Малиновский был для лицейских первого набора отцом родным, — без малейшего преувеличения. Он не бранил, не наказывал, не пугал — он ласково журил виноватого. Он не насиловал зубрежкой и не угрожал «мерами» — он выявлял способности и не «давил», если таковых не оказывалось. В его записной книжке под заголовком «О неустрашимости в бедах и твердости духа» значится: «Решимость разумного человека ни сколь не поколеблется от страха, что бы ни произошло». На другом листке он формулирует свой этический принцип: «Войну объявить лицемерию. Ценить выше малое внутреннее добро против великого наружного — даже уничтожить сие как полушку против фальшивой серебряной гривны, и пятак медный выше фальшивого рубля и червонца». Строже всего в Лицее относился он к своему сыну — Ивану и всегда готов был отстаивать правоту товарищей перед ним. Разве только в записной книжке, которую вел для одного себя, он мог поместить суждение о воспитанниках, не слишком лестное (о Пушкине, например). А в общении с ними он был мягок и ласков, навсегда запечатлев след добра в душе Пушкина. Даже слово «повеса», мелькающее в записях Малиновского о Пушкине, не стоит понимать как осуждение.
Тяжко сложилась директорская пора Малиновского. Сперва грянула война 1812 года, когда нужно было думать не столько об учении, сколько о прокормлении и безопасности воспитанников (№ 15). 26 ноября 1812 г. он докладывал министру: «Здоровье воспитанников сохраняется в вожделенном состоянии, больница почти всегда пуста. Прогулка, баня и хорошая пища сберегает их от расслабления и припадков. В доме наблюдается чистота и порядок». В том же 1812-м умерла жена Малиновского, оставив на его попечении малолетних детей. Горестно закончил свой путь этот, быть может, самый влиятельный из наставников Пушкина. «Безмерные и постоянные его труды, — пишет А. Е. Розен, — ослабили его зрение, расстроили его здоровье <…> в 1814 г., пробыв два года директором, скончался на месте должности, в такой бедности, что родной брат похоронил его…»
Несчастье налетело на Лицей внезапно, средь бела дня. 4 марта Василий Федорович еще председательствовал на Конференции (по-нынешнему — педсовете) Лицея. Обсуждались новые должностные инструкции директора, комнатных надзирателей, проект «Правил поведения воспитанников». 16-го началась у него «нервная горячка». 23 марта, благословив родных детей и детей приемных — лицейских и простившись с сослуживцами, скончался он на 49-м году жизни. В программе автобиографии Пушкина, отразившей самые важные события юности, — два слова: «Смерть Малиновского».
24 марта к 6 вечера у гроба директора собрался Лицей. Этот день навсегда запомнился Пушкину. Скажем о нем подробнее. Гроб вынесли из директорского дома и поставили на дроги. Перед ними чиновник нес орден покойного. Четыре служителя в черном платье вели лошадей, еще двое поддерживали гроб. За ними — отряд полицейских драгун; потом швейцар в траурном облачении. Далее строем шли воспитанники Лицея под присмотром надзирателя; потом — духовенство и церковный хор. Так двигалась процессия до царскосельской заставы, откуда гроб повезли в Петербург. На другой день в церкви Охтинского кладбища собрались министр Разумовский, все служащие Лицея и пятеро воспитанников, в их числе Александр Пушкин. Здесь в час последнего прощания они с Иваном Малиновским поклялись в вечной дружбе. Медный крест, наклоненный к надломленной гранитной колонне — скромный памятник, поставленный на скудные средства осиротевшей семьи, — отметил могилу лицейского директора на Охтинском кладбище. К 150-летию Лицея долголетний директор лицейского музея и редкий знаток пушкинского времени Маргарита Петровна Руденская отыскала заброшенную могилу Малиновского и добилась установления там мемориальной доски.