Спустя год композитор полностью завершил оперу и предложил партитуру дирекции Императорских театров. Но его постигло сильное разочарование: произведение не одобрили. Еще через два с половиной года Мусоргский предлагает другую, переработанную версию, которую вновь отвергают. По мнению Мусоргского, причина крылась в необычной новизне музыки. Так, например, достаточно вспомнить сцену из II действия с курантами или Пролог с колокольным звоном. В этих фрагментах оперы Мусоргский знакомит слушателей с таким современным видом композиции, как сонористика. В нем важнейшую роль играют не высота звуков, а их красочные звучания и моменты перехода от одного тона или созвучия к другому. Также в отдельных монологах Бориса музыкальный язык близок к экспрессионистскому.
Первоначально Мусоргский выписал каждое движение исполнителей на сцене, вплоть до мимики на лице. Многие исследователи сравнивают оперу со сценарием кинофильма.
Очевидно, что Мусоргский пошел по трудному пути для жанра традиционной музыкальной драмы. Опера включает всего один любовный дуэт, и тот освещен холодным светом государственных интересов и «вставлен, — по меткому выражению музыковеда Г. Маркези, — в насмешливую раму именно потому, что музыка их как бы не замечает, вся проникнутая восторженным лирическим порывом встречи Марины и Самозванца». 
«Борис» при всем звуковом богатстве и роскоши зрелища начисто лишен условности. А это звуковое богатство мы находим в опере повсеместно: в народных песнях, в хорах, оркестровых фрагментах, в партиях действующих лиц, на короткое время выступающих из хора как протагонисты.
Огромное число энергичных, живых лиц, а не избитых типов традиционного театра составляют здесь подлинный кладезь той национальной самобытности, за которые ратовала «Могучая кучка».
Удивительно, но ровно через год, того же 8 февраля, «Борис» был поставлен в Мариинке полностью. Главным образом благодаря энергичной поддержке певицы Юрии Платоновой, избравшей оперу для своего бенефиса в партии Марины Мнишек. Демократическая публика встретила «Бориса» восторженно, реакционная — резко отрицательно. Вскоре оперу стали давать с произвольными сокращениями, а в 1882 году вообще сняли с репертуара. «Ходили слухи, — писал по этому поводу Н. А. Римский-Корсаков, — что опера не нравится царской фамилии; болтали, что сюжет ее неприятен цензуре».
Настоящее признание драма получила позже, в 1898 году уже в редакции Н.А. Римского-Корсакова.
Именно эта версия пришлась по вкусу публике, и началось триумфальное восхождение оперы по отечественным и зарубежным сценам. Необходимость осуществить эту редакцию творения друга сам Николай Андреевич объяснял так:
Опера, или народная музыкальная драма, «Борис Годунов» при первом своем появлении на сцене и в печати вызвала два противоположных мнения в публике. Высокая талантливость сочинителя, проникновение народным духом и духом исторической эпохи, живость сцен и очертания характеров, жизненная правда и в драматизме, и комизме и ярко схваченная бытовая сторона при своеобразии музыкальных замыслов и приемов вызвали восхищение и удивление одной части; непрактичные трудности, обрывочность мелодических фраз, неудобства голосовых партий, жесткость гармонии и модуляций, погрешности голосоведения, слабая инструментовка и слабая вообще техническая сторона произведения, напротив, вызвали бурю насмешек и порицаний — у другой части. Упомянутые технические недостатки заслоняли для одних не только высокие достоинства произведения, но и самую талантливость автора; и наоборот, эти самые недостатки некоторыми возводились чуть ли не в достоинства и заслугу. Много времени, прошло с тех пор; опера не давалась на сцене или давалась чрезвычайно редко, публика была не в состоянии проверить установившихся противоположных мнений.
«Борис Годунов» сочинялся на моих глазах. Никому, как мне, бывшему в тесных дружеских отношениях с Мусоргским, не могли быть столь хорошо известны намерения автора «Бориса» и самый процесс их выполнения. Высоко ценя талант Мусоргского и его произведение и почитая его память, я решился приняться за обработку «Бориса Годунова» в техническом отношении и eгo переинструментовку. Я убежден, что моя обработка и инструментовка отнюдь не изменили своеобразного духа произведения и самых замыслов его сочинителя и что обработанная мною опера, тем не менее, всецело принадлежит творчеству Мусоргского, а очищение и упорядочение технической стороны сделает лишь более ясным и доступным для всех ее высокое значение и прекратит всякие нарекания на это произведение. При обработке мною сделаны некоторые сокращения ввиду слишком большой длины оперы, заставлявшей еще при жизни автора сокращать ее при исполнении на сцене в моментах слишком существенных. Настоящее издание не уничтожает собой первого оригинального издания, и потому произведение Мусоргского продолжает сохраняться в целости в своем первоначальном виде».