* назначенный ресурс самолетов «Домодедовских авиалиний» - 40 тыс. часов, 6000 посадок, срок службы - 20 лет. При проведении соответствующих процедур может быть продлен до проектных значений в 70 тыс. часов, 10 тыс. посадок и 25 лет
** указан налет на момент приостановки коммерческой эксплуатации; назначенный ресурс самолетов «Красноярских авиалиний» на тот момент составлял 22 тыс. часов, 3000 посадок, срок службы - 20 лет
| Рег. номер | Серийный номер | Год выпуска | Ввод в эксплуатацию | Число пасс. мест * |
| RA-96012 | 01009 | 1995 | 08.1995 | 31 |
| RA-96016 | 01010 | 2003 | 03.2004 | 30 |
| RA-96018 | 02018 | 2007 | 12.2007 | 157 |
| RA-96019 | 02019 | 2009 | 04.2009 | 157 |
| RA-96017 | 02011 | 2004 | 01.2012 | 147 |
| RA-96014 | 02014 | 2004 | 08.2012 | 147 |
| RA-96020 | 02020 | 2012 | 01.2013 | 47 |
| RA-96021 | 03021 | 2013 | 01.2014 | 65 |
* по данным тендера по страхованию воздушных судов СЛО «Россия», размещенного 1 ноября 2013 г. на сайте госзакупок (zakupki.gov.ru)
Коммерческая эксплуатация трех грузовых Ил-96-400Т (RA-96101, 96102, 96103), успевших сменить в процессе своей постройки нескольких заказчиков («Атлант-Союз», «Аэрофлот-Карго», «Полет») продолжалась в авиакомпании «Полет» с осени 2009 по весну 2013 гг. С прошлого лета они находятся на хранении на ВАСО и ожидают переоборудования в различные спецверсии для Минобороны. Четвертый изготовленный в 2011 г. для «Полета» Ил-96-400Т (RA-96104) в коммерческую эксплуатацию поступить так и не успел. В настоящее время он проходит переоборудование на ВАСО в самолет VIP-класса для компании «Роснефть». Коммерческие заказы на новые «грузовики» Ил-96-400Т пока не предвидятся, однако в будущем не исключен вариант постройки некоторого количества новых самолетов на базе планера Ил-96-400 для Министерства обороны.
Всего за 25 лет, прошедших с момента первого полета прототипа Ил-96-300, состоявшегося 28 сентября 1988 г., было построено два опытных и 25 серийных самолетов Ил-96 (21 – Ил-96-300 и четыре Ил-96-400Т). Первый и второй летный экземпляры Ил-96-300 (RA-96000, переоборудованный в 1993 г. в прототип Ил-96МО, и RA-96001), изготовленные опытным производством АК им. С.В. Ильюшина в Москве, после завершения испытаний долгое время находились на хранении на территории летно-испытательной базы ОАО «Ил» в Жуковском, пока не были утилизированы в мае 2009 г.
Головной серийный Ил-96-300 (RA-96002, серийный №01001), произведенный на ВАСО в 1990 г., вплоть до самого недавнего времени использовался «Ильюшиным» для различных программ испытаний. Кроме того, в период 1998-2006 гг. он эксплуатировался в качестве грузового в авиакомпании «Атлант-Союз», а в 2009-2010 гг. для этих же целей его арендовала у ОАО «Ил» авиакомпания «Аэростарз». Сегодня эта машина находится на хранении в Жуковском.
Суммарный налет пассажирских самолетов Ил-96-300 в трех российских авиакомпаниях за годы коммерческой эксплуатации превысил 405 тыс. часов. Из них более 330 тыс. часов пришлось на шесть машин «Аэрофлота», выполнивших свыше 50 тыс. рейсов. Почти 59 тыс. часов налетали три Ил-96-300 в «Домодедовских авиалиниях» (более 9 тыс. рейсов) и 17 тыс. часов – пара таких лайнеров в «Красноярских авиалиниях». Налет трех грузовых Ил-96-400Т в авиакомпании «Полет» за три с половиной года коммерческой эксплуатации составил около 10 тыс. часов в почти 2000 рейсах. За все годы эксплуатации с самолетами Ил-96-300 не произошло ни одного авиационного происшествия, а статус «борта №1», используемого вот уже почти два десятилетия Президентом и Председателем Правительства России, свидетельствует о признании высокого уровня надежности лайнера.