Самые острые устные и печатные дискуссии неизменно возникали как раз вокруг вопроса о равноправии народов, о праве каждого из них на самостоятельную государственность. Многие деятели польского освободительного движения, даже те, которые в общей форме признавали равноправие, меняли свою позицию, когда это касалось народов, подвластных когда-то Речи Посполитой, в частности украинского народа. Домбровский занимал в данном вопросе прогрессивную позицию, отстаивая ее последовательно и настойчиво. В июле 1866 года в комитете вспыхнула дискуссия по поводу текста редакционной статьи в первом номере его органа — газете «Неподлеглость». Особенно острые споры вызвал «украинский» вопрос. Домбровский, судя по протоколу заседания, подверг критике требование, чтобы все народы, населяющие территорию бывшей Речи Посполитой, слились в одну польскую нацию. Спор возобновился на заседании, состоявшемся примерно через полгода, при обсуждении вопроса о включении в герб будущей Польши в качестве символа Украины герба Киева. Домбровский занял снова такую же позицию, как и при обсуждении редакционной статьи «Неподлеглости».
После опубликования ответа Домбровского Беднарчику, о котором подробно рассказывалось выше, в комитете Объединения противоречия по «украинскому» вопросу особенно обострились. Свое несогласие с ответом выразили даже такие радикальные члены комитета и ближайшие друзья его автора, как Ярмунд и Врублевский. Домбровский упорно защищал и разъяснял изложенные им взгляды, но, убедившись в безрезультатности своих усилий, заявил, что в сложившихся условиях он откажется войти в комитет на следующий срок. Обосновывая свое решение, Домбровский, кроме идейно-политических, приводил еще и чисто личные мотивы, «Что касается моего участия в новом составе комитета, — писал он Милковскому, — то оно совершенно невозможно. Прежде всего из-за моих семейных обстоятельств; затем я имею нужду быть свободным, деятельность же комитетская, связывавшая меня совершенно и до этого, в будущем, вероятно, связывала бы меня еще больше».
Вся эта история получила своеобразное отражение в отправляемых из Лондона донесениях царского агента Балашевича-Потоцкого. 21 сентября 1867 года он сообщал, что Домбровский, Врублевский и Ярмунд «составили новый проект устава Объединения польской эмиграции на демократических началах». Через два месяца в Петербург поступило его донесение о том, что раздоры в Объединении усилились. В декабрьском донесении говорилось уже о выборах нового состава комитета. Среди кандидатов, писал, между прочим, царский агент, фигурирует Токажевич; «его главной идеей есть союз с партией Герцена и русскими демагогами, которых он [Токажевич] называет представителями возникающей новой Молодой Руси». А далее шел текст, прямо относящийся к Домбровскому: «Неурядица в выборах вновь увеличилась по поводу предложения Домбровского «всем русинам предоставить полную свободу быть с Польшей или с Россией». Домбровский вызвал сильную бурю в среде эмиграции и, наверное, не устоит, хотя его считают весьма способным членом».
Описывая жизнь Домбровского во второй половине 60-х годов, биографы иногда слишком прочно «прикрепляют» его к Парижу. Конечно, основные политические интересы Домбровского были связаны тогда с этим городом, а денег и времени для разъездов он почти не имел. Тем не менее есть ряд неоспоримых доказательств тому, что вкус к строго законспирированным молниеносным поездкам он не утратил. Как уже говорилось, он не раз выезжал за пределы Франции для осмотра складов оружия, для установления контактов с русскими и польскими эмигрантами в Швейцарии. Есть данные о его поездках для встреч с конспираторами из Великого княжества Познанского (так назывались польские земли, принадлежавшие тогда Пруссии). Домбровский отлично знал положение дел в этой части Польши, о чем свидетельствует один из протоколов комитета Объединения польской эмиграции за октябрь 1866 года. На заседании комитета, обсуждавшем вопрос о посылке агентов на Познанщину, Домбровский настаивал, чтобы они установили там связь, во-первых, с подпольной организацией из шляхты и интеллигенции, во-вторых, непосредственно с народом.