Чан Кайши стал опасаться, что Советский Союз и Япония могут заключить секретный договор по разделу Китая, подобный заключенному в сентябре с Германией, по которому была разделена Польша. Мао Цзэдун, с другой стороны, приветствовал подписание пакта, так как это сильно увеличивало его влияние за счет националистов. Чан Кайши также сильно встревожился после того, как Сталин значительно сократил военные поставки Гоминьдану. Одновременно с этим начало войны в Европе в сентябре означало, что уменьшились шансы получить помощь от Великобритании и Франции.
Для националистов перебои в получении помощи извне стали особенно чувствительными, поскольку они потеряли все свои основные промышленные районы, а также источники налоговых поступлений. Японское вторжение не только представляло собой серьезную военную угрозу – одновременно уничтожались на корню урожай за урожаем и накопленные запасы продовольствия, в стране процветал бандитизм, поскольку многочисленные дезертиры и отставшие от частей солдаты сбивались в вооруженные банды, бродившие по стране. Десятки миллионов беженцев шли на запад, подальше от наступающих японских войск, стремясь хотя бы спасти своих жен и дочерей от жестокости японских солдат. Антисанитарные условия в переполненных беженцами городах привели к вспышкам холеры. В тех районах, где происходила массовая миграция населения, начала распространяться малярия. Но самое главное – это тиф. Он стал царить среди завшивленных толп отступающих войск и бегущих от войны мирных жителей. Врачей было так мало, что несмотря на огромные усилия, предпринятые для улучшения китайской медицины – как гражданской, так и военной – они просто не в состоянии были помочь огромной массе беженцев, страдающих от стригущего лишая, чесотки, трахомы и всех прочих ужасов невероятной нищеты, усугубленных крайним голодом.
Несмотря на все это, вдохновленные своим успехом в битве за Чанша, националисты начали целую серию контрнаступлений по всему центру страны, получивших общее название «зимнего наступления». Они намеревались перерезать линии снабжения оказавшихся в изоляции японских гарнизонов, нарушив движение по реке Янцзы и уничтожив железнодорожные пути. Но как только националисты начали свое наступление, японцы в ноябре высадили морской десант в юго-западной провинции Гуанси. 24 ноября они захватили город Нанинг и угрожали захватом железной дороги, ведущей во Французский Индокитай. Для немногих воинских частей националистов, находившихся в этом районе, десант оказался полной неожиданностью, и они быстро отступили. Чан Кайши тут же прислал подкрепление, и начались ожесточенные бои, длившиеся почти два месяца. По утверждению японцев, только в одном бою китайцы потеряли убитыми 25 тыс. человек. Наступления, предпринятые японцами в ряде районов на севере страны, лишили правительство Гоминьдана крайне важных для него областей, где оно набирало войска и откуда поступало большое количество продовольствия. Японская армия создала в Китае довольно внушительное соединение бомбардировочной авиации, чтобы совершать налеты на глубокий тыл националистов, а также бомбить их новую столицу Чунцин. Коммунисты тем временем тайно пришли к соглашению с японцами в центральном Китае и обязались не нападать на железные дороги, по которым японцы снабжали свои войска, а те взамен обязались не вести боевых действий против Новой Четвертой армии коммунистов.
Международная обстановка на тот момент была крайне неблагоприятной для националистов, поскольку Сталин, оказавшись в союзе с Германией, предупредил Чан Кайши о нежелательности каких-либо договоренностей с Англией и Францией. Советский лидер опасался того, что англичане, как, кстати, и китайские националисты, намереваются втянуть его в войну с Японией. В декабре 1939 г., после начала войны с Финляндией, за что Советский Союз был исключен из Лиги Наций, правительство националистов столкнулось с ужасной дилеммой. С одной стороны, они не хотели раздражать Сталина, но с другой стороны, не могли использовать свое право вето, чтобы не допустить исключения СССР, не накликав на себя гнев стран Запада. Поэтому представитель Китая просто воздержался в ходе голосования. Это все же возмутило Москву, в то же время не удовлетворив ни англичан, ни французов. После этих событий поставки советские военные поставки в Китай значительно сократились и не доходили до прежнего уровня на протяжении почти целого года. Чтобы оказать давление на Сталина с целью добиться возобновления поставок в полном объеме, Чан Кайши сделал вид, что пытается начать мирные переговоры с японцами.