Вскоре началась война, вместе со своей бабушкой, чудом не подвергшейся репрессиям, он уезжает в эвакуацию в Ташкент, где в 1942 году заканчивает школу. Поражение немцев под Москвой позволило бабушке с внуком вернуться в Москву. Там Юра идет работать на авиационный завод слесарем. От армии его освобождают из-за сильной близорукости. Трифонов быстро двигается по служебной лестнице, становится диспетчером цеха, но предпочитает работу редактора многотиражки. Здесь и проявилось призвание всей его жизни, хотя писать он начал очень рано, первый рассказ написал в 9 лет, а с 12 лет посещал литературный кружок Дома пионеров. Кстати, неплохо писали и его дядя, и его мать. В 1944 году он поступает в Литературный институт имени М. Горького.
В 1946 году в Москву возвращается из ссылки мать писателя Евгения Абрамовна. Это был редчайший случай, что ей не продлили срок ссылки и даже разрешили жить в столице. Татьяна Александровна Словатинская обратилась с просьбой к «всесоюзному старосте» Михаилу Ивановичу Калинину, которого она знала еще по подпольной революционной работе. Тому удалось сделать по отношению к Трифоновой то, что не удавалось добиться для собственной жены.
Литературный дебют Юры становится фантастически удачным. В качестве дипломной работы Трифонов представляет экзаменационной комиссии рукопись повести «Студенты». В институте это произведение вызвало бурю восторгов. Константин Федин, руководитель курса, уговорил даже Александра Твардовского опубликовать «Студентов» в «Новом мире», где он был членом редколлегии. Повесть была напечатана в двух номерах за 1950 год и встретила очень теплый прием. Главный режиссер Театра имени М. Н. Ермоловой Андрей Лобанов предложил сочинить по мотивам повести пьесу, которую сам и поставил. Валентин Катаев при встрече даже сказал Юре, что в два счета сделал бы из него Ильфа с Петровым. Но начальство ждало реакции партийного руководства. От сердца отлегло, когда в январе 1951 года в газете «Правда» была опубликована положительная рецензия. Дальше произошло подлинное чудо. Повесть выдвигают на соискание Сталинской премии.