Единственный еще не поврежденный тяжелый авианосец «Хирю» нанес ответный удар по «Йорктауну» во второй половине дня и причинил ему такие повреждения, что его команде пришлось покинуть корабль. Уже перед самым вечером 24 американских пикирующих бомбардировщика настигли «Хирю» и нанесли ему жестокие удары. Ночью 5 июня его команда покинула корабль, а в 9.00 «Хирю» затонул.
Сражение 4 июня примечательно самой быстрой в военно-морской истории переменой удачи. Это было яркое свидетельство превратностей судьбы, характерных для сражений нового типа, ведущихся силами авиации флота на больших дистанциях.
Когда адмирал Ямамото узнал о бедствии, постигшем его авианосное соединение, он сначала решил остановить линкоры и отозвать два легких крейсера с Алеутских островов. Адмирал еще надеялся провести морское сражение в более традиционном стиле, чтобы восстановить шансы на успех. Однако последующее сообщение о гибели «Хирю» и мрачные донесения Нагумо заставили его изменить решение, и утром 5 нюня Ямамото отдал приказ приостановить нападение на острова Мидуэй. Он все еще надеялся заманить американцев в ловушку, отойдя к западу, но его план потерпел неудачу благодаря сочетанию дерзости и осторожности, проявленным адмиралом Спрюэнсом, который командовал двумя американскими авианосцами — «Энтерпрайзом» и «Хорнетом» — в этом решающем сражении.
Тем временем утром 3 июня, как и планировалось, был нанесен удар по Алеутским островам в северной части Тихого океана. С двух легких крейсеров, назначенных для проведения этой операции, поднялись 23 бомбардировщика и 12 истребителей и нанесли удар по Датч-Харбору. Силы были слишком малы, чтобы достигнуть значительного эффекта, и вследствие сильной облачности причиненный ущерб был невелик. Повторив удар на следующий день при более ясной погоде, самолеты добились нескольких попаданий, которые не имели решающего значения. 5 июня авианосцы были отозваны на юг на помощь главной операции. 7 июня небольшой японский десант высадился, не встретив сопротивления, на острова Кыска и Атту, которые заранее были назначены объектами нападения. Японская пропаганда вовсю раздула этот незначительный успех, чтобы как-то скрасить впечатление от поражения у атолла Мидуэй. На первый взгляд, захват этих островов казался важным достижением, так как Алеутские острова, простирающиеся поперек северной части Тихого океана, примыкают к кратчайшему пути между Сан-Франциско и Токио. В действительности же эти суровые, скалистые острова, часто затянутые туманом и подверженные штормам, совершенно не пригодны как авиационные или морские базы для наступления через Тихий океан с любой стороны.
В целом июньские операции 1942 года окончились сокрушительным поражением для японцев. В одном лишь сражении у атолла Мидуэй они потеряли четыре тяжелых авианосца, примерно 330 самолетов и тяжелый крейсер, тогда как потери американцев составили только один авианосец и около 150 самолетов. Главным оружием с американской стороны были пикирующие бомбардировщики. Что касается бомбардировщиков-торпедоносцев, то 90 % этих самолетов было сбито, а большие армейские бомбардировщики В-17 оказались совершенно неэффективными в борьбе против кораблей.
Кроме основных стратегических ошибок, упомянутых выше, неудачи японцев объясняются целым рядом других недостатков. Среди них можно назвать и такие, как фактическая изоляция Ямамото в ходе сражения, потеря самообладания Нагумо и рабское следование морской традиции, подчиняясь которой Ямагути и другие командиры пошли на дно со своими кораблями и не сумели вновь захватить инициативу. В отличие от Ямамото Нимиц, оставаясь на берегу, имел возможность постоянно быть в курсе всей оперативной обстановки.
Беды японцев усугублялись целым рядом и тактических ошибок, таких, как недостаточное использование разведывательных самолетов для обнаружения американских авианосцев; отсутствие истребительного прикрытия на больших высотах; плохая организация противопожарной защиты на кораблях; нанесение одновременного удара самолетами всех четырех авианосцев (поэтому приходилось принимать и перевооружать самолеты в одно и то же время, и был период, когда японское авианосное соединение было лишено ударной силы). Японские корабли — продолжали двигаться навстречу противнику, когда происходило перевооружение их самолетов. Это позволило американской авиации, обнаружившей силы Нагумо, нанести японцам удар прежде, чем они смогли нанести ответный удар или хотя бы защититься. Большинство этих недостатков объясняется чрезмерной самоуверенностью японских военных руководителей.