На той час справи ЮКОСа йшли добре. Ми наполегливо працювали над перетворенням компанії з динозавра, що забруднював довкілля і був збитковим, на ефективний сучасний бізнес; ми пройшли крізь небезпеки краху 1998 року, і я не був налаштований віддавати фірму, яку ми створили. Борису Березовському та Володимиру Гусинському погрожували арештом і, що ще гірше, залякували, щоб вони відмовилися від свого бізнесу і виїхали за кордон, але я не був схильний до цього. Відповіддю Кремля стала серія погроз на мою адресу і на адресу моїх колег.
У червні 2002 року газета “Комерсант” запитала мене, чи відчуваю я себе в Росії в безпеці, і я без вагань відповів: - Звичайно, ні. Як фізична особа - абсолютно ні… Ризик того, що мене, Ходорковського, можуть змусити зникнути? Так, звичайно, це може статися. Але я не думаю, що вони можуть змусити зникнути ЮКОС. Суспільство розуміє, що втрата такого великого бізнесу була б неприйнятною втратою для кожного росіянина… Тому, навіть якщо Путіну не подобається наша компанія, він все одно з нами розмовляє… - Мій оптимізм, як показали події, був безнадійно недоречним. За кілька місяців розмови припиняться і почнуться репресії.
У січні 2003 року ми розглядали можливість купити нафтовидобувний бізнес на півночі Росії під назвою “Северная нефть”. Власники просили 200 мільйонів доларів, що значно перевищувало реальну ціну. Жодна нафтова компанія не хотіла платити таку суму. Але потім ми почули, що “Роснефть” купила фірму за смішні 600 мільйонів доларів, що принаймні втричі перевищувало її реальну вартість. Угода мала ознаки корупції, і цілком імовірно, що понад 400 мільйонів доларів державних коштів, наданих “Роснефтью”, просто пішли в чиюсь кишеню. Для мене це стало останньою краплею, остаточним підтвердженням того, що “силовики” відштовхують Путіна від того, щоб вести Росію шляхом прозорості та доброчесності, до старих шляхів кумівства та корупції. Що стосується самого Путіна, то, попри всі його негаразди, я думав, що, можливо, він все ще не визначився, яким шляхом піти. Незабаром я зрозумію, що помилявся.
19 лютого 2003 року Путін скликав провідних бізнесменів країни на чергову зустріч у Кремлі. Це була одна з серії широко розрекламованих форумів, покликаних показати народу, що президент серйозно ставиться до проблем пересічних росіян. Записи цих зустрічей показували по національному телебаченню і висвітлювали в пресі. Темою цієї зустрічі була “боротьба з корупцією”. Очікувалося, що учасники говоритимуть про необхідність боротьби з корупційними практиками, і ми думали, що присутність телекамер гарантує, що президент висловить свою рішучість щось з цим робити. Ми думали, що він дасть зелене світло нам і нашим політичним союзникам в уряді та адміністрації, щоб вжити практичних заходів для зміни ситуації на краще.
Після того, як низка промовців виголосили безглузді банальності, мікрофон перейшов до мене. Я підготував промову, доповнену слайдами, яка мала б стати гострим докором тим, хто увічнив корупцію в Росії, включно з самим президентом. Коли настав момент, я нервував, але не зупинявся на досягнутому. На екранах учасників спалахнув напис “Корупція в Росії - гальмо економічного зростання, - за яким послідувала нищівна низка статистичних даних. Згідно з опитуваннями громадської думки, 27% росіян вважають корупцію найнебезпечнішою загрозою для нації; 49% вважають, що корупція поширилася на більшість державних службовців, включаючи поліцію, податкові та митні органи, служби безпеки, судову систему, дорожню поліцію та найвищі рівні федеральної влади. Висновок про те, що майже половина російського населення вважає президента і його найближчих союзників корумпованими, викликав жвавий резонанс за столом. Путін слухав і дивився на слайди, але, як вишколений кадебіст, він не видав жодних ознак емоцій.
Наступна статистика стосувалася поглядів людей на ставлення Кремля до корупції: 32% росіян, за даними соціологів, вважають, що російське керівництво хотіло б боротися з корупцією, але безсиле в цьому; 29% вважають, що наші лідери можуть боротися з корупцією, але вирішили не робити цього; і 21% вважають, що воно не бажає і не може боротися з нею. Зустріч перейшла від порожнього висловлювання благочестивих сподівань до чогось набагато конкретнішого: доказів того, що третина росіян вважає свого президента безсилим перед обличчям організованої корупції, тоді як інша третина вважає, що він причетний до неї.