За свой успех самураи заплатили половиной всех участвовавших в деле самолётов, потерянных от огня американских истребителей, зениток, прикрывавших среднекалиберные батареи «Браунингов» М2, столкновений с тросами аэростатов заграждения. Вдобавок, утром на отходящий объединённый флот совершила налёт жаждущая мести базовая авиация янки. По-видимому, весь запас их авиаторпед погиб на Бальтре, поэтому многомоторные самолёты наносили удар бомбами с горизонта выше досягаемости МЗА. С нулевым результатом, несмотря на то, что задействовано было свыше двухсот Б-17, 25, 26. «Доунтлессы» оказались более эффективны, хоть и пикировали не ниже четырёх километров. Из полутора сот сброшенных ими бомб в «Акаги» и «Кага» попали по одной, причём, в обоих случаях, в кормовую часть полётной палубы. Авианосцы отделались, по большому счёту, лёгким испугом, но потеряли способность принимать самолёты. Зато всё ещё могли их выпускать. Позже, уцелевшие самолёты 1-й и 2-й дивизий авианосцев перелетели на «Секаку», «Дзуйкаку», «Ямато» и «Мусаси», частично восполнив собой потери «родных» эскадрилий. До полного комплекта авиагруппы 5-й и 6-й дивизий довели четыре (две истребительных, пикирующая и торпедоносная) эскадрильи временно развёрнутой на Галапагосах плавучей понтонной авиабазы.
«Лишние» и повреждённые авианосцы с главными линейными силами флота от Бальтры отошли в метрополию, а «похудевшее» соединение Нагумо, сопровождаемое линейными крейсерами типа «Конго», пробежалось на юг, к берегам Чили, наведя там «самурайский порядок», утопив пять конвойных авианосцев и множество транспортных судов янки, чем изрядно поспособствовали уничтожению высаженных осенью трёх дивизий МП американцев, которые, прижатые к морю, вынуждены были сдаться, истощив все запасы снарядов и патронов. Их просто бросили на захваченных на побережье плацдармах, так как контроль над добычей и погрузкой селитры, после уничтожения Панамского канала, не имел уже никакого значения.
Что касается самой Бальтры, то её американцы в течение первых дней января пытались уничтожить налётами Б-17 с территории Эквадора и весьма в этом деле преуспели, перепахав тяжёлыми бомбами ВПП. Несмотря на это, единственная неполная эскадрилья «Рейсенов» исправно поднималась на перехват налётчиков, используя понтонную полосу, которую к моменту бомбёжки уже успевали растащить на отдельные элементы. Янки, думая, что «Зеро» взлетают с грунта, продолжали уничтожать собственную постройку, воронки на которой коварные азиаты искусно маскировали крашеной под бетон парусиной на дощатых каркасах. В этих боях отчётливо проявилась слабость «Рейсенов» против модернизированных четырёхмоторных бомбардировщиков. Истребители, заточенные на борьбу с палубными самолётами на малых и средних высотах, на рабочем эшелоне Б-17 становились вялыми, а боезапас 20-мм пушек, всего по 60 снарядов на ствол, оказался слишком мал для уничтожения таких прочных самолётов.
Не слишком помогло и наращивание сил с возвращением Нагумо с юга. Бомбёжки, в основном ночные, продолжались. Вдобавок, острова Галапагос стали объектом пристального внимания субмарин янки, принявшихся «обкусывать» плавучий тыл японского соединения. В результате, в конце января, буквально на днях, «Ямато» получил в борт торпеду. Нагумо, оставив на Галапагосах понтонную авиабазу, и передав ей все свои эскадрильи, отступил в метрополию. В районе Галапагос временно, до смены тяжёлыми крейсерами, остались корабли типа «Конго», две дивизии ЭМ и небольшое число транспортных судов, оборонять которые было уже проще.
Бальтра превратилась для японцев в чемодан без ручки, нести который тяжело, а бросить жалко. Но и для американцев она становилась костью в горле, блокируя продвижение морским путём на юг, мешая навести порядок на «заднем дворе», что для Штатов теперь было, очевидно, первостепенной задачей. Латиносы совсем отбились от рук. Бразилия, неприступная по сухому пути через амазонскую сельву, разместила у себя на побережье целую немецкую авиаэскадру, действующую в Атлантике. Аргентина, соблазнившись Мальвинскими островами, выступила на стороне Гитлера. Тем более, что последний, отправив главные силы Кригсмарине в очередной рейд-сюрприз, сумел быстро выполнить своё авансовое обещание. Фолкленды были для немецких моряков знаковым местом и нанести англичанам там поражение было не столько делом военной необходимости, сколько пропагандистским ударом. Причём, с минимальными рисками. Разбомбить заштатную базу — это не атаковать трансатлантический конвой, сопровождаемый авианосцами и линкорами! Всё было проделано под новый, 1942 год. Немецкий флот, выйдя в середине декабря из Дакара на перехват очередного, идущего на север, конвоя, через две недели появился у Порт-Стэнли и легко его захватил, благо у англичан не оказалось там ни многочисленного гарнизона, ни достойной упоминания авиации.