Феодора очень дорожила своим влиянием на Юстиниана и поэтому жестоко расправлялась не только с возможными соперницами, но и с теми, кто мог ей повредить в глазах императора. Однажды ей показалось, что придворные заподозрили ее в склонности к одному из своих рабов — Ареовинду, очень красивому юному варвару, которого она назначила хранителем своих драгоценностей. Стремясь снять с себя это подозрение, Феодора приказала подвергнуть юношу наказанию плетьми. О его дальнейшей судьбе ничего больше не известно.
Феодора не относилась к числу празднолюбивых императриц, упоенных своей властью. Конечно, ей нравился внешний блеск власти. Но она еще больше заботилась о реальном проявлении власти. Крайне честолюбивая, она обладала теми качествами характера, которые побуждали ее к абсолютной власти: сильной и страстной волей, деспотическим и твердым характером, ясным умом, быстрой реакцией, решительностью и осторожностью.
Пока Феодора находилась на императорском троне, она управляла империей в такой же мере, как и Юстиниан, а возможно, даже и в большей. Все летописцы единогласно утверждали, что в важнейших делах она была сотрудницей императора и пользовалась таким же авторитетом, как и он. Юстиниан и сам признавал это.
В одном из его указов написано: «…посоветовавшись в этом случае еще раз с нашей преосвященнейшей супругой, которую Бог наш даровал…» Феодора же открыто заявляла о своем влиянии на Юстиниана. В одном из писем она подчеркивала: «…император никогда ничего не решает, не посоветовавшись со мной». Феодора вмешивалась решительно во все: в дела администрации, в дипломатию, в политику, в дела церкви. Причем она устраивала все так, как хотела. По своему усмотрению она назначала или подвергала опале военачальников и министров, по своему капризу она назначала или низлагала константинопольских патриархов и пап, она не знала меры в возвышении своих любимцев: банкира Петра Барсимеса она сделала начальником императорской стражи; евнуха Нарсеса произвела в высший военный чин; диакона Вигилия возвела в папы и т. д. Многие чиновники добивались ее благоволения, так как понимали, что высших должностей можно достичь только при ее покровительстве. Приказания Феодоры строго выполнялись по всей империи. И если они, что случалось нередко, противоречили воле императора, то все равно распоряжениям Феодоры отдавалось предпочтение.
Влияние императрицы сказалось на законодательной деятельности Юстиниана, особенно в той области, которая касалась положения беззащитных женщин, несчастных в замужестве, актрис. По всей вероятности, определенную роль в этом сыграли воспоминания о пережитом ею лично. Феодора прекрасно знала все трущобы Константинополя, знала, сколько в них горя и нищеты. Поэтому, как только она достигла власти, она воспользовалась своим влиянием, чтобы как-то облегчить положение женщин этой категории. Даже какое-то благородство звучит в словах указа, вдохновительницей которого была Феодора: «…мы возложили на судей обязанность наказывать убийц и воров, не должны ли мы с большим основанием наказывать убийц чести и похитителей целомудрия?»
Феодора проявила бескорыстную заботу и о тех несчастных девушках, которых довела до падежя скорее нужда, чем порок. Она основала для покаявшихся монастырь Метанойя на берегу Босфора в старинном императорском дворце. Чтобы освободить этих бедных девушек от «ига их позорного рабства», она обеспечила это благотворительное учреждение богатым вкладом. Феодора, помня свои молодые тяжелые годы, проявляла чувство жалости к бедным женщинам, особенно невольницам. Она их выкупала сотнями, а затем давала им убежище в монастырях. Она добилась издания закона, запрещавшего торговлю женщинами.