Второе — изданный уже посмертно сборник из 14 изысканных и разнообразных фуг и 4 канонов на одну тему. В обоих сочинениях полифоническое искусство Баха поистине не знает границ. Но следует сразу оговориться, что отношение к музыке Баха как к кладези полифонических «премудростей», как к пособию по изучению контрапункта, весьма отрицательно влияет на понимание ее действительного, глубоко гуманистического содержания.
Последние годы жизни Баха были безрадостными. К его нравственным страданиям прибавились физические: он слепнул. Его последние сочинения записал под диктовку его зять Альтникколь. В 1750 году Баха оперировал английский хирург-шарлатан Джон Тейлор, по роковому сплетению судеб через несколько лет сведший в могилу и Генделя (кстати, два великих одногодка так ни разу в жизни и не встретились). 
28 июля Баха не стало. Он был похоронен на кладбище при церкви Св. Иоанна. Интересно, что баховская могила была утеряна и обнаружили её случайно лишь в конце XIX века. Во время Второй мировой войны храм был разрушен, а останки композитора были перенесены в церковь Св. Фомы, где была установлена надгробная плита.
Творческое наследие Баха огромно. Даже то, что уцелело, исчисляется более чем тысячей названий. Он плодотворно работал во всех существовавших тогда жанрах, кроме оперы. Известно, что большое количество баховских сочинений оказалось безвозвратно утерянным. Из трехсот кантат, принадлежавших Баху, примерно сто исчезло бесследно. Из пяти пассионов сохранились только два: Страсти по Иоанну и по Матфею.
То, что творчество Иоганна Себастьяна Баха после его смерти на целый век было совершенно предано забвению — большое преувеличение. Иначе как бы мог Моцарт восхищаться музыкой Баха, а Бетховен — сказать свою знаменитую фразу. Основательно забыто — сказать вернее. Были к этому и объективные причины. Бах был по натуре человеком не амбициозным. В отличие, например, от числившегося в ту эпоху первым композитором Телемана, который последовательно и умело продвигал свои произведения, Бах об этом мало заботился. При жизни Баха его слава исполнителя намного превосходила его репутацию как композитора. А при отсутствии, как в то время, средств зафиксировать это мастерство, такая слава быстро проходит. Еще одно: Бах творил в переходную эпоху, он сам приближал наступление классицизма, и неудивительно, что широкая публика быстро «изменила» ему с новыми кумирами, посчитав его музыку старомодной и слишком ученой.
Пробуждение общественного интереса к баховской музыке началось в первые десятилетия XIX века. Продвижением баховского хорового наследия активно занимались директор Берлинской певческой академии К. Ф. Цельтер и его ученик и преемник на посту директора К. Ф. Рунгенхаген. Уже в 1811 Цельтер ввёл Мессу си-минор в концертный обиход. Мощный толчок к возрождению баховского наследия дал Феликс Мендельсон, под управлением которого впервые после смерти Баха были исполнены «Страсти по Матфею». Премьера, которая прошла в Берлине 11 марта 1829 года, имела такой успех, что концерт был повторён в день рождения Баха. «Страсти по Матфею» прозвучали также в других городах Германии — Франкфурте, Дрездене, Кёнигсберге. Гегель, посетивший концерт, позже назвал Баха «великим, истинным протестантом, сильным и, так сказать, эрудированным гением, которого мы только недавно вновь научились ценить в полной мере». В 1835 в Берлине состоялось и первое (без купюр, в два вечера) исполнение Мессы си-минор — музыкантами Певческой академии под управлением Рунгенхагена.
В 1850 году было основано Баховское общество, целью которого являлись сбор, изучение и распространение произведений Баха. В последующие полвека этим обществом была проведена значительная работа по составлению и публикации корпуса произведений композитора. Через 200 лет после его смерти был издан каталог всех произведений Баха. В одной Германии установлено двенадцать памятников композитору. В Лейпциге и Арнштадте проходят два крупных фестиваля музыки Баха. Музыка Баха была записана на золотой диск космического аппарата «Вояджер», запущенного в межзвёздное пространство. Творчество Иоганна Себастьяна Баха — одна из сияющих вершин мировой культуры.