Таким образом, сражение на Филиппинском море обернулось серьезным поражением для японцев. Американский военно-морской историк адмирал Морисон считает его даже более важным, чем последующее сражение в заливе Лейте в октябре. Теперь путь на Филиппины был открыт и успех боев на Марианских островах обеспечен.
После боев на море и в воздухе исход боев на Марианских островах не вызывал сомнений, хотя японцы продолжали оказывать упорное сопротивление на суше. Три американские дивизии, высаженные в южной части Сайпана, неуклонно продвигались на север при мощной поддержке авиации и флота. К 25 июня они захватили командную высоту — гору Типотчау. 6 июля два высших японских командира на Сайпане — адмирал Нагумо (бывший командующий авианосными силами) и генерал Сайто совершили самоубийство, «чтобы вдохновить войска в последнем бою». На следующий день 3 тыс. оставшихся в живых солдат и офицеров совершили фактическо то же самое, предприняв убийственную атаку на позиции американцев. В боях за Марианские острова японцы потеряли свыше 26 тыс. человек, тогда как потери американцев составили 3500 убитыми и 13 тыс. ранеными и больными.
23 июля две дивизии морской пехоты были переброшены с острова Сайпан на остров Тиниан и овладели им в течение недели, но для окончательной очистки территории от противника потребовалось времени больше. За три дня до высадки на остров Тиниан силы, предназначавшиеся для вторжения на Гуам и отозванные после того, как возникла угроза вмешательства флота Озавы, вернулись для выполнения своей задачи и были усилены еще одной дивизией. Японцы оказывали упорное сопротивление, которому способствовала сложная система оборонительных сооружений в пещерах, но к 12 августа остров все-таки был полностью занят американскими войсками.
Потеря Марианских островов и предшествовавшее этому тяжелое поражение на море значительно ухудшили положение Японии, хотя гордость японцев все еще мешала им взглянуть в лицо фактам. Весьма примечательно, впрочем, что за этими драматическими событиями 18 июля последовала отставка генерала Тодзио.
Через четыре дня был сформирован кабинет генерала Койсо, который поставил себе задачу создать лучшую систему обороны. Хотя кампания в Китае все еще продолжалась, главной заботой стала оборона Филиппин: японцы понимали, что сокращение объема поставок нефтепродуктов из Ост-Индии ухудшит положение вооруженных сил Японии в целом.
Даже при настоящем положении Япония испытывала огромные трудности из-за нехватки нефти. Важнейшим стратегическим фактором, создавшим такое положение, были действия американских подводных лодок, которые топили японские танкеры. Значительное уменьшение запасов нефти вызвало сокращение программы подготовки летного состава авиации. Это привело также к необходимости держать японский флот в Сингапуре, ближе к источника снабжения, и, когда он вышел для выполнения боевой задачи, у него не было достаточных запасов топлива, чтобы вернуться назад.
На этом этапе войны вооруженные силы Соединенных Штатов вполне могли обойти Филиппины и сделать следующий «скачок» на Формозу или на острова Иводзима и Окинава. Именно на этом настаивали адмирал флота Кинг и некоторые другие военно-морские начальники. Однако политические соображения и стремление Макартура с триумфом вернуться на Филиппины взяли верх над доводами в пользу обхода этих больших островов.
Было признано необходимым до вторжения на Филиппины захватить несколько небольших объектов. Первоначально планировалось захватить острова Моротай, вблизи острова Хальмахера (западнее Новой Гвинеи), острова Палау, острова Яп и Талауд, острова Минданао, а также построить передовые авиационные и военно-морские базы для обеспечения главного удара на Филиппины. Командующий 3-м флотом (этот флот назывался 5-м, когда находился в подчинении Спрюэнса) адмирал Хэлси установил, что оборона филиппинского побережья очень слаба, и предложил отменить промежуточные этапы операции. Однако это предложение не было принято, поскольку боевые действия уже фактически начались и их успех рассматривался как дополнительная гарантия общего успеха.
Отряд войск Макартура 15 сентября высадился на острове Моротай, преодолев незначительное сопротивление, и к 4 октября американская авиация уже действовала с аэродрома, построенного на этом острове. 15 сентября силы адмирала Хэлси вторглись на острова Палау и за несколько дней заняли большую их часть. Тем самым они получили передовые аэродромы, расположенные всего в 500 милях от острова Минданао, больше чем на полпути от острова Гуам.