Бах занял предложенное ему место придворного капельмейстера князя Ангальт — Кётенского. Он посвятил своему патрону серенаду «Светлейший Леопольд». Здесь возник первый из его монументальных пассионов — «Страсти по Иоанну», ряд новых культовых кантат. Но кетенский период был для Баха прежде всего временем инструментального творчества. Именно тогда были написаны две оркестровые сюиты, «Хорошо темперированный клавир», Английские и Французские сюиты для клавира, сюиты и партиты для скрипки и виолончели соло и для лютни, «Клавирная тетрадь Вильгельма Фридемана». Тогда же возникли шесть Бранденбургских концертов — новое слово в старинном концертном жанре. В 5-м концерте Бах даже, опережая время, помещает развернутую виртуозную каденцию клавира.
7 июля 1720 года, во время того, как Бах с князем находился за границей в Карлсбаде, внезапно в 35-летнем возрасте умерла его жена Мария Барбара, оставив четырёх малолетних детей. О её похоронах И. С. Бах узнал по возвращении в Кётен. Свои чувства в связи со смертью жены он выразил в музыкальной форме, в чаконе из партиты ре минор для скрипки соло, ставшей в последующем одним из наиболее узнаваемых его произведений.
В следующем 1721 году Бах познакомился с Анной Магдаленой Вильке, молодой двадцатилетней высокоодарённой певицей (сопрано), которая пела при герцогском дворе. Они поженились 3 декабря 1721 года, и в последующем у них родилось 13 детей (из которых 7 умерли в детском возрасте). Двое — Иоганн Христиан и Иоганн Кристоф Фридрих стали впоследствии известными композиторами.
Еще в Кетене Бах написал культовую кантату «Jesus nahm zu sich die Zwölfe» («Иисус призвал двенадцать») с которой собирался выступить в конкурсе на соискание должности кантора церкви Св. Фомы в Лейпциге. Был готов и замечательный «Магнификат», пронизаный светом ликующей радости. Завершалась первая половина жизни гениального композитора.
В 1723 году для Баха заканчиваются «годы странствий». В Лейпциге, куда Бах переехал в этом году, его назначили кантором церквей Св. Фомы и Св. Иоанна и музыкальным директором всех церквей города. Внешне, особенно если судить по второй части его титула, здесь была достигнута желанная вершина служебной иерархии. Это была престижная и высокооплачиваемая должность. И новый кантор принялся за дело с энергией, не знающей границ. Мало того, что он стал творить с необычайной интенсивностью, он положил все свои силы на то, чтобы поднять на должную высоту музыку в церкви и школе церковных певчих. Бах дисциплинировал разболтанный церковный хор, он сделал несоизмеримым с прежним уровень обучения в школе. Он даже добился права на участие в церковном хоре женщин (прежде к этому допускались только мужчины и мальчики) — первой хористкой стала его жена Анна Магдалена.
Но Бах не знал, какую «мину замедленного действия» подкладывает под него подписанный при вступлении в должность документ — «Обязательство» из 14 контрольных пунктов, невыполнение которых чревато серьезными конфликтами с церковным и городским начальством.
Первые три года его деятельности в Лейпциге были относительно спокойными. Начальство вело себя по отношению к Баху достаточно дружелюбно, а магистрат финансировал богослужебную музыку, и это давало возможность привлечь к ее исполнению профессиональных музыкантов. Бах был ревностным, искренне верующим протестантом и этот период посвятил созданию церковной музыки. Масштабы задуманного и сделанного в эти три года поистине необъятны: более 150 кантат, создаваемых еженедельно (!) и одна из вершин баховского творчества — «Страсти по Матфею».
После этого трудиться Баху с каждым годом становилось все труднее. Его заставляли работать с невежественными, бездарными, ленивыми музыкантами, а всю ответственность за непорядки в школе сваливали на кантора. Требовательного, трудолюбивового и образованного (свободно владел тремя иностранными языками) Баха это выводило из себя. А если учесть его несдержанный характер… Однажды во время репетиции одной из кантат он швырнул собственным париком в органиста, в крепких выражениях посоветовав ему стать сапожником. Начальство же при содействии обиженных музыкантов продолжало делать все от него зависящее, чтобы унизить великого художника и сломить его волю и творческую энергию. Служить Бах мог только как художник, но именно в этом качестве он был неугоден властям. «Гениальному композитору не хватало авторитета школьного учителя», — иронически замечает А.Швейцер, и этим он почти слово в слово повторяет характеристику, данную Баху после его смерти чиновниками Лейпцигского магистрата: «господин Бах был несомненно большим музыкантом, но не учителем».