Большой проблемой мусульманской стороны была непоследовательность их идеологии. С одной стороны ее пропагандой применялись термины антифашизма и демократии, а с другой стороны в обществе рос шовинистический психоз и возрождались традиции исламского фундаментализма. Естественно, вышеупомянутый психоз, направленный властью СДА еще до начала войны против сербов — сторонников сербского националистического движения, оказался сильнее последнего. В самой войне под его влиянием менялось отношение ко всем сербам, так что даже «Алиин серб» генерал Йован Дивяк, лично командовавший нападениями «Патриотской лиги» на ЮНА и местных сербов, в конце концов был задвинут на вторые роли командованием. С началом же хорвато-мусульманской войны тяжело пришлось, особенно в армии, уже почти всем немусульманам, и вскоре в армии на высших должностях остались практически одни мусульмане. В конечном итоге, религия оказалась сильнее политических идеологий, тем более, что ислам имеет особенность «радикализироваться» в ходе войны, а в данном случае этот радикализм с самого начала войны был намеренно насаждаем в местном обществе экстремистским крылом в религиозно-политическом руководстве местных мусульман, прежде всего Алией Изетбеговичем, Хасаном Ченгичем, Омером Бехменом, пользовавшихся поддержкой определенных сил в исламском мире в том числе в религиозно-государственной верхушке Ирана. Нельзя с нынешним исламом уравнивать положение слабеющих христианских церквей, разделенных не только религиозными расколами, но и государственными интересами своих космополитических верхушек. Изначально ислам в большей мере пользуется военно-политическими средствами для достижения своих целей. В строительстве местных вооруженных мусульманских сил с самого начала большую роль играл исламский мир, в первую очередь Иран. Перед войной в 1991 году Иран посетил Алия Изетбегович, откуда режиму последнего с самого начала войны была оказана большая военная помощь не только вооружением, снаряжением и боеприпасами, но и определенным количеством личного состава, главным образом из корпуса Стражей Исламской Революции, бывшими не только советниками и инструкторами в некоторых частях, но и иногда принимавших прямое участие в боевых действиях. Нельзя, конечно, чрезмерно преувеличивать иранское влияние, но тем не менее, остается фактом, что и после войны в мусульманском военно-политическом верхе с американским влиянием могло сравниться только иранское. В этом не было ничего удивительного, ибо здесь действовало государство, имеющее изначальное преимущество над любым общественно-политическим движением, и то что определенное, пусть и небольшое число будущих бойцов мусульманских армий и полиции, прежде всего их специальных» сил, прошло обучение в Иране не могло не вызвать рост народных симпатий к последнему, и следовательно, к росту влияния идей, проводимых его государственной политикой, подкрепляемой финансово и дипломатически. В конечном итоге, помощь как в вооружении, так и в подготовке мусульманских вооруженных сил других исламских государств, даже казалось бы, прозападной Турции, не могла не повлиять на их дух, ибо уже сам факт того, что главная поддержка шла, все-таки, от исламских народов не могло не обеспечить рост силы ислама в войсках. Возможно это громко звучит, ибо на деле армия Боснии и Герцеговины следовала скорее турецкой модели, чем иранской, но уже то, что местные мусульмане еще недавно немногим отличавшиеся от сербов и хорватов, стали употреблять термины и методы «джихада», в сущности огромный шаг к исламскому государству.