Выше зоны лесов расположен субальпийский пояс. Он занимает высоты 2400–3200 м. Здесь развита низкорослая злаково-разнотравная растительность из горной осоки, герани, мятлика и многих яркоцветных высокогорных растений. Характерны многочисленные подушки стелющегося туркестанского арчевника.
Еще выше расположен пояс альпийский лугов (2600–3200 м) с низкорослыми злаками, разнотравьем и множеством ярко цветущих растений. Завершает эту поясность выше 3200 м скально-ледниковый пояс с царством скал, ледников и щебня.
Животный мир гор разнообразен. В предгорьях обитают различные грызуны, обыкновенный скворец, галки, жаворонки, пустельга, воробьи. В зоне лиственного леса — дикобраз, лесная соня лесная и полевая, мыши, ласка, лисица, барсуки, косули, изредка кабаны. Из птиц — фазан, совка-сплюшка. В зоне еловых лесов живут кедровки, клесты, пищухи, синички, трехпалый дятел, горихвостка, мохноногий сыч, и многие другие птицы. Из млекопитающих — домашняя и лесная мыши, барсуки, медведи, рыси. У верхней границы леса в арчевниках обитают горные козлы, архары, сурки, снежные барсы, медведи. В последние годы из-за усиленного выпаса скота, прогрессирующей засушливости, а также охоты, разнообразие и численность животных заметно сократились.
Природа равнинных и пустынных ландшафтов очень разнообразна. Пустыни Средней Азии подразделяются на четыре типа: глинистая или эфемерная, каменистая, солончаковая и песчаная. Чаще всего эти типы пустынь перемежаются друг с другом в зависимости от почвенных условий, образуя своеобразную мозаику, хотя и существуют местами и их большие массивы.
Для глинистой пустыни наиболее характерна полынь белоземельная, являющаяся ландшафтным растением. Кроме того, в ней произрастает анабазис солончаковый, анабазис безлистный, черный саксаул, терескен, изень, мятлик луковичный, маки, астрагалы, тюльпаны и многие другие растения. Песчаная пустыня наиболее богата растениями. В ней растут песчаная акация, белый саксаул, чингиль, несколько видов джузгуна, осока вздутая, злак селин. В солончаковой пустыне, образующейся в бессточных впадинах, а также по берегам водоемов, где близко к поверхности земли залегают грунтовые воды, растения сочные, зеленые, толстостебельные с редуцированными листьями. Их видовой состав очень беден. Характерен для этого типа пустынь солерос, сарсазан и другие виды солянок. Также бедна каменистая пустыня, для которой характерен небольшой кустарничек боялыш. Но в многочисленных сухих руслах дождевых и селевых потоков произрастают многие другие растения, в том числе и зайсанский саксаул, а также растения, характерные для различных типов пустынь.
Животный мир пустынь, несмотря на жаркое лето, холодную зиму, недостаток влаги — очень разнообразен. В ней обитают несколько видов ящериц-круглоголовок, быстрая ящерица, гекконы, безногая ящерица желтопузик, агама, черепаха. Из змей в пустыне живут степная гадюка, стрела-змея, степной удавчик, полозы. Многочисленны грызуны, и из них наиболее обычна большая песчанка, песчанки тамарисковая, полуденная, желтый суслик, суслик тонкопалый, несколько видов тушканчиков. Ранее был весьма обыденен заяц, из хищных — волк и лисица, хорек степной и хорек-перевязка, барсук, четыре вида диких кошек, еж. Украшают пустыню элегантная газель джейран, недавно акклиматизированный из Туркмении взамен уничтоженного кулан. Не менее многочисленны и птицы. Из них наиболее обыденна каменка-плясунья, саксауловая сойка, несколько видов жаворонков, пустынная славка, саксауловый воробей, пустынный сорокопут, авдотка, сизоворонка, щурка, пустынный ворон, саджа и два вида степных рябков, степной орел, пустельга. Для тугайной растительности характерны соловей, галки, грачи, скопа, орлан белохвост. Очень редок черный аист, фазан, кабан, косуля, камышовый кот.