Официальная же причина визита первого наместника в Москву была иной, и тоже нерадостной. Войска польского короля Стефана Батория после военного совета в Чашниках двинулись вперёд, и уже взяли крепость Велиж. Лазутчики донесли, что защитники крепости сдались без боя многократно превосходящему гарнизон числом польскому войску. Впереди у Батория находилась крепость Усвят, но Василий Фёдорович знал: долго ей не выстоять. Затем — Смоленск и Великие Луки. После них откроется дорога на Псков и Новгород, либо Москву и Тверь, а русские войска окажутся разделены надвое. Боярин оставил во Пскове своего младшего родича Ивана Петровича Шуйского, наместника, и теперь намеревался нижайше просить у государя солдат, пушек и провизии для обороны Пскова. Надеяться выстоять своими силами не приходилось.
Аудиенции надлежало пройти в Грановитой палате. Государь любил это место: здесь он принимал иноземных послов, проводил совещания, наградные церемонии и отмечал праздники. Кто будет присутствовать, Василий Фёдорович не знал, но был уверен, что не обойдется без Годунова.
Годунова Василий Фёдорович невзлюбил со времён все того же первого Ливонского похода три года назад, хоть и лично близко знаком не был. Тогда боярин крепко сдружился с царевичем Иоанном Иоанновичем, которого служивые любили и уважали. Царевич солдатской жизнью не брезговал: спал у костра, ел простую пищу, в бою на рожон не лез, но и за спинами не прятался. Государю такое приходилось не по нраву, и отношения между отцом и наследником были напряжёнными. Царевич тогда пожаловался Василию Фёдоровичу, что, дескать, Годунов забрал власть великую, и государь к нему всячески прислушивается, хотя тот даже не был ему родичем, а приходился всего лишь зятем покойному Скуратову, главе опричников. Дошло до того, что Иоанн Васильевич пожаловал Годунову честь передвигаться в походе на своем любимом коне.
Высшей точкой стал победный пир в Валмиере, когда государь повелел посадить Годунова ошую от себя вместо воеводы Фёдора Мстиславского, как то полагалось. Царевич Иоанн тогда вспылил, заявил, что Годунов почётного места не заслужил, а потому он, царевич, сидеть одесную отказывается, и потребовал себе места среди простых воевод, которые добыли славу русскому войску честным оружием. Что и говорить, государь и его наследник друг друга стоили — оба резкие, жёсткие, вспыльчивые. Быть бы крепкой ссоре, а то и драке, да вмешался сам Годунов. Он пал ниц перед государем, и умолял его, безродного, хоть высечь, хоть повесить, а на почетное место не сажать, дабы не оскорблять тех, кто этого места действительно достоин. Другой бы государь таким поступком восхитился, осыпал бы скромного ласками да милостью, но не таков был Иоанн Васильевич. Он разозлился, что ему посмели перечить, и от души отходил Годунова царским жезлом. Потом, впрочем, быстро раскаялся, и в Москву из похода Годунов вернулся в положении, ещё более близком к царю. В назидание же царевичу Иоанн Васильевич по возвращению повелел якобы под предлогом бездетности насильно постричь его жену Феодосию в монахини и сослать в монастырь на Белоозере. После этого отношения отца и сына вовсе сошли на нет.
Вражда между царевичем и Годуновым сложилась тихая, молчаливая, но оттого только более страшная - не не жизнь, а на смерть. Царский фаворит не мог не понимать, что царевич, взойдя на трон, мигом лишит его всех милостей и положения, а то и головы. Царевич же, в свою очередь, был уверен, что Годунов сделает все, чтобы на престол его не допустить. Тем более, что младший царевич, тихий и мягкий Фёдор Иоаннович, с Годуновым вполне ладил. После ситуации на пиру Иоанн Иоаннович лишь сильнее убедился, что Годунов хитёр, коварен, и ради своих замыслов готов стерпеть даже унижения и царские побои.
Спустя ещё год Василий Фёдорович, сидя наместником во Пскове, получил от царевича послание с личной печатью. Царевич писал, что государь стал совсем подозрителен, раздражителен, всех бояр от себя удалил прочь, кроме Годунова, и теперь, не посоветовавшись с ним, никаких решений не принимает, и даже патриарх Дионисий оказался бессилен. Недовольных таким положением, и осмеливавшихся недовольство высказывать, было поначалу много, а вот затем как-то внезапно число их уменьшилось: кого сослали прочь из Москвы, а кого и укоротили на голову. Писал царевич и о том, что Годунов уже совсем осмелел, и вслух говорит, что дескать, Фёдор Иоаннович для русского престола предпочтительнее, и что есть среди боярских родов те, кто встал на его сторону — Бельские, Нагие, Трубецкие и Юрьевы-Захарьины. В конце послания царевич писал, что доверять в Москве боле некому, а потому вынужден он просить Василия Фёдоровича, с которым не раз хлебали кашу из одного походного котелка, вспомнить о старой дружбе, и выяснить, не готовит ли Годунов бунта против наследника. Василий Фёдорович о старой дружбе не забыл, о присяге на верность государю и земле русской тоже, и так в московскую Стрелецкую слободу отправился Кожевников, с поручением вызнать, какие настроения ходят среди служивых, и на чью сторону те, в случае чего, встанут.