В конце 1860 года произошло событие, непосредственно затронувшее многих участников петербургских кружков и оказавшее несомненное влияние на их состав и политическую активность. От подпоручика Инженерной академии Никонова начальство потребовало, чтобы он извинился перед одним из преподавателей за «неуместное объяснение» с ним (преподаватель был поклонником николаевских методов воспитания и не отличался корректностью в обращении со слушателями). Никонов отказался Принести извинения, хотя ему пригрозили исключением. Его решение было поддержано всеми слушателями, которые единодушно решили уйти из академии, если угроза об отчислении Никонова будет приведена в исполнение. Никонова все-таки исключили. В тот же день начальник академии получил от всех обучающихся офицеров рапорты с просьбой об отчислении. Под действием угроз и уговоров начальства 11 рапортов было взято назад, а остальные 115 офицеров остались непоколебимыми. Было назначено следствие, готовилась судебная расправа. Однако, испугавшись общественного мнения, царь решил замять дело: офицеры, не взявшие рапортов, были наказаны административным порядком (по приказу генерал-фельдцехмейстера великого князя Михаила Николаевича).
Несмотря на принятые царизмом меры, «история» в Инженерной академии наделала много шуму. Приказ великого князя был быстро доставлен в Лондон, и «Колокол» опубликовал его 3(15) февраля 1861 года, В предисловии к публикации, озаглавленном «Сто пятнадцать благородных офицеров», Герцен писал: «Россия может радоваться и гордо смотреть на свою молодежь. В одном военно-учебном заведении нашлось сто двадцать шесть офицеров, которые предпочли обрушить на себя всяческие гонения, испортить свою карьеру, чем молчать перед нелепыми поступками начальства. Только одиннадцать раскаялись. Недаром мы с такой теплой надеждой смотрим на молодое поколение военных. Честь им и слава». Приведенные слова были хорошо известны офицерам русской армии; были они известны, конечно, и в петербургских офицерских кружках.
Участниками «истории» в Инженерной академии являлись многие из посетителей литературных вечеров на квартире Домбровского и его товарищей: в частности, братья Петр и Николай Хойновские, Витольд Миладовский, Гаспер Малецкий, Николай Васьковский и другие. Домбровский и весь кружок генштабистов не только внимательно следили за ходом событий, но и помогали участникам «истории» своими советами. Конечно, среди 115 отчисленных из академии офицеров наряду с сознательными противниками царизма были люди политически индифферентные. Для многих из них описанные события явились решающим поворотным пунктом, обусловившим их присоединение к революционному лагерю. «История» в Инженерной академии повлияла и на других офицеров, вызвав приток новых сил к офицерским кружкам, причем не только в войсках петербургского гарнизона, но и в других местах, в особенности там, куда попадали откомандированные участники «истории». Домбровский впоследствии не раз убеждался в этом. В трех саперных батальонах, расположенных в Польше, бывшие участники «истории», например, быстро сплотили вокруг себя крепкие революционные кружки. Большое влияние этих кружков подтверждает случай с инженер-подпоручиком фон Валем. Этот реакционер и карьерист, случайно оказавшийся среди 145 благородных офицеров, добился перевода из саперного батальона в кавалерийский полк только потому, что, оставаясь в инженерных войсках, не без основания боялся снова оказаться участником какой-либо «истории», аналогичной той, в которую он попал в Петербурге.
Дискуссии на литературных вечерах у генштабистов, как и в других офицерских кружках, чем дальше, тем больше сосредоточивались на вопросе о подготовке вооруженного выступления, о развитии сети и укреплении готовивших его конспиративных организаций. Далеко не все были сторонниками вооруженного восстания, а некоторые, признавая его неизбежность, отодвигали выступление на неопределенно длительный срок. Не было единства в вопросе о том, что именно должно получить крестьянство при ликвидации крепостного права, насколько широко следует привлекать к подготовке восстания наряду с выходцами из дворянства — офицерами, студентами и т. д. — также и широкие слои трудящихся в городе и деревне. Часто спорили о целях восстания: сводятся ли они к восстановлению независимой Польши или предполагают достижение важных социальных реформ как в Польше, так и в России? Домбровский и его единомышленники выступали за подготовку восстания в кратчайшие сроки, считали, что городскую бедноту и крестьян следует вовлекать в создаваемые конспиративные организации, доказывали, что целью борьбы наряду с восстановлением Польши должны быть широкие социальные преобразования на всей территории Российской империи.