динамовцы много поработали над тем, чтобы уйти от схематичного “дубль-вэ”, вдохнуть в английское изобретение нашу русскую душу, наш размах, наше пренебрежение к догмам. И это нам удалось, причём в наиболее главном звене — в линии нападения. Игроки в каждом матче сбивали с толку защитников и полузащитников противника, действовали на больших скоростях, обезоруживали внезапностью, точностью, пробивной мощью.
Интересно отметить, что большинство своих мячей левый крайний Сергей Ильин забил, находясь на месте центрального нападающего, правый крайний Михаил Семичастный — с места левого инсайда, а центр нападения Сергей Соловьёв — с краёв».
Вот как это виделось из противоположного лагеря. Григорий Федотов в своей книге писал: «Кажущийся беспорядок был отлично организованным. Казалось порой почти непостижимым, почему мяч, посланный кем-нибудь из динамовцев не на игрока, а просто на свободное место, непременно достигал цели, попадал к партнёру. И непонятно, каким чувством угадывали игроки путь мяча, появляясь всякий раз в наиболее выгодном месте для его приёма и, главное, свободными от опеки...
Они сами строили благоприятную для себя обстановку, создавая живой, стремительно меняющийся рисунок игры. Главным действующим лицом в атаке оказывался не игрок с мячом, а его партнёры — игроки без мяча...
Индивидуальные качества каждого из них не мешали общей игре, а дополняли друг друга. Видно было, как много поработали тренер и коллектив над тем, чтобы особенности каждого футболиста получили своё наиболее полное выражение, а вместе с тем, и наиболее полезное применение».
Известный в довоенное время футболист, а впоследствии незаурядный тренер Евгений Елисеев годы спустя говорил об Аркадьеве: «Он был рождён тренером... К футболистам он обращался только на “вы”, и, казалось, никакая ошибка игрока не могла вывести Аркадьева из себя и заставить его повысить голос на провинившегося. Но при всём при этом он не допускал в команде анархии и разгильдяйства. Вряд ли кто лучше его мог разобраться в самых сложных хитросплетениях игры. Я затрудняюсь назвать в нашем футболе равнозначную ему фигуру тренера».
Но такая фигура в тренерском цехе появилась, причём очень скоро. Это был Михаил Якушин. Он стал во главе московского «Динамо» в октябре 1944 года. И за год проделал путь от тренера-новичка до наставника команды-чемпиона, с блеском проявившей себя на полях Великобритании.
Борис Андреевич Аркадьев расстался с «Динамо» весной 1944 года. Динамовцы дважды подряд занимали в военных чемпионатах Москвы второе место, у тренера возникли разногласия с руководителями спортобщества, и Аркадьев предпочёл не доказывать собственную правоту, а сменил клубные цвета, возглавив ЦДКА.
В интервью Константину Есенину для книги «Московский футбол» Борис Аркадьев объяснил это так: «Я много лет был связан с кафедрой физподготовки Академии имени Фрунзе и ушёл в армейский коллектив. В ЦДКА ко мне отнеслись с большим доверием, не мешали экспериментировать, не докучали мелочной опекой».
Сменивший Аркадьева Лев Корчебоков на тренерском посту не преуспел. «Динамо» проиграло матч возобновлённого Кубка страны ленинградскому «Зениту», а четыре поражения подряд (одно из них от ведомого Аркадьевым ЦДКА) на финише чемпионата Москвы довершили дело. Именно тогда бразды правления были вручены капитану команды Михаилу Якушину.
В своей книге Якушин рассказывал: «Особенно близко с творческой лабораторией Аркадьева-педагога я познакомился, когда он был наставником московского “Динамо”, где в то время я играл. Коллектив у нас подобрался отличный — дружный и спаянный. Особенно сильна была команда в сороковом году, когда к нам перешли Сергей Соловьёв и Николай Дементьев. И Борис Андреевич тогда очень много сделал, чтобы придать действиям каждого игрока тактическую стройность в рамках коллективных действий. Как педагог, он не только мог доходчиво изложить сущность задачи, но и убедить, что именно эта задача единственно правильна.