Второе резкое сокращение авиации флота пришлось на перелом 50-60-х гг. В этот период в морской авиации на Балтике осталось только четыре полка и три отдельные эскадрильи. Но 60-е и 70-е гг. вновь охарактеризовались количественным и качественным ростом, включавшим в себя интенсивное развитие ракетоносной и противолодочной авиации. В этот период была сформирована и современная наземная инфраструктура. Вторая половина 80-х гг. может считаться периодом наибольшей мощи ВВС Балтийского флота.
Очередной существенный перелом произошел в 90-х гг., после распада Советского Союза и формирования Вооруженных Сил Российской Федерации, когда началось еще одно резкое сокращение войск, в т.ч. и авиации Балтийского флота. Вместе с тем, в 1994 г. Калининградская область стала Особым оборонительным районом с переводом всех дислоцированных там войсковых частей в организационную структуру Балтийского флота. В частности, по этому плану в состав авиации БФ вошли переданный из 6-й Отдельной армии Войск ПВО страны 689-й гвардейский истребительный авиаполк (ГвИАП) и 288-й отдельный вертолетный полк (ОВП), входивший в состав 11-й гвардейской армии Сухопутных войск. С включением в состав ВВС России частей ПВО в 1998-1999 гг. аналогичные изменения произошли и на флоте. В 2002 г. уже объединенная морская авиация БФ была переименована в ВВС и ПВО Балтийского флота. (Вместе с тем, долгие годы находившийся в структуре ВМФ авиаремонтный завод №150 в пос. Люблино-Новое в 2002 г. был выведен из состава флота и передан ВВС России с переводом на гражданский штат).
В период с 1945 по 1991 гг. авиация Балтийского флота базировалась в Ленинградской, Псковской и Калининградской областях, в Литве, Латвии, Эстонии и Белоруссии и действовала далеко за пределами районов своего базирования. Сейчас инфраструктура ВВС и ПВО БФ сосредоточена в небольшой по площади Калининградской области, находящейся в географической изоляции от «большой России». Эта изоляция (с юга – Польша, с севера и востока – Литва, с запада- Балтийское море) в данном случае предопределяет отсутствие тыла как такового, неизбежное удорожание обеспечения и ряд других неблагоприятных обстоятельств. Однако в истории никогда не было окончательных решений, а сама история имеет свойство двигаться по спирали…
Вверху: Су-27УБ из 689-го ГвИАП на пробеге. Полеты с инструктором на учебно-боевых истребителях – не только первый этап на пути освоения высшего пилотажа, но и необходимый элемент подготовки при отработке новых приемов боевого применения даже самыми опытными летчиками
Внизу: главная ударная сила ВВС и ПВО Балтийского флота – бомбардировщики Су-24М, входящие в состав 4-го гвардейского отдельного морского штурмового авиаполка им. Маршала авиации И.И. Борзова, базирующегося в Черняховске. На снимке показан один из самолетов этого полка, прибывший на аэродром «Чкаловск» по плану проведения выставки для военной делегации Швейцарской Конфедерации, май 2003 г.
Начиная с 2002 г., еще до вступления в НАТО, Литва фактически закрыла свое воздушное пространство для российского военного транзита: как правило, запрос литовским властям на пролет над их территорией заканчивается слабо мотивированным отказом (исключения единичны), даже если удовлетворены все формальные требования литовской стороны. Поэтому практически все полеты и перелеты в «большую Россию» экипажи ВВС и ПВО БФ выполняют над акваторией Балтийского моря, оставляя Литву, Латвию, Эстонию и их территориальные воды восточнее своего маршрута, пролегающего практически через всю Балтику с юга на север. В северной части маршрута при выходе на Финский залив самолеты проходят по узкому коридору нейтральных вод, чем каждый раз изрядно «нервируют» Эстонию и Финляндию. И только после выхода на Санкт-Петербург можно идти к точке назначения по «внутреннему» маршруту. Таким образом, перелет, например, в Подмосковье или обратно удлиняется примерно вдвое по сравнению с «сухопутным» вариантом через Литву и Белоруссию. С таким же удлинением маршрута имеют дело и направляющиеся в Калининградскую область самолеты из частей, дислоцированных в «большой России».
