Домбровский вернулся из Лиона в Париж между 48 и 24 марта. Сразу его пригласили на военный совет в Центральном комитете Национальной гвардии для обсуждения вопроса о задачах вооруженных сил Коммуны. Позиция, занятая Домбровским, не только подтверждает его полководческие дарования, но и показывает, что он отчетливо разбирался в Сложившейся ситуации, был гораздо более дальновидным и трезвым политиком, чем многие деятели Коммуны. Домбровский высказался за немедленную атаку Версаля, арест буржуазного правительства, роспуск потерявшего доверие страны Национального собрания и назначение новых выборов. Лишь некоторые участники дискуссии присоединились к Домбровскому. Пытаясь убедить остальных, он говорил: «Вы близоруки, вы видите не дальше, чем на два шага впереди себя… Раньше или позже, а бороться вам придется, но тогда будет уже поздно! Если же вы сейчас нападете на Версаль, вы будете хозяевами положения».
Предложение Домбровского, однако, не было принято. Контрреволюция получила передышку и, располагая огромными материальными средствами, пользуясь прямой поддержкой пруссаков, начала быстро наращивать силы: с последних дней марта соотношение сил непрерывно менялось в пользу версальцев. Запоздалая и неподготовленная попытка наступления на Версаль была предпринята только 3 апреля. Она закончилась поражением нескольких легионов Коммуны и гибелью двух ее выдающихся военачальников — Дюваля и Флуранса.
Накануне неудачного наступления Домбровский явился в ратушу, где помещались руководящие учреждении Коммуны, и заявил о своем желании вступить в Национальную гвардию. Известный многим видным деятелям, он сразу же был назначен командующим легиона, который формировался в Одиннадцатом округе Парижа. Приступая к исполнению возложенных на него обязанностей, Домбровский обратился к жителям округа со следующим лаконичным и красноречивым воззванием: «Граждане! По предложению гражданина Авриаля, члена Коммуны, военный делегат назначил меня командующим легионом. Рассчитываю на патриотизм и помощь граждан в моих усилиях по безотлагательной реорганизации на прочной основе отважных батальонов Одиннадцатого округа. Надеюсь, что эти батальоны никогда не перестанут служить опорой Парижской коммуны — зародыша Всемирной республики. Командующий XI легионом генерал Я. Домбровский».
Через четыре дня — 6 апреля — Домбровский был утвержден в должности коменданта Парижского укрепленного района. В первый момент это вызвало в нескольких батальонах Национальной гвардии протесты, которые были в значительной мере инспирированы снятым с этой должности прежним комендантом Бержере. Обосновывая свой выбор, Исполнительная комиссия Коммуны выпустила воззвание «К Национальной гвардии», в котором о Домбровском говорилось как о талантливом военном специалисте и самоотверженном революционере. Быстрому росту авторитета Домбровского содействовало, однако, не столько это воззвание, сколько кипучая энергия, с которой он взялся за выполнение своих обязанностей, глубокое знание дела и необыкновенная храбрость, проявляемая им при каждом появлении на передовых позициях.
Уже 7 апреля Домбровского видели на западной окраине Парижа в районе Нейи спокойно осматривающим аванпосты под интенсивным огнем противника. А через два дня он возглавил неожиданную атаку двух батальонов Национальной гвардии на Аньер, закончившуюся паническим бегством версальцев, захватом пушек и других трофеев. Адъютант Домбровского — Влодзимеж Рожаловский оставил следующее описание этой схватки: «Бой, длившийся до самой ночи, начался бомбардировкой позиции врага. После того как мосты были спущены, 70-й батальон в боевом порядке двинулся вперед. Поддерживаемый адским огнем форта Мон-Валерьен и других батарей, неприятель встретил наших солдат страшным ружейным огнем. Люди падали справа и слева. Наступил момент колебания, который мог оказаться гибельным. Тогда Домбровский с саблей в руке лично стал во главе батальона. Видя его в первых рядах, гвардейцы бросились в штыковую атаку с возгласом: «Да здравствует Коммуна!» Словно по мановению волшебного жезла, умолкла артиллерийская и ружейная пальба, и началась рукопашная схватка. 70-му батальону приходилось с боем брать каждый дом […]. После полуторачасовой схватки враг отступил в беспорядке […]. Упавшая было духом Национальная гвардия вновь воодушевилась и преисполнилась абсолютным доверием к Домбровскому».