Балашевичу-Потоцкому, верно служившему царизму до 1875 года, удалось сойти со сцены неразоблаченным, и его шпионские донесения стали известны только после Октябрьской революции. А вот другой царский агент — Адольф Стемпковский, действовавший главным образом в Швейцарии, попался. Эмигранты узнали о его шпионской службе и, естественно, были страшно возмущены. Некоторые из анархистов предлагали физическую расправу, но восторжествовало предложение о предании Стемпковского эмигрантскому суду нести. Будучи членом суда, Домбровский, несмотря на свою горячую ненависть и физическое отвращение к предателю, проявил большую щепетильность в отношении формальной стороны дела. Об этом свидетельствуют его письма председателю суда Яновскому, датированные июнем — июлем 1868 года. В своих письмах Домбровский, во-первых, предлагал обставить судебную процедуру такими юридическими гарантиями, как убедительные доказательства вины, прения сторон и т. д., во-вторых, требовал вынесения специального определения о том, что эмигрантские суды не имеют права лишать гражданства, так как не являются органами, свободно избранными нацией. По мнению Домбровского, задача такого рода судов состояла в установлении вины и оглашении обнаруженных фактов для того, чтобы предостеречь эмигрантов.
На заседаниях комитета, руководившего Объединением польской эмиграции, всплывали и иные достаточно острые вопросы, в обсуждении которых Домбровский активно участвовал. Важнейшими были многочисленные дискуссии по политической программе и уставу организации: над их проектами комитет работал на протяжении всего 1867 года. В мае этого года Балашевич-Потоцкий сообщил в Петербург: «Организация главного комитета продвигается медленно. Причины тому — разлад мнений и несогласие предводителей. Проект организации, составленный Домбровским (Ярослав), Врублевским (Валерий) и Ярмундом, встретил оппозицию, весьма сильную со стороны Свентожецкого и ксендза Жулинского…» Царский агент правильно обозначил две основные группы внутри комитета, первая из которых стояла на революционно-демократических позициях, а вторая отстаивала устаревшие принципы шляхетской революционности. Но внутри первой группы тоже не было полного единомыслия, причем Домбровский выделялся в ней, как правило, наибольшей радикальностью.
Результаты дискуссий и самостоятельных раздумий Домбровского над программными вопросами в значительной мере отразились в «Гражданском катехизисе», конспект которого он составил в конце 1867 года. Возникновение этой небольшой, но очень содержательной рукописи связано с конкурсом на «Катехизис для простого народа», который еще в 1865 году был объявлен эмигрантским Союзом польской молодежи. Домбровский, получив на отзыв один из представленных текстов, сообщил свои замечания автору — Брунону Добровольскому и сделал конспективный набросок того, что он сам считал бы необходимым изложить в «Катехизисе».
В письме Добровольскому прежде всего обращает на себя внимание антианархическая направленность поставленных вопросов и высказанных замечаний. Необоснованное отрицание роли государства в построении после революции нового общества уже входило тогда в моду. Это сказалось на представленном Домбровским тексте. Домбровский требовал от Добровольского более четких разъяснений насчет того, какой аппарат управления заменит после революции свергнутых монархов, князей, генералов и господ, насчет того, как будущая Польша будет защищать свою свободу и независимость без постоянной армии и рекрутчины. Кроме этого, Домбровский специально выделял вопрос о форме революционного правительства: должно ли оно быть коллегиальным или может быть единоличным? «Речь идет, — писал он, — о важной для нас проблеме диктатуры — несчастная эта идея настолько укоренилась в польском обществе, что стоит коснуться этого предмета».
Семь пунктов конспекта Домбровского затрагивали важнейшие общественно-политические проблемы: человек и общество; правительство — его назначение и организация; природа государственной власти и соотношение законодательных, исполнительных и судебных функций; понятие свободы применительно к личности и целому народу; формы собственности; содержание терминов «равенство» и «братство». Конспект был предельно краток. Несмотря на это, некоторые места его представляют большой интерес. Разум и свобода составляют, по мнению Домбровского, основные потребности человека; стремление их защитить и сознание собственной слабости побуждают людей к общественной жизни; гражданские права и обязанности есть результат общественного договора, главные основы которого таковы: высшая власть принадлежит всему обществу, а каждый человек есть частица этой власти. Форму государства, основанную на принципах общинного управления, Домбровский считает лучшей формой государственной власти. В индивидуальных взаимоотношениях Домбровский за свободу личности, но против «самовольства», то есть анархии. Говоря об отношениях между народами, он заявляет: «Каждый народ имеет право на независимое существование». Все люди должны иметь равные права но отношению к обществу, а все народа! — равные права по отношению к человечеству; равенство, пишет Домбровский, есть главное основание свободы.