Видимым поводом для появления протестантских идей во Франции послужили многочисленные злоупотребления католической церкви. Распущенность французского духовенства при Франциске I достигла колоссальных размеров: согласно Болонскому конкордату от 1516 года духовные места раздавались королем совершенно произвольно. На них смотрели исключительно как на статью королевского бюджета, позволявшую щедро вознаграждать за любую услугу. Известно, например, что итальянскому скульптору Бенвенуто Челлини было дано аббатство за одну из созданных им серебряных статуй.
В монастырях было порядка не больше, чем среди «белого» духовенства. Богатства, скопившиеся там, давали возможность вести сытую, праздную жизнь. Разложение духовенства имело двойной результат. С одной стороны, оно подавало гибельный пример всему населению, развращая его. Религиозное чувство постепенно ослабевало. Конечно, французы XVI столетия не стали атеистами. Но они перестали интересоваться религиозными вопросами, считая их не стоящими внимания. С другой стороны, разложение служителей католической церкви располагало к протестантской «ереси». Канцлер Лопиталь прямо заявлял в парламенте: «Распущенность нашей церкви породила ереси, и возможно, что только реформация погасит их».
Основателем евангелического движения стал друг Маргариты — магистр свободных искусств, философ, филолог, выдающийся математик и богослов Лефевр д’Этапль. Лефевр первым в истории в 1512 году (за пять лет до Мартина Лютера) провозгласил учение, которое раскололо впоследствии католический мир надвое. В своем трактате «Послания апостола Павла» он выдвинул два положения, ставших затем основными для протестантизма всех типов: догмат об оправдании верой и признание Священного писания единственным источником веры. Он же утверждал, что «каждый должен иметь правило жизни на своем родном языке», выступал за перевод Библии на французский язык, что, и было им осуществлено: в 1530 году Лефевр опубликовал первый полный перевод Священного писания на французском языке.
Близким другом Маргариты был и другой выдающийся деятель евангелического движения, ученик Лефевра — епископ Гийом Брисонне, возглавивший первую протестантскую общину в городе Мо. «Группа в Мо» пользовалась серьезной поддержкой со стороны Маргариты. Она лично была знакома со всеми главными членами реформационного кружка и с 1521 года переписывалась с епископом Брисонне, оказавшим решающее влияние на формирование ее мировоззрения. Очевидно, что уже к 1524 году Маргарита имела установившееся мнение относительно теологических проблем. Она отошла от традиционного католического учения и склонялась к евангелизму. Так, в поэме, написанной на смерть Шарлотты —; 7-летней дочери Франциска I, Маргарита прямо говорила о ненужности посредничества католической церкви между богом и людьми, о спасении только милостью божьей, о бесполезности добрых дел в пользу церкви и т. д.
В феврале 1525 года после неудачной битвы при Павии Франциск I попал в плен к испанскому королю Карлу V, в том же 1525 году, в Лионе, простудившись во время бегства из Италии после разгрома при Павии, умер Карл Алансонский.
Пожалуй, впервые Маргарита вынуждена была выступить с дипломатической миссией. Она сделала все возможное для освобождения Франциска из мадридского плена. 2 октября она отправилась в Испанию, в императорскую резиденцию Толедо, и вступила в дипломатическое единоборство с Карлом V. 14 января 1526 года по мадридскому договору, почти после годичного заключения, Франциск обрел свободу.
В 1527 году Маргарита вновь вышла замуж. На этот раз за короля Наварры — Генриха д’Альбре. Ее второй муж был далек от запросов и интересов Маргариты и прославился больше политическими интригами и многочисленными любовными авантюрами. Маргарита не нашла и в этом браке семейного счастья. Впрочем, теперь она стала матерью — в 1528 году у нее родилась дочь Жанна (будущая королева Наварры и мать французского короля Генриха IV Бурбона), а в 1530 году — сын Жан, не проживший и 6 месяцев.
Замужество Маргариты значительно отразилось на судьбе французской Реформации. Ее брак не позволял ей жить при дворе Франциска I и, стало быть, непосредственно влиять на политику брата. Могущественная заступница и покровительница гуманистов и протестантов, какой была Маргарита все это время, переселилась теперь в далекое пограничное королевство — Наварру. И вместе с ней из французского двора уходило Возрождение в его лучших формах. К 1527 году завершился тот период в жизни Маргариты, когда она была вторым человеком Франции, — период наибольшего влияния на Франциска.