Наконец, в-третьих, в середине 40‑х годов в разведке уже наступал новый этап — время охоты за атомными секретами, и на посту американской резидентуры нужен был человек, имеющий достаточно глубокие представления о проблемах современной науки и техники. Как говорится, требовалась «смена караула».
После проверок, устроенных по милости Миронова, Василий Михайлович был назначен заместителем начальника внешней разведки. В сентябре 1944 года он получил звание комиссара государственной безопасности 3‑го ранга, а в июле 1945 года — звание генерал-майора государственной безопасности. Подобные почести были весьма редки в то время, а потому следует признать, что заслуги перед Родиной у Зарубина были громадные. Кроме того, Василий Михайлович Зарубин был награжден тремя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды, орденом Октябрьской революции, серебряными часами от ПП ОГПУ ДВО, серебряным портсигаром от Коллегии ОПТУ, знаком «Почетный сотрудник органов государственной безопасности» и другими медалями.
Что касается его супруги, то Елизавета Юльевна по возвращении из США была назначена начальником 3‑го отделения 8‑го отдела внешней разведки НКГБ.
Вскоре Зарубина стала начальником 1‑го отделения 8‑го отдела ПГУ МГБ, то есть возглавила всю информационную службу по американскому направлению. Для многих сотрудников это было несколько удивительно: иностранка (напомним, что Елизавета Юльевна — уроженка Австро-Венгрии) заняла такой высокий пост в советском политическом ведомстве! Однако работу Зарубиной вышестоящее руководство оценило: 22 октября 1944 года за участие в «атомном» проекте отважную разведчицу наградили орденом Красной Звезды.
На новом месте работы Елизавета Юльевна занималась обработкой поступающей информации, касавшейся научно-технических вопросов по созданию атомной бомбы. Зарубина была переводчицей на Ялтинской и Потсдамской конференциях.
Но вдруг ее уволили! 14 сентября 1946 года Зарубину вынудили уйти в отставку из МГБ. Причину в постановлении написали такую: «За невозможностью дальнейшего использования». Суть дела заключалась в том, что новый министр МГБ Абакумов решил обновить кадры для последующей реорганизации разведывательного управления, которое в 1947 году слилось с ГРУ Генштаба, образовав новый Комитет информации.
Муж разведчицы, Василий Михайлович, не сомневался в истинной причине ее увольнения, заявляя новому руководству внешней разведки: «Когда моя жена и спутница жизни выполняла оперативные задания наравне со мной, она была вам нужна, и тогда вы не обращали внимания на ее биографию и национальность».
Василий Михайлович тяжело переживал несправедливое увольнение супруги. В 1948 году, в возрасте 54 лет он вышел в запас «по состоянию здоровья с правом ношения военной формы».
Но судьба на некоторое время вновь улыбнулась Зарубиной! После смерти Сталина Елизавета Юльевна работала в 9-ом отделе МВД (разведка и диверсии) под руководством Павла Анатольевича Судоплатова. Но период деятельности был недолгий: май — август 1953 года. Подполковник Зарубина была окончательно уволена из органов госбезопасности.
После долгой и опасной службы в советской внешней разведке Елизавета Юльевна Зарубина приступила к более спокойной работе. Ведь среди качеств, высоко оцененных прежним руководством, было такое, которое вполне соответствовало другой деятельности — превосходное знание нескольких иностранных языков. Зарубина поступила на работу в Московский институт иностранных языков, где вскоре стала деканом одного из факультетов. Эта должность стала последней в ее жизни.
Василий Михайлович снова вернулся на работу в органы в мае 1953 года. Павел Анатольевич Судоплатов назначил его оперработником 1‑й категории негласного штата 9‑го (разведывательно-диверсионного) отдела МВД СССР. 8 июля 1953 года Зарубин был уволен из органов МВД с переводом в запас Министерства обороны.
А Василий Михайлович Зарубин, выйдя на пенсию, возглавил федерацию тенниса спортивного общества «Динамо». Действительно, он отличался выдающимися способностями теннисиста. (Этот факт был отражен кинематографистами в образе Штирлица. Вспомним личное дело штандартенфюрера СС. Среди прочих общих фраз, характеризующих «истинного арийца», значится следующая: «Теннисист»). Известно, что в своей первой спецкомандировке в Дании Зарубин обыграл на корте датского короля. На все укоры в недипломатичности Василий Михайлович отвечал: «В спорте, как и в жизни, побеждает сильнейший!»