След първия скелет в района на Золнхофен били открити още два, единият дори по-добре запазен от първия, с непокътнат череп. Така била изяснена още една много важна подробност — археоптериксът е имал костни челюсти със зъби върху тях. Четвъртият екземпляр бил открит едва преди няколко години сред експонатите на един холандски музей, Той също бил дошъл от Золнхофен, и то шест години преди първия признат археоптерикс, но поради неясните следи от перата той бил погрешно определен като малък птеродактил. Още едно доказателство за близостта на археоптерикса до влечугите, заблудила дори специалистите.
Тези вкаменелости ни дават достатъчно подробни сведения за анатомията на археоптерикса. Цялото му тяло, с изключение на краката, главата и горната част на шията, е било покрито с пера. Без съмнение те добре са го топлели и това е разрешило проблема с поддържането на висока телесна температура, който причинил толкова затруднения на неговите братовчеди, динозаврите. Така топло облечен, археоптериксът сигурно е можел да се движи доста бързо дори и в хладните часове на денонощието.
Но появата на пера върху крилата му не може да се обясни така просто. Летенето с размахване на крила изисква здрави мускули, които у всички летящи птици са заловени за добре развит кил — израстък на гръдната кост. У археоптерикса той липсва. Вероятно махането на крилата му е било съвсем слабо, недостатъчно, за да го издигне във въздуха. Има хипотеза, че той е използвал перата си за нещо като мрежа, в която, при разперени крила, е ловял насекоми. По-просто и правдоподобно е едно друго обяснение. Прародителите на археоптерикса живеели по дърветата. Перата им, развили се от люспите на влечугите, първоначално изпълнявали термоизолационни функции. Но те постепенно нараствали и в крайна сметка позволили на археоптерикса да планира от клон на клон — също като днешните летящи гущери, които планират във въздуха с помощта на ципи, разперени отстрани на тялото им. Археоптериксът е можел и да се катери. Единият от четирите му пръста е бил насочен назад и се е противопоставял на останалите, така че явно притежателят му е можел здраво да се захване за клоните. А и ноктите на крилата са помагали доста в катеренето по дърветата.
Колко успешен е бил този начин на катерене, можем да съдим по една съвременна птица. Това е хоацинът, странна птица с масивно тяло и размери на кокошка, която живее в блатата на Гайана и Венецуела. Той строи гнездата си — непретенциозни площадки от клони — над водата, най-често в мангровите горички. Веднага след излюпването си малките са голи и извънредно подвижни. Съвсем не е лесно те да бъдат наблюдавани. Достатъчно е носът на лодката само да докосне мангрового стъбло и леко да разклати гнездото — и пиленцата панически се разбягват от него и се покатерват по клоните. А ако продължавате да ги тревожите, рискувате изобщо да не ги видите — те изведнаж се хвърлят във въздуха, гмуркат се във водата и бързо се скриват сред плетеницата на мангровите корени, където е невъзможно да ги последвате. Но ако имате късмет, може да ги видите как висят на клоните и се катерят по тях. Отпред на всяко крило имат по два нокътя — следа от времето, когато техните прадеди, влечугите, са имали вместо крила предни крайници с обособени пръсти. Наблюдавайки тези голи пиленца, съвсем не е трудно да си представим как са се придвижвали археоптериксите из клоните на обитаваните от динозаври древни лесове.
Когато пораснат, пиленцата на хоацина изгубват тези рудиментарни нокти. Възрастните птици са много слаби летци — те едва прелитат край реките, тромаво пляскайки с крила. Така те изминават не повече от стотина метра, след което тежко се. приземяват, за да си починат. Въпреки всичко хоацините безусловно летят много по-добре от древния археоптерикс, защото скелетът им — както у всички съвременни птици — в продължение на 140 милиона години се е приспособявал към летенето.
За всеки, който иска да лети, най-важно е да има минимална маса. Костите на археоптерикса са били масивни като на влечуго. А при същинските птици те са тънки като хартия или пък кухи, често укрепени отвътре с напречни подпори — като тези, които придават здравина на самолетните крила. Белите им дробове преминават във въздушни торбички, които изпълват цялата телесна празнина и придават на тялото възможно най-малка маса за съответния обем. Тежките опашни прешлени на археоптерикса при днешните птици са закърнелия при опашните им пера са със здрава, дебела ос и не се нуждаят от костна опора. За всяко летящо същество масивната челюст, осеяна със зъби, трябва да е била особено бреме — тя прави главата по-тежка от опашката и нарушава равновесието. При съвременните птици тя е заменена с много по-лека кератинова конструкция — човка.