Ряд сотрудников, уже давно участвовавших в оперативной работе, а также входивших в руководство различных отделов, также выступили против деятельности группы «Хаос» или отнеслись к ней скептически. Некоторые начальники отделов не желали брать на себя ответственность, когда речь шла о сборе сведений для группы, и пытались оставаться в стороне от информации, предназначенной для исключительного использования группой. Когда группа «Хаос» ввела в действие собственную агентуру, некоторые оперативные работники восприняли это как вмешательство в их дела.
Кроме того, сдержанность в отношении операции «Хаос» отчасти основывалась на «философских» принципах. Например, один свидетель, описывая отношение своей службы к операции, назвал его «полностью отрицательным». Записка от мая 1971 года подтверждает, что этот отдел не желал иметь никаких связей с группой «Хаос», поскольку, по его мнению, то, чем занималась группа, относилось скорее к компетенции ФБР. У этой службы было мало контактов с группой «Хаос», и сотрудничество между ними ограничилось лишь тем, что она рекомендовала группе «Хаос» одного кандидата для использования в качестве агента.
Тот факт, что Хелмс в своей записке от 6 сентября потребовал, чтобы группе «Хаос» оказывали поддержку, указывает, по-видимому, на существование довольно явного враждебного к ней отношения. В этой записке, разосланной всем начальникам управлений ЦРУ, Хелмс заверял их в том, что эта операция не выходит за рамки устава ЦРУ, и требовал, чтобы они оказывали ей поддержку.
В записке от 5 декабря 1972 г. приведено мнение Хелмса об операции «Хаос»:
«„Хаос" является нормальной контрразведывательной операцией ЦРУ, которая не может быть приостановлена лишь из-за того, что некоторым работникам организации не нравится это мероприятие».
В 1972 году, когда пошло на убыль участие США в войне во Вьетнаме и снизилась активность движения протеста, операция «Хаос» утратила свое значение. Сократился поток сообщений, да и опасения Белого дома в отношении иностранного вмешательства тоже уменьшились. В середине 1972 года Группа специальных операций начала переносить центр своего внимания на другие области разведки.
В конце 1973 года новый директор ЦРУ — Уильям Е. Колби, знакомясь с «довольно пикантными» мероприятиями организации, приказал всем управлениям следить за тем, чтобы действия ЦРУ оставались в рамках закона. В памятной записке по этому вопросу директор ЦРУ отмечал, что операция «Хаос»
«должна отныне ограничиваться сбором за границей разведывательных сведений об иностранном влиянии на деятельность лиц и организаций внутри страны. В дальнейшем ЦРУ должно сосредоточить свое внимание на организациях и лицах, замешанных в этих делах, и лишь постольку поскольку — на тех, с кем они контактируют в Америке».
В памятной записке Колби указывалось также, что ЦРУ не должно заниматься наблюдением за американскими гражданами за границей или предпринимать какие-либо другие акции, направленные против них, его задача — быть лишь связующим звеном между ФБР и службами, ведающими иностранными делами. Таким образом была смягчена политика в данном вопросе, выработанная в 1968 году и подтвержденная в 1969 году его предшественником Ричардом Хелмсом.
К августу 1973 года, когда была написана памятная записка Колби, объем документации, накопленной группой «Хаос», составлял 13 тыс. досье, 11 тыс. памятных записок, отчетов, писем ФБР, более 3 тыс. записок в адрес ФБР, почти 3,5 тыс. памятных записок для внутреннего пользования. Кроме того, группой «Хаос» было подготовлено 12 тыс. сообщений и полных досье, предназначенных для правительства.
15 марта 1974 г. ЦРУ прекратило осуществление операции «Хаос». Всем отделениям ЦРУ были даны соответствующие указания. Любая информация об американских гражданах, проживающих за границей и подозреваемых в действиях, затрагивающих безопасность или представляющих интерес для контрразведки, должна была передаваться ФБР. В записке о прекращении операции «Хаос» указывалось, что ЦРУ не должно предпринимать каких-либо односторонних действий против подозреваемых без специального на то разрешения начальника Оперативного управления и, кроме того, письменного запроса от ФБР и согласия директора ЦРУ.