Столь же внушителен и жизнерадостен интерьер церкви, поражающий размахом и цельностью внутреннего пространства, организованного рядами стройных колонн и огромными куполами, ярким многоцветьем иконостаса и стенописей. И акустика здесь великолепна: каждый звук, усиленный вмурованными в центральный купол глиняными кувшинами, доносится до любого места.
Шедевром стародавнего искусства резьбы по дереву стал иконостас рильской церкви, законченный в 1844 году и позолоченный в 1858-м. В создании этого грандиозного сооружения, выдержанного в духе «болгарского барокко» и включающего тридцать шесть фигурных композиций и несчетное множество орнаментальных и декоративных мотивов, а также малых иконостасов в приделах, киотов, архиерейских тронов и амвонов, участвовали мастера самоковской и деборско-разложской школ. В их числе Петр Филипович из села Гари и прозванный Петром Гарка, его земляк Димитр Станишев, возглавивший все работы устабашия Атанас Телодур из Самокова, его подмастерья и ученики Стойчо Фандыков, Петр и Георгий Дащины. В границах дозволенного канонической иконографией резчики чувствовали себя довольно свободно, а их мироощущение, жизненный опыт и острая художническая наблюдательность сплошь и рядом насыщали повествование об Адаме и Еве, другие библейские и евангельские сцены сразу же узнаваемыми болгарскими реалиями. Вот крестьянка с корзиной собирает виноград, вот двое несут на жерди тяжелые грозди, кто-то стреляет из пушки, кто-то замахнулся ятаганом, а листья аканфа поставлены в характерно болгарские кувшины с носиком и ручкой… На царских вратах распростер могучие крылья двуглавый орел с державой и скипетром — символ России и царьградской патриархии; добро изнемогает в борьбе со злом, болгарский лев — в борьбе со змием, но на помощь ему устремился аист, бьющий длинным клювом по голове змия. В другом месте большая птица кормит птенцов — это аллегория России и славянских народов; яростная схватка двух людей и птица, поражающая одного из них: болгарин, осман и — Россия. Так прочитывали эти символы и современники Захария Зографа, и он сам.
Когда Захарий прибыл в Рильский монастырь — точно неизвестно; по-видимому, летом, но не позже осени 1841 года. Зимой там живописные работы прекращались, зографы возвращались домой — кто в Самоков, кто в Банско, а между тем есть достоверное свидетельство, что уже 20 марта 1842 года монастырский эпитроп уплатил Захарию за сделанную и, вероятнее всего, за будущую работу 7508 грошей; последующие этапы пребывания художника в монастыре документированы им самим.
Нет сомнения, что и сам Рильский монастырь, и время, проведенное там, были исполнены для Захария огромного и особенного значения. Когда он еще жил в Самокове, то не раз бывал здесь (к слову, каждый третий рильский монах — самоковчанин). Все вокруг было ему знакомо и дорого: Еленин верх, Царев верх, Мальовница, Аризманица, Иглата, Двуглав, Рупите, Бричебор и другие горы, село Рила в узкой, зажатой лесами и горами теснине, чистые речушки, изобилующие форелью и другой рыбой, Сухое озеро и Рыбные озера, скалы у села Стоб — Стобские пирамиды, прозванные в народе Русалочьими, мельницы, кузницы и лесопилки на быстротекущей и полноводной реке Риле и притоке ее — игривой, своенравной Друшлявице, а на слиянии их Ледяное озеро, где даже в июле лед, и высочайшая вершина Балкан Мусала, что означает «ближе к богу», запах горного меда на лугах, буковые и сосновые чащи, скит св. Луки, Пчелино, Орлица с их прекрасными храмами, а далее Дупница, Горна-Джумая… Сознавая свою «всеболгарскость», Захарий тем не менее остро ощущал кровную причастность к этому краю — Самокову и Рильской планине, к населяющим ее людям — ведь и сам он плоть от плоти и кровь от крови их, — ко всей духовной атмосфере, царившей в Рильской обители… И вот сейчас на монастырский двор, мощенный поросшими травой надгробиями усопших монахов («да попирает стопа смертного останки грешных рабов божьих…»), он вступил не паломником, но мастером.