До 10 лет обходился без каких-либо систематических «штудий», предназначаемых в ту эпоху для детей, получил лишь начальное образование, пас скот. Родители видели, что слабое здоровье сына не позволит ему зарабатывать на жизнь крестьянским трудом: они побеспокоились выбрать подростку будущее ремесло, отдав в учение сапожнику.
Странствовал. Читал Библию, сочинения Т. Парацельса, В. Вейгеля, других немецких мистиков, оппонировавших ортодоксальному протестантству того времени. Во времена Бёме Силезия была пространством влияния идей учеников Парацельса. В ближнем Гёрлице даже сам бургомистр считался его последователем.
Ко времени юности Бёме относил собственное посвящение в таинства мистики. Согласно его воспоминаниям, однажды, еще ребенком, взобравшись на какую-то гору, видит он там наверху, где большие красные камни как бы замыкали гору, открытый вход и, в его углублении, сосуд с золотом. Трепет охватывает его; и он уходит, не прикоснувшись к сокровищу. Позднее он находится в обучении у сапожника в Гёрлице. В лавку входит неизвестный человек и спрашивает пару сапог. Беме не может ему продать их в отсутствие хозяина. Незнакомец удаляется, но через некоторое время вызывает ученика и говорит ему: «Яков, ты мал, но некогда ты станешь совсем другим человеком, который повергнет мир в изумление».
В 1594 г. он стал сапожником и женился на дочери мясника: у него было четверо сыновей, он счастливо прожил с супругой порядка трех десятилетий. В 1599 г. Бёме открыл собственную мастерскую в Гёрлице.
Неоднократно испытывал божественные видения (по некоторым данным, в частности, в 1600 и 1610 гг.). Он обладал «совершенным видением Вселенной», которое открывалось в нем время от времени, «как в молодой планете», — говорил он. Также, по признанию Бёме, он «видел, как будто в большой Глубине в Вечном».
В 1600 г., возможно, под влиянием местного пастора Мартина Мёллера, Бёме переживает яркое мистическое озарение. В этом видении ему открылось, что все сущее (равно как и природа Божества) заключается в «Нет» и «Да».
Так, однажды утром взгляд мыслителя упал на висевшую на стене в его мастерской оловянную тарелку, которая сияла, по словам сапожника, как Юпитер (олово, по представлениям алхимиков, принадлежало Юпитеру). И Бёме, глядя на этот сияющий серый металл, вдруг осознал, что свет без темного фона столь уже мало виден, как и мрак без сопоставления его со светом: «Ни одна вещь без противодействия (то есть без своей противоположности) не может открыться сама»; ведь если у нее нет ничего, что ей бы противодействовало, «то она всегда исходит из себя и не приходит снова в себя; таким образом, поскольку она приходит в себя только в том состоянии, в каком она вышла первоначально, то она ничего не знает о своем первичном состоянии».
Бёме позволил себе перенести это понимание на образ христианского Бога: если зло и добро взаимно обусловлены и могут существовать лишь только в более высоком единстве, значит, добро и зло заложены уже в самом Боге. Бог и дьявол — суть не независимые друг от друга принципы, но сам Бог есть, как выражается Бёме, «святой дьявол, живущий на границе добра и зла». Также, как Бог, и природа, и человек несут в себе разрушающее и созидательное. Как утверждает Бёме, «повсюду одно противоречит другому, не для вражды, но для того, чтобы самому за счет этого быть и открываться».
Просветление, которое снизошло на Бёме, он описывает как процесс душевного превращения: «После многих жестоких боев дух мой пробился сквозь врата адовы до самого внутреннего рождения Божества и был там объят любовью, как жених обнимает возлюбленную невесту свою. Каково же было ликование в духе, я не могу ни описать, ни высказать; и это не может быть сравнимо ни с чем, как лишь когда посреди смерти рождается жизнь; еще можно сравнить это с воскресением из мертвых».
Начала мира визионер усмотрел в «мрачной воле гнева» и «огневой воле любви». Внешне же через слепящий блик оцинкованного сосуда визионер был увлечен к самым глубинным основаниям, к центру тайной природы: «Этот огонь есть откровение жизни и божественной любви, посредством которого божественная любовь нисходит пламенем единства и обостряет себя как любовь».
В состоянии особого продолжительного духовного восхищения (после третьего видения, которое он приписал уже непосредственному воздействию Божества) Бёме за 5 месяцев создает первое сочинение — «Утренняя заря занимается». Впоследствии оно стало называться «Aurora, или Утренняя заря в восхождении, то есть корень или мать философии, астрологии и теологии на истинном основании, или описание природы, как все было и как стало вначале» (1612).