Неожиданно романтичная сказка закончилась. Из Центра пришла срочная телеграмма с требованием возвращения Зои Ивановны в СССР. Бориса Аркадьевича руководство направляло в Баден-Баден на встречу с дипломатическим курьером, доставлявшим особо важные задания. С февраля 1947 года Рыбкин работал в группе Павла Судоплатова (спецслужбе МГБ СССР). Он выезжал в Турцию и другие страны для восстановления связей с нелегальными агентами на Ближнем Востоке и в Восточной Европе. Обычные трудовые будни разведчика — оперативные мероприятия, специальные командировки… Но 27 ноября 1947 года жизнь Рыбкина трагически оборвалась. Борис Аркадьевич погиб в автокатастрофе под Прагой «при исполнении служебных обязанностей».
Последние часы с мужем, проведенные в отпуске в Чехословакии накануне отъезда в Москву, навсегда остались в памяти Зои Ивановны…
«Я очень редко плачу. Но в эту ночь рыдала, не знаю отчего… На аэродроме Борис сунул мне в карман какую-то коробочку. Догадалась: духи "Шанель". Знала, что в Москве буду искать в перчатках, в пижамных карманах, в несессере записку: крохотный листок с объяснением в любви он обычно упрятывал в моих вещах.
— До скорого свидания, — сказал он…
А мне кричать хотелось: все, мы больше не увидимся! 28 ноября, на работе. Я просто не находила себе места. Когда меня вызвали к начальнику управления, первой мыслью было: "Борис звонит по «ВЧ»".
— Звонил? — спросила я с порога.
Начальник затянулся сигаретой, помолчал.
— Ты прошла все: огонь, воду, медные трубы. Ты баба мужественная. — Он набрал воздух и выдохнул: — Борис погиб. В автомобильной катастрофе под Прагой.
Я вернулась к себе в кабинет, собрала со стола бумаги, уложила их в сейф, опечатала, вызвала машину. Я была спокойна, чересчур спокойна, и это меня пугало. Ведь накануне металась, а тут окоченела. 29 ноября тело было доставлено самолетом в Москву, но мне об этом не сказали. Только 2 декабря меня привезли в клуб имени Дзержинского. Гроб утопал в цветах, было очень много венков. Я склонилась над Борисом. Лицо не повреждено, руки тоже чистые, ни ссадин, ни царапин. Но когда я хотела поправить надвинувшуюся на щеку розу, то увидела за правым ухом зияющую черную рану. В крематории речи… салют… Урну с прахом захоронили на Новодевичьем кладбище в склепе, поверх которого насыпали могильный холм. И снова речи…
Каждое воскресенье мы с трехлетним сыном ездили туда. В парк культуры — объясняла я, — сажать цветы на нашей клумбе. Отец для него долго оставался живым, он ждал его каждый день… Сразу после похорон я написала министру Абакумову рапорт с просьбой поручить мне вести дальше дела полковника Рыбкина Б. А. Мне в этом было отказано, хотя мы с Борисом Аркадьевичем были на одинаковых должностных ступенях».
Ближайший друг Зои Ивановны Эдуард Шарапов вспоминал: «Она много раз говорила мне, что отчетливо видела за ухом отверстие от пули. Не поверю, что мужественная, волевая сорокалетняя женщина-военнослужащая могла перепутать пулевое ранение с обычной, хотя и смертельной травмой. Вопрос о гибели мужа жег ее на протяжении десятилетий. Кому и зачем нужна была смерть полковника Рыбкина? Возможно, она явилась результатом какой-то внутренней, служебной борьбы, внутренних неурядиц и неразберих. А возможно, это был один из эпизодов тогдашней антисемитской волны. За две недели до пражской трагедии в автомобильной же катастрофе погиб народный артист СССР Михоэлс. Органы государственной безопасности, как известно, были одним из тех учреждений, в которых ярко просматривалась линия то взлета, то падения роли евреев в политике нашей страны: в ВЧК при Дзержинском они были на всех ключевых постах, затем они же явились жертвами репрессий. В середине 40‑х годов "еврейский вопрос" был на устах советского руководства: решался вопрос о создании автономной республики в Крыму или в Палестине… Смерть Рыбкина могла быть и результатом его участия в организации и проведении знаменитой Ялтинской конференции 1945 года».
Что явилось причиной гибели Бориса Аркадьевича, точно неизвестно. Существует официальная версия, существует прямо противоположное ей мнение теперь уже покойной вдовы… Оставшись без мужа, Зоя Ивановна с трудом находила силы продолжать свою чекистскую деятельность. Однако в 1950 году наша героиня стала начальником 3‑го отдела ПГУ МТБ, а с марта 1953 года — возглавила ВГУ МВД СССР. Она разбирала и анализировала документы гитлеровских спецслужб, захваченных военной контрразведкой Красной Армии. После войны Берия вынашивал идею объединения восточной и западной частей Германии. Тогда же Зоя Ивановна выезжала в специальную командировку в Берлин. Там она инструктировала известную разведчицу Ольгу Чехову. Планировалась встреча с немецким канцлером Конрадом Аденауэром. Находясь в столице Германии, Зоя Ивановна узнала о том, что Сoветский Союз пережил траурное событие.