Та же участь постигла и аборигенов Фуэртевентуры. Островитяне оказали упорное сопротивление захватчикам, однако к 1405 году оно было сломлено, а в январе этого года были насильно обращены в христианство оба правивших на острове вождя.
При завоевании Иерро конкистадорам удалось хитростью заманить на корабли вождя острова и его приближенных. Все они были проданы в рабство. Значительная часть остального населения, оказавшего стойкое сопротивление захватчикам, была перебита.
Попытки Бетанкура захватить другие острова архипелага окончились неудачей. В 1406 году на Канарах было учреждено епископство, названное Рубиконским.
Перед отъездом в Нормандию Жан де Бетанкур назначил своего племянника Масиота губернатором покоренных островов. Но в 1418 году Масиот де Бетанкур продал свое право на управление островами другому сеньору. С этого времени управление архипелагом неоднократно переходило из рук в руки. В 1448 году право на управление приобрел дон Энрике де Португаль, а в 1455 году — Диего де Эррера, также португалец. По существу, вместе с этим правом приобреталось также право на грабеж аборигенов и захват еще не колонизированных островов. В 1477 году право на контроль над архипелагом перешло от Диего де Эрреры непосредственно к королеве Изабелле, после чего королевская власть приступила к завоеванию оставшихся непокоренными островов.
На протяжении всего периода колонизации Канарского архипелага его острова периодически подвергались пиратским набегам, основной целью которых был захват коренных жителей, доставляемых на невольничьи рынки Европы наряду с гвинейскими рабами. Как отмечал в одной из своих работ Александр Гумбольдт, «в XV веке почти все народы, занимавшиеся торговлей, в особенности испанцы и португальцы, отправлялись на Канарские острова за рабами...». По свидетельству Кадамосто, в середине XV века христианизированные жители уже покоренных островов также включились в охоту за рабами. В ночное время они подплывали к островам, население которых еще не было обращено в христианство, и захватывали в плен аборигенов с целью продажи их испанцам в рабство. Коренное население оказывало работорговцам и конкистадорам отчаянное сопротивление, причем наиболее успешно отражали морские набеги жители Тенерифе и Гран-Канарии.
Завоевание Гран-Канарии, самого обжитого из островов архипелага, длилось с 1478 по 1483 год. Оно осуществлялось по распоряжению королевской власти, причем расходы по военным операциям оплачивал епископ Рубиконский. Высадившись в 1478 году на северо-востоке острова, испанцы построили там укрепленный лагерь. Однако активные военные действия против островитян были начаты через два года. В первой же битве испанцев с канарцами был убит Дорамас, вождь одного из районов острова. Это обстоятельство, а также приближение времени сева (он производился в ноябре) способствовали тому, что значительная часть воинов сложили оружие.
Но весной борьба вспыхнула с новой силой. С целью ослабить сопротивление аборигенов испанцы захватывали в плен коренных жителей (особенно взрослых мужчин) и высылали их в Кастилию или на уже завоеванные острова Канарского архипелага. Часть высылаемых превращали в рабов, остальные формально оставались лично свободными. Однако волнения аборигенов и после этого продолжались еще длительное время, затихая лишь на периоды полевых работ. В мае 1481 года испанцам удалось заключить мирное соглашение с некоторыми из племенных вождей Гран-Канарии. Среди них был вождь местности Гальдар (он получил после крещения имя Фернандо), оказавший завоевателям помощь в подчинении других островитян. Только в апреле 1483 года покорение было полностью завершено. После этого Педро де Вера, руководивший военными операциями, провел на острове так называемое репартимьенто, распределив между конкистадорами земли и источники воды.
Обосновавшиеся на захваченных островах католические миссионеру пытались распространить свое влияние и на еще сохранившие независимость острова, однако попытки эти не имели успеха. Лишь на Гомере христианизация коренных жителей в основном предшествовала окончательному политическому подчинению острова. В 1447 году здесь обосновался первый отряд испанских завоевателей. На первых порах аборигены не оказали сколько-нибудь существенного сопротивления испанцам. Они приняли новую веру и на протяжении 30 лет исправно платили церковные налоги испанским властям. Лишь после того как колонизаторы обманным путем заманили на корабли около сотни жителей острова с целью их похищения, местное население взбунтовалось и в течение десятилетия (до 1488 года) вело борьбу с захватчиками. Большинство аборигенов Гомеры были истреблены, оставшиеся же в живых были захвачены в плен и проданы в рабство в портовых городах Испании. Только немногие из них были впоследствии освобождены и возвращены на родину.