В те же 1850-е годы выходит ряд статей о Петре и его сподвижниках, а затем и многотомное издание «Истории царствования Петра Великого» Н. Г. Устрялова, где приводится большое количество документов, связанных с Петром и Я. В. Брюсом. На тот период времени это была наиболее полная история Петровской эпохи, где Брюсу уделялось немаловажное место как одному из ближайших сподвижников Петра.
В 1862 году печатается труд П. П. Пекарского «Наука и литература в России при Петре Великом». Рассказывая о календарях, издававшихся в России в начале XVIII века, автор представляет Брюса, добавляя при этом, что, живя в детстве в отдаленной провинции, слышал много рассказов о нем мистического характера (Пекарский родился в 1827 году). Однако, приводя документы и письма Брюса Петру, Пекарский дает ему характеристику как человеку ученому, занимавшемуся переводческой и издательской деятельностью, непосредственно участвовавшему в петровских преобразованиях и военных событиях. Особенно впечатляют автора астрономические опыты Брюса. В том же 1862 году появляется статья преподавателя Московского университета профессора И. М. Снегирева «Сухарева башня», где он, приводя народные предания, рассказывает о черных отреченных книгах, которые были положены в Сухареву башню чернокнижником. Под этим чернокнижником понимается Я. В. Брюс. Вспоминаются легенды о том, как Брюс занимался предсказаниями в оборудованной им обсерватории на Сухаревой башне.
В 1866 году в типографии Главного артиллерийского управления Артиллерийским комитетом начинает издаваться «Артиллерийский журнал». В трех номерах этого журнала выходит очень подробное исследование жизни и деятельности второго генерал-фельдцейхмейстера в русской армии Якова Вилимовича Брюса. Автор публикации М. Д. Хмыров всесторонне подходит к представлению Брюса, рассказывая о его военных заслугах, прежде всего как создателя российской артиллерии, как активного участника петровских преобразований, ученого и дипломата, занимавшегося переводческой, издательской и организаторской деятельностью.
В конце XIX века в журнале Министерства народного просвещения появляется обширная статья исследователя Ф. Керенского «Древнерусские отреченные верования и календарь Брюса». В этой статье всесторонне рассматривается влияние, которое оказали самые различные еретические и мифологические идеи русского общества на издание, получившее название «Первобытный Брюсов календарь», вышедший в 1875 году.
В XX веке необходимо отметить «золотой век краеведения» — так называют период 1920-х годов, время, когда проводились исследования по изучению местного фольклора, были созданы краеведческие организации: Общество изучения русской усадьбы (1921) и комиссия «Старая Москва» (1922). На волне борьбы за сохранение исторического наследия в первые годы советской власти появлялись интересные публикации, связанные с Брюсом. Среди них повесть А. В. Чаянова «Невероятные приключения графа Бутурлина…», в которой Брюс предстает как некое мистическое существо, живущее в доме на Разгуляе спустя более полувека после смерти. В этой фантасмагории автор представляет Брюса предсказателем, играющим судьбами людей, колдуном, пользующимся тайными знаниями и услугами покойников с Ваганьковского кладбища.
В 1928 году впервые издаются «Легенды о графе Брюсе, собранные и записанные Е. З. Барановым». Издателем этих легенд выступила краеведческая комиссия «Старая Москва». Собиратель легенд использовал народные устные рассказы, которые были популярны в то время в Москве.
В конце 1940-х — начале 1950-х годов выходят исследования из истории развития российской астрономии. Это прежде всего работа академика В. Г. Фесенкова «Очерк истории астрономии в России в XVII–XVIII столетиях» и фундаментальный труд В. Л. Ченакала «Очерки по истории русской астрономии. Наблюдательная астрономия в России XVII и начала XVIII в.». Ведущее место в этих исследованиях отводится Я. В. Брюсу как создателю первых астрономических обсерваторий в России в начале XVIII века, изготовителю приборов и инструментов для астрономических наблюдений, исследователю, который выступает в качестве наставника Петра Великого в наблюдательной астрономии. При этом подчеркивается, что, несмотря на издание входящих в моду в то время астрологических календарей, «обвинения Брюса в астрологии ни на чем не основаны. Брюс был совершенно свободен от астрологических предрассудков и не относился серьезно к календарным предсказаниям». Однако «астрологический» след в биографии Я. В. Брюса оказался очень жизнестойким. Так, в 1989 году А. Вронский назвал Я. В. Брюса основателем всей астрологической школы в России, основываясь на ставшем легендарным «Брюсовом календаре».