В течение трех месяцев, с июня по август 1943 года, немецкие подводные лодки потопили не больше 57 торговых судов союзников во всех водах, кроме Средиземного моря, причем половина из них была потоплена у берегов Южной Америки и в Индийском океане. Этих весьма скромных результатов они добились ценой потери 79 подводных лодок; не меньше 58 из них были потоплены самолетами.
В надежде вновь завоевать господство на море Дениц потребовал от Гитлера увеличить численность дальней разведывательной авиации в Атлантическом океане и усилить авиационное прикрытие на транзитных путях. Дениц встретил более сочувственное отношение, чем Редер, который в свое время пытался преодолеть нежелание Геринга обеспечивать взаимодействие флота и авиации. Дениц также добился разрешение увеличить производство подводных лодок с 30 до 40 в месяц, и предоставить приоритет новым типам подводных лодок, способным развивать большую скорость в подводном положении. Однако, многообещающая подводная лодка типа «Вальтер» с двигателем, работающим на смеси дизельного топлива и перекиси водорода, испытала столько родовых мук. Что ни одна из них так и не была подготовлена к эксплуатации даже к концу войны. Новым важным усовершенствованием было внедрение шноркеля. Это устройство состояло из выдвижной трубы, по каналам которой засасывался воздух и отводились отработанные газы. Шноркель, изобретенный в Голландии еще до 1940 года, позволял подводным лодкам заряжать аккумуляторные батареи, оставаясь на перископной глубине. К середине 1944 года было установлено тридцать таких устройств.
В середине 1943 года у немцев появилось еще два новшества — самонаводящаяся торпеда, акустически направляемая на шум винтов судна, и планирующая бомба. Однако, в сентябре и октябре, в первые два месяца после активизации действий подводных лодок, союзники потеряли только 9 торговых судов из 2468, входивших в состав 64 североатлантических конвоев. За от же период было потоплено 25 немецких подводных лодок. После этого нового тяжелого поражения Дениц отказался от объединения подводных лодок в большие мобильные группы.
8 октября Англия по соглашению с Португалией приняла две авиационные базы на Азорских островах и с этого момента получила возможность обеспечивать авиационное прикрытие во всей северной Атлантике.
В первые три месяца 1944 года Дениц получил приказ сформировать группу из 40 подводных лодок для отражения угрозы высадки союзников в Западной Европе. К концу мая Дениц сосредоточил 70 подводных лодок в бискайских портах, а в северной Атлантике осталось только три подводные лодки.
Отказ Германии от ведения войны в северной Атлантике принес облегчение английскому Береговому командованию. 19-я авиационная группа к маю 1944 года потопила 50 и повредила 56 подводных лодок. За этот же период группа потеряла в Бискайском заливе 350 самолетов. Ее потери, вероятно, были бы меньшими, а эффективность действий еще большей, если бы в соответствии с исключительной важностью своей задачи Береговое командование имело больше самолетов.
Среди других событий этого периода следует отметить две успешные атаки на «Тирпиц», находившийся на якорной стоянке в северной Норвегии. Его атаковали три сверхмалые подводные лодки в сентябре 1943 года и самолеты военно-морской авиации в марте 1944 года. До того как тяжелые бомбардировщики английских ВВС в ноябре 1944 года потопили линкор, «Тирпицу» пришлось лишь однажды вести огонь главным калибром (во время рейда на остров Шпицберген). Количество повреждений, которые он выдержал, свидетельствует о высоком качестве конструкции и прочности немецких кораблей. Само его существование как корабля, представляющего потенциальную угрозу, оказало большое влияние на морскую стратегию Англии и отвлекло значительную часть сил флоты.
Угроза со стороны «Шарнхорста» отпала в декабре предыдущего года. Этот немецкий корабль, направляясь на перехват арктического конвоя, был сам перехвачен сильным соединением метрополии.
В первой половине 1944 года главное внимание Англии в водах метрополии уделялось небольшим немецким торпедным кораблям. Хотя число этих катеров никогда не превышало трех дюжин, они быстро перенацеливались с одного маршрута конвоев на другой и, улучая выгодный момент, доставляли большие неприятности.
Подводные лодки, сосредоточенные в западных портах Франции с целью противодействия высадке союзников через Ла-Манш, оказались малоэффективными, хотя ко времени вторжения в Нормандию в июне 1944 года эти лодки оснастили шноркелями, что делало их менее уязвимыми от нападения с воздуха.