Другой фактор меняющейся ситуации – дежурство четырех истребителей НАТО на авиабазе «Зокняй» в Литве, осуществляющегося на ротационной основе с 29 марта 2004 г. – дня официального вступления стран Балтии в Североатлантический блок, – довольно быстро перестал быть источником напряжения. Поначалу полеты бельгийских F-16 (они дежурили первыми) у литовско-российской границы с провокационными маршрутами имели компоненту «игры на нервах», но вскоре перестали быть столь беспокоящими. С начала дежурства и по настоящее время в «Зокняе» два истребителя находятся в постоянной боевой готовности, а еще два участвуют в патрулировании, плановых полетах и отработке маневров на другие аэродромы стран Балтии. Исключение составила лишь «смена» ВВС США, которые в октябре-декабре 2005 г. дежурили здесь силами пяти самолетов F-16 (из состава 52-го истребительного крыла). В целом же реального жесткого противостояния в небе над Балтикой нет уже много лет, и дежурство ВВС НАТО на территории Литвы пока не стало причиной обострения обстановки.
Более ощутимы действия разведывательного характера. С 7 апреля 2004 г. система наблюдения за воздушным пространством государств Балтии BaltNet с региональным центром в Кармелаве (Литва) официально включена в единую систему ПВО НАТО в Европе IADS (Integrated Air Defense System). В Кармелаве ведется сбор информации с радиолокационных станций о воздушном пространстве над странами Балтии и Калининградской области, которая после предварительного анализа направляется в центр объединенных воздушных операций НАТО в Германии. Масштабное расширение сети наземных РЛС, входящих в IADS, осуществляется в Литве, Латвии, Эстонии, Польше. Радиус их действия (до 450 км) позволяет фиксировать любую воздушную активность над Калининградской областью и другими прилегающими к этим странам территориями России и Белоруссии.
24 февраля 2004 г. самолет дальнего радиолокационного обнаружения и управления Е-ЗА с германской авиабазы «Гайленкирхен» (Geilenkirchen) впервые прошел вдоль границ Калининградской области, совершив посадку на литовском «Зокняе». На следующий день этот самолет «работал» в паре с другим Е-ЗА, поднявшимся с территории Польши.
Ответом на интенсификацию разведывательной деятельности НАТО у границ Калининградской области России стало эпизодическое прибытие в область российских самолетов радиолокационного дозора и наведения А-50 и их работа с аэродромов ВВС и ПВО Балтийского флота. Первый такой прилет А-50 состоялся 26 февраля 2004 г. по личному распоряжению Главкома ВВС России генерала армии Владимира Михайлова, прямо указывавшего на ответный характер российской воздушной разведки в отношении соседей, которая в тот раз выполнялась в течение трех дней. Но постоянно ни А-50, ни другие специализированные самолеты-разведчики в Калининградской области не дислоцируются и в состав ВВС и ПВО БФ не входят.
Сегодня авиационная компонента ВВС и ПВО Балтийского флота представлена двумя полками и тремя отдельными эскадрильями, действующими в подчинении штабу ВВС и ПВО БФ в Калининграде (Управление ВВС БФ было переведено в Калининград из Паланги еще 25 февраля 1946 г.). Начальником ВВС и ПВО Балтийского флота – заместителем командующего БФ по ВВС и ПВО с февраля 2004 г. является генерал-лейтенант Александр Кулаков.
К середине 90-х годов авиация Балтийского флота располагала шестью аэродромами: «Чкаловск», «Черняховск», «Нивенское», «Храброво», «Коса» и «Донское». В конце 1995 г., после перебазирования 49-й ОПЛАЭ в «Храброво», аэродром «Коса» был закрыт. После расформирования 15-й ОДРАЭ и 846-й ГвОМШАЭ в 1998 г. был практически закрыт аэродром «Чкаловск» (полеты с этого аэродрома стали единичными и выполнялись в основном по программе заводских испытаний на 150-м АРЗ). Однако в 2002 г. «Чкаловск» вновь начал функционировать и стал аэродромом базирования 689-го ГвИАП и 125-й ОВЭ, которые были переведены туда с закрытого в том же 2002 г. аэродрома «Нивенское». Тогда же предполагалось, что «Чкаловск» станет единым аэродромом для авиации Балтийского флота, но пока эти планы не реализованы и, вероятнее всего, уже сняты с повестки дня. В 2003 г. ВПП аэродрома «Храброво» и ряд других элементов его инфраструктуры были переданы с баланса Министерства обороны Министерству транспорта России без изменения его статуса аэродрома совместного базирования: еще с 1962 г. с военной авиацией здесь соседствуют гражданский аэропорт, а с 1989 г. и международный аэропорт Калининграда. В 2005 г. за счет средств Минтранса ВПП аэродрома «Храброво» была отремонтирована.