На этом изменения в усыпальнице не закончились. Во время похода 1425 года против монголов из Карши Улугбек приказал взять два больших куска прекрасного темно-зеленого нефрита. Их доставили с помощью особых телег в Самарканд. Здесь, пригнав один к другому, им придали форму намогильного камня и положили в качестве наружного надгробия Тимура.
В исторических хрониках сказано, что сверху на камне высекли надпись, гласившую, что эта гробница великого султана, милостивого хана, эмира Тимура, сына эмира Тарагая, сына… и т. д. до девятого колена, в котором родословная уже имела общего предка с родом Чингисхана. Далее приводится родословная последнего, вплоть до легендарного сказания о божественном зачатии одного из предков Чингисхана женщиной по имени Алан-Гоа. Легенда гласит, что молодая женщина забеременела от луча солнца, проникшего к ней в комнату через отверстие над дверью и принявшего образ одного из потомков пророка Али. Как уже упоминалось, эта вымышленная генеалогия, устанавливающая родство Тимуридов с Чингизидами, была сочинена уже после смерти Тимура. Сам он при жизни довольствовался иной, более скромной легендой, будто его предки на основании договора, возобновлявшегося несколько раз и забытого в период смуты, были полновластными эмирами при потомках Чингисхана. В конце надписи на верхней стороне нефритового надгробья приведена дата смерти Тимура. Кроме того, на малой боковой стороне надгробия имеется вторая надпись, которая свидетельствует, что камень этот привезен и поставлен Улугбеком после похода против монголов.
Усыпальница Гур-Эмир важна для изучения исторических памятников зодчества Средней Азии. И с ней связана еще одна таинственная история, произошедшая в середине прошлого столетия.
Тимур родился 21 марта 1336 года, а спустя 605 лет 21 марта 1941 года на стол Сталина легло прошение от членов Академии наук об организации экспедиции в Самарканд. Цель — исследование гробницы Гур-Эмир и вскрытие захоронения Тимуридов. Странное время для подобной просьбы, учитывая, что шла Вторая мировая война, которая с каждым днем приближалась к границам Советского Союза. Но, быть может, все станет на свои места, если вспомнить лозунг, который был брошен в массы еще в тридцатые годы: «Нам нужны не люди, нам нужна идеология!» В этой связи Сталин дает добро на издание серии «Жизнь замечательных людей». Вождь лично выбирает тех, кто достоит попасть на страницы многотомника. В 1937 году одной из таких личностей становится Тамерлан. Наверное, Иосифу Виссарионовичу понравился девиз великого эмира: «Справедливости в силе. Сила в справедливости». Кроме того, Сталин нашел время, чтобы изучить биографию Тимура, и назвал его избавителем мира от монголо-татарского ига. Выполнение именно этой исторической задачи «легло на плечи» Железного Хромого, что усложнило работу историков: им предстояло найти документы или объяснить имеющиеся так, чтобы мнение «отца народов» было безоговорочно подтверждено. Жизненный путь Тимура теперь подправлялся под идеологические штампы советского государства. Поэтому Сталин дал добро экспедиции вместе с указанием начать ее не позднее лета. То было лето 1941 года.
В конце мая 1941 года в Самарканде все было готово к началу робот. Начальником экспедиции был назначен академик Кара-Ниязов. Для расшифровки надписей на могильных плитах из Москвы в Узбекистан приехал востоковед с мировым именем Александр Семенов. Кроме них, прибыл Михаил Герасимов — антрополог, специалист по восстановлению внешности по черепу. В состав группы так же были включены хроникеры. Отдельной группой прибыли фотографы, журналисты, художники. Оператором в съемочной группе был тогда еще совсем молодой Малик Каюмов.
Приезд такого количества людей, их активность, связанная с мавзолеем Тамерлана, очень заинтересовала местное население. Тысячи жителей Самарканда буквально не сводили глаз с того, что происходило в священном месте.
На первом общем собрании Ниязов озвучил официальную цель предпринятой экспедиции: изучить эпоху Тимуридов и установить подлинность останков великого эмира, исследовав его гробницу. Правда, не все исследователи верили, что в Гур-Эмире покоятся останки Тамерлана. Между учеными давно велись споры относительно места его захоронения. Одни называли город, в котором он родился и в котором еще при его жизни рядом с усыпальницей родителей была построена усыпальница для него. Другие были уверены, что это Отрар, где полководец остановился и скончался во время последнего похода на Китай. Были, конечно, и те, кто утверждал, что останки Тамерлана находятся в Гур-Эмире. Здесь и решили начать поиски останков Железного Хромца.