Примерно к середине 1969 года сформировалась организационная структура операции «Хаос», остававшаяся затем неизменной в течение трех лет. Численность личного состава группы была доведена до 36 человек. В июне 1969 года куратором группы было назначено крупное должностное лицо. На него возлагались решение административных вопросов и ответственность за секретную информацию, поступавшую в группу. Позднее были созданы три отдела и введено распределение обязанностей между их руководителями.
Одновременно с увеличением численности личного состава группы и расширением масштабов ее деятельности принимались меры для ее более строгой изоляции и усиления ее защиты. Еще раньше группу разместили в подвальном помещении. Был введен более жесткий контроль за связью группы с внешним миром, даже через коммутаторы ЦРУ, для которых и так существовал строгий режим. Была установлена прямая связь с ФБР. […]
Внутренним распоряжением директора ЦРУ Хелмса от 6 сентября руководителям всех отделов было предписано оказывать максимальную помощь в осуществлении мероприятий группы «Хаос». Применение режима строгой секретности как к содержанию распоряжения, так и к порядку его рассылки подчеркивает его важность. Хелмс вновь подтверждал в своем распоряжении, что на группу «Хаос» возлагается оперативная сторона всех мероприятий ЦРУ, касающихся «радикальных кругов». В нем выражалась надежда, что каждый отдел ЦРУ окажет содействие группе, «используя уже существующие и изыскивая новые источники, и что группа «Хаос» будет иметь доступ к этим источникам». Далее Хелмс высказывал уверенность в том, что
«ЦРУ нашло правильное решение — строго соблюдать при выполнении этой задачи положения своего устава и воздерживаться от любого вмешательства во внутренние проблемы».
Распоряжение от 6 сентября, в подготовке которого принимал участие также начальник группы «Хаос», преследовало, по крайней мере, три цели: прежде всего оно подтверждало, что операция «Хаос» занимает важное место среди задач ЦРУ; затем оно давало ответ на возражения, возникшие в связи с этой проблемой в самом ЦРУ; наконец, оно гарантировало операции «Хаос» самую широкую поддержку во всем, в чем у нее может возникнуть потребность, в том числе и в обеспечении кадрами.
Через месяц после упомянутого распоряжения от 6 сентября в распоряжение группы «Хаос» был передан действующий агент из другого отдела, и, таким образом, группе было поручено руководить своими собственными агентами. Чтобы понять, как группа «Хаос» использовала этих агентов, сначала следует рассмотреть некоторые планы, разработанные ранее другими службами ЦРУ.
В феврале 1968 года отдел безопасности вместе с одним из отделений Оперативного управления представил совместный план № 1, носивший первоначально название «План оперативных действий внутри антивоенного и негритянского движений в США». Планом намечалось внедрение агентов в основные движения такого рода для сбора информации об их связях и контактах с заграницей, а также об индивидуальных или групповых зарубежных поездках их участников. В марте 1968 года Хелмс отклонил это предложение, ссылаясь на то, что в случае осуществления его могли бы расценить как нарушение устава ЦРУ, и, если бы оно стало достоянием гласности, а, по его мнению, это неизбежно произошло бы, оно вызвало бы широкую кампанию нападок на ЦРУ.
Затем план был переработан. В его новом варианте запрещалось внедрение агентов ЦРУ в американские группы протеста с целью сбора информации об их деятельности в США. Любым контактам с этими группами отводилась второстепенная роль, главная же цель состояла в добывании за рубежом информации об иностранном влиянии на внутренние подрывные движения в США. Измененный таким образом план был утвержден начальником Оперативного управления при условии, однако, что вытекающие из плана действия будут осуществляться под его непосредственным контролем. Этот план, вероятно, так и не был введен в действие, во всяком случае это ничем не подтверждается.
Как показывает история плана № 1, ЦРУ было известно, что устав запрещает ему использовать агентуру в операциях внутриполитического характера. Таким образом, ему запрещалось «внедрять» агентов в группы протеста на территории самих Соединенных Штатов с целью добывания сведений об их деятельности внутри страны.