В январе 1816 года у Мэри родился сын, названный Вильямом, в честь ее отца. Годвин все еще держался в отдалении от Шелли, хотя удостаивал принимать от него щедрые денежные дары. В конце концов Шелли начало это возмущать, но тем не менее он продолжал помогать Годвину, насколько он мог. Ему казалось, что Мэри и он будут счастливее в чужой стране, чем в Англии, где родные и прежние друзья отворачивались от них с гневом и стыдом. Было решено сделать эту попытку и пожить на чужбине. Отсутствие английских полей и небес могло быть отчасти вознаграждено уменьшением дороговизны жизни. В первые дни мая 1816 года Шелли, Мэри, маленький Вильям и Клэр Клэрмонт ехали в Женеву через Париж.
Ни Шелли, ни Мэри не имели ни малейшего понятия об отношениях Байрона к мисс Клэрмонт, когда они уезжали из Англии. Но Клэр упросила Шелли взять ее с собой в путешествие именно потому, что она надеялась встретиться там с Байроном. В Сешероне, маленьком предместье Женевы, встретились два великих поэта. Когда Шелли занял виллу по ту сторону озера, а Байрон скрылся от надоедавшей ему публики в вилле Диодати, между ними были постоянные сношения. Они гребли и катались на лодке вместе и в конце июня объехали кругом озера. Во время этой поездки был написан «Шильонский узник». Сопутствуемый Мэри, Шелли посетил Шамуни. Впечатление, произведенное на него швейцарской природой, можно видеть в поэме «Монблан» и в благородном «Гимне Духовной Красоте». Мэри также обратилась к творчеству и составила план своей повести «Франкенштейн», написанный по уговору, что каждый из друзей она, Байрон, Шелли и молодой врач Полидори — должны сочинить страшную историю с привидениями. Но, несмотря на все прелести Швейцарии, сердца Шелли и Мэри томились по Англии. Перед отъездом из Женевы они имели удовольствие познакомиться с Дж. Льюисом, знаментым автором «Монаха» — книги, которую Шелли еще мальчиком читал с упоением. В начале октября они еще раз вступили на английскую землю.
Но, казалось, они вернулись лишь для того, чтобы встретить несчастья. 9 октября Фанни, дочь Мэри Вульстонкрафт и единокровная сестра Мэри, уже несколько времени находившаяся в угнетенном душевном состоянии, покончила с собою ядом, в гостинице, в Свансее. Испуганный ее отчаянным письмом, Шелли поспешил к ней из Басза, где он жил в то время; но он приехал слишком поздно. Это волнение и огорчение пагубно отразились на здоровье Шелли, и хорошо еще, что в то время он нашел себе друга с веселым и бодрым характером в Лей Генте. Но несчастье шло за несчастьем. В ноябре Шелли начал разыскивать Гарриэт, которая исчезла с его горизонта и от своего отца. 10 декабря ее труп был найден в Serpentine river. Первое время после разрыва с Шелли она надеялась, что он вернется к ней; когда эта надежда исчезла, она была глубоко несчастна. Она жаловалась на стеснения, которые она испытывала в доме отца, и уже говорила о самоубийстве. За несколько времени до смерти она вырвалась из этой стеснительной обстановки. Ее трехлетняя дочь и ее двухлетний сын были отправлены к одному пастору в Ворвик. По словам Годвина, одно время она жила открыто с одним полковником; Годвин называет его имя. Потом, по-видимому, она опустилась еще ниже и была покинута. Извещая Шелли об этом ужасном происшествии, книгопродавец Хукхэм говорит, что, если бы она прожила еще немного, у нее родился бы ребенок. Судебное следствие подтвердило это. Шелли был глубоко потрясен, но не так, как если бы он считал себя виновным в этом несчастии. «Я призываю в свидетели Бога, если только это Существо смотрит теперь на вас и на меня, — писал он впоследствии Соути, — и я обязуюсь, если, как вы, быть может, надеетесь, после смерти мы с вами встретимся перед Его лицом, — я обязуюсь повторить это в Его присутствии: вы обвиняете меня несправедливо. Я не повинен в зле — ни делом, ни помышлением». Теперь он мог дать Мэри принадлежавшее ей по праву имя своей жены, и, не теряя времени, он обвенчался с ней (30 декабря 1816 года). Он потребовал своих детей от Вестбруков, но ему в этом было отказано. После томительных канцелярских проволочек лордом Эльдоном был поставлен приговор по делу, гласивший, что, принимая в соображение, что убеждения, проповедуемые Шелли, ведут к образу жизни, который закон считает безнравственным, дети не могут быть доверены его непосредственному попечению; но, так как он указывает подходящих людей для воспитания их — д-р и м-с Юм, — дети будут вверены этим попечителям на все время их малолетства, и отцу будет дозволено в определенное время видеться с ними. Решение канцлера не хотело быть резче, чем это казалось необходимым. Но отнятие детей было гораздо более тяжелым ударом для Шелли, чем смерть их матери. Одно время он боялся даже, что и малютку Вильяма возьмут у него.