Первыми прибыли 29-моторизированная дивизия, которую еще до высадки союзники отозвали из Калабрии, и боевая группа (два пехотных батальона и 20 танков), сформированная из подразделения дивизии «Герман Геринг». Эта боевая группа, выйдя из района Неаполя, контратаковала войска союзников и прорвала оборону английских войск у перевала Ла Молина. Затем она сумела выйти к Виетри. 13 сентября ее продвижение остановили вступившие в бой «коммандос», однако перевал уже был накрепко закрыт противником. Английский 10-й корпус оказался прижатым к узкой прибрежной полосе у Салерно, в то же время как немцы владели всеми господствующими высотами. На южном участке события также опровергали первоначальные оптимистические прогнозы Кларка. 29-я моторизованная дивизия совместно с частями 10-й танковой дивизии ворвались в промежуток между участками высадки американских и английских войск. Вечером 12 сентября противник выбил правофланговые части английских войск Баттипальи. Англичане понесли большие потери, особенно пленными. Воспользовавшись увеличившимся разрывом между позициями двух корпусов союзных войск, немцы 13 сентября нанесли удар по левому флангу американцев и выбили их из Персано. Все это создало необходимость общего отступления.
Воспользовавшись паникой, охватившей союзные войска, немцы прорвали оборону в нескольких местах и кое-где вышли почти к береговой полосе.
В тот вечер обстановка настолько накалилась, что на южном участке прекратили разгрузку транспортов. Более того, Кларк направил адмиралу Хьюитту срочную просьбу подготовиться вновь принять на борт корабля штаб 5-й армии и выделить плавсредства для эвакуации с плацдарма войск 6-го корпуса или переброски 10-го корпуса на юг. Эти поспешные меры вряд ли были осуществимы и поэтому вызвали протест Маккрири и командора Оливера, а также недовольство Эйзенхауэра и Александера, когда им доложили о намерениях Кларка. На плацдарм ускорили переброску подкреплений, для чего использовали 18 десантных катеров, предназначенных для отправки в Индию. В распоряжение Кларка выделили 82-ю воздушно-десантную дивизию, и к исходу дня генерал Риджуэй уже сумел осуществить выброску первых воздушных десантов на южном плацдарме. 15 сентября на северном участке начала высадку 7-я бронетанковая дивизия, однако к этому времени кризис уже миновал, и главным образом благодаря быстро организованной поддержке силами флота и авиации союзников.
14 сентября все имеющиеся самолеты стратегической и тактической авиации на Средиземноморском театре был брошены против немецких войск и их коммуникаций. В течении дня было совершено 1900 самолето-вылетов. Еще более эффективным в отражении наступления немецких войск к побережью оказались действия корабельной артиллерии союзников. Витинггоф впоследствии писал: «В это утро наступление встретило более упорное сопротивление противника. Наши войска подверглись ожесточенному обстрелу артиллерии 16–18 кораблей. Огонь был исключительно точным и подавляющим по всем выявленным союзниками нашим объектам».
Благодаря этой мощной поддержке американские войска сумели удержать рубеж обороны, на который они отошли предшествующей ночью. 15 сентября наступило затишье. Немцы осуществляли перегруппировку сил, приводя в порядок свои войска после ожесточенного обстрела, чтобы, подтянув резервы, возобновить наступление. 26-я танковая дивизия, все еще не имеющая танков, прибыла из Калабрии в соответствии с приказом Витинггофа, отданным в день высадки союзников в Салерно. Из Рима и Гаэты соответственно прибыли подразделения 3-й и 15-й моторизованных дивизий. Общая численность немецких войск и теперь не превышала четырех дивизий полного состава, танков было не больше сотни. В то же время 5-я армия насчитывала около семи дивизий большей штатной численности и имела примерно 200 танков. Таким образом, союзному командованию не о чем было беспокоиться, кроме возможности упадка морального духа войск, прежде чем свою роль сыграет превосходство в силах. К тому же английская 8-я армия уже приближалась к району Салерно, что увеличивало превосходство союзников и создавало угрозу флангу противника.
В то утро штаб Кларка посетил Александер, прибывший на плацдарм на эсминце из Бизерты. Он побывал и в войсках. В тактичной форме Александер отвел все предположения о возможной эвакуации войск с какого-либо участка высадки. Серьезным подкреплением для войск десанта стали прибывшие из баз на острове Мальта два английских линейных корабля «Уорспайз» и «Вэлиант» с шестью эсминцами. В бой эти корабли вступили лишь через семь часов после прибытия, поскольку произошла задержка в установлении связи с артиллерийским наблюдателями на берегу. Затем они подвергли обстрелу цели, находившиеся на удалении свыше 10 миль от берега. Их огонь произвел сильное подавляющее воздействие на противника.