В марте 1904 года президент Лубэ посетил в Риме итальянского короля, не признававшего светской власти папы. Ватикан направил в Париж резкую ноту протеста в связи с «обидой», нанесенной папе. Это было грубейшим вмешательством во внешнюю политику Франции, возрождением непомерных средневековых притязаний католической церкви. Но правительство Комба решило не поднимать шума и спрятало ноту под сукно.
Жорес, однако, сумел получить текст ноты и 17 мая опубликовал ее в «Юманите», Действия Ватикана вызвали возмущение большинства депутатов и всех республиканцев. Правительству пришлось отозвать своего посла из Ватикана, а в октябре внести в парламент законопроект об отделении церкви от государства.
Но, чтобы провести закон, Жоресу пришлось выдержать такие яростные битвы против реакции, которые по своей ожесточенности не уступали накалу страстей в деле Дрейфуса. Изобретательность святых отцов не знала предела, так же как и ограничений морального характера. Подлость, обман, предательство, чудовищное коварство в каждом их движении. Казалось, они хотят взять реванш за все свои прошлые неудачи в борьбе с республикой. Во главе похода идет Лига французского отечества, возглавляемая группой мракобесов и лжепатриотов вроде известных литераторов Леметра и Коппе или проходимцев типа Сиветона. Главная мишень их ядовитых стрел — блок левых во главе с Жоресом. Самые хитроумные интриги затеваются для того, чтобы развалить союз республиканцев, скомпрометировать его лидеров. Любой ценой стремятся свалить кабинет Эмиля Комба.
Так, фабрикуется дело о взятке, которую якобы получил сын премьера от картезианцев, спасавших свою святую фирму по производству «Шартреза». Хорошо, что Комб оказался честным человеком, и Жоресу удалось успешно отбивать все атаки на левый блок.
Особенно яростная схватка завязалась в конце 1904 года из-за дела с фишками, то есть с информационными карточками о политических убеждениях офицеров. Раньше таким делом спокойно занимались иезуиты, и по их протекции монархисты и клерикалы получали чины и должности в армии. Военный министр Андрэ хотел провести чистку армии, помочь республиканцам и ослабить влияние старых военных кадров. Для сбора информации он воспользовался помощью масонской ложи «Великий Восток». Но один из служащих этой ложи украл пачку фишек, а националистические депутаты огласили их с трибуны палаты. Правые подняли истошный крик о доносах в армии, о полицейской слежке и т. п. Вопили те самые люди, которые еще недавно с пеной у рта оправдывали мошенников генерального штаба в деле Дрейфуса. Парламент снова превратился в арену цирка, где бесновались защитники «чести армии».
Один из главарей Лиги французского отечества, Сиветон, на заседании парламента дал пощечину военному министру Андрэ, да так, что голова старика с грохотом ударилась о пюпитр. Сиветона потянули к суду, но накануне процесса его нашли мертвым. Самоубийство? Домашние Сиветона выдвигали такую версию. Он якобы запутался в любовных связях, которые он завел в своей семье, где, не довольствуясь женой, он сожительствовал со своей падчерицей, а также и ее гувернанткой. К тому же и его денежные дела оказались в полном расстройстве. Но появилась и другая версия, по которой Сиветон якобы подвергся ритуальной мести масонов, что его затравили республиканцы и т. д. Многие депутаты левого блока заколебались. Правительство Комба повисло на волоске. Жорес бросается на помощь. Он раскрывает всю подоплеку и показывает, что дело с фишками затеяно лишь для того, чтобы скомпрометировать республиканскую и антиклерикальную политику. Жорес посвящает делу Сиветона серию блестящих статей, в которых скрупулезно исследует этот вонючий клубок интриг. Нападки на Андрэ, говорит Жорес, вызваны его действиями против аристократического и клерикального фаворитизма, в защиту республиканских офицеров. Поистине можно удивляться энергии Жореса в борьбе с реакционерами.