Путешествие началось летом 1847 г., но нельзя сказать, чтобы счастливо; едва Мюллер и его спутник прибыли в Египет, как оба, по неосторожности, подверглись солнечному удару и слегли в Каире в постель. А тут подошло еще землетрясение, – и им пришлось пережить все ужасы его. Наконец, 28 сентября они сели на барку, направлявшуюся вверх по Нилу. Судно тянулось медленно, но наших натуралистов это мало беспокоило, так как они имели зато полную возможность проводить много времени на берегу, наблюдая природу мало известной им страны.
8 января 1848 г. путешественники прибыли в Хартум, где были гостеприимно приняты генерал-губернатором Сулейманом-пашой. Здесь решили основать, так сказать, главную квартиру экспедиции; сюда свозилась добыча охоты, здесь устроили зверинец для прирученных животных, отсюда Брэм отправлялся на охоту в окрестные леса, особенно по Голубому Нилу. Добыча была богатая, но досталась нашему натуралисту недешево: он заболел местной лихорадкой. Между тем барону Мюллеру почему-то показалось, что Брэм мало добывает шкур для его коллекций. Это оскорбило молодого ученого. «Меня глубоко возмутила, – пишет он, – неблагодарность человека, который сам не испытал всей трудности пребывания в африканских лесах, особенно при лихорадке. Тогда я понял, что труды натуралиста редко признаются посторонними лицами. Только сильная любовь к науке и глубокое понимание наслаждений, какие доставляет она, удержали меня от разрыва с бароном».
В феврале наши путешественники начали сухопутное путешествие по Кордофану, в бассейне Белого Нила, и пробыли здесь четыре месяца, собирая коллекции местной фауны. Особенно много попадалось им орлов, соколов и грифов. Здесь же они познакомились и с царственными львами, а также с леопардами и гиенами. Для охотника-натуралиста эта страна представляла тогда настоящий рай, но жаркий, убийственный климат заставил наших путешественников возвратиться больными в Хартум, а отсюда, спустя некоторое время, они отправились со всеми коллекциями и зверинцем в Каир. 29 января 1849 года барон Мюллер сел в Александрии на пароход, чтобы ехать в Европу, Брэм же остался в Египте, чтобы предпринять на его средства второе путешествие по Африке; все собранные им коллекции поступали в пользу Мюллера. В стране фараонов Брэм оставался до мая 1850 г., изучая быт страны и нравы ее обитателей. При этом, для лучшего ознакомления с бытом жителей, он не только научился говорить по-арабски, но и стал носить местную одежду и даже участвовал в магометанских процессиях, так что арабы считали его совсем своим; думая, что он стал правоверным, они уверяли, что его настоящее имя – И-бре-ем (Ибрагим), и никак не хотели признавать имени Альфред, похожего на арабское слово афреид (дьявол). По совету своих арабских друзей молодой ученый принял прозвище Халил-Эффенди, что значительно облегчило ему сношения с арабами.
24 февраля 1850 г., получив деньги от Мюллера, Брэм в компании со своим старшим братом, Оскаром, и врачем Р. Фирталером поднялись на барке по Нилу, а затем от местечка Вади-Гальфа продолжали путь до Новой Донголы. Места здесь были богаты всевозможною дичью, и путешественники только радовались, видя, как увеличиваются их коллекции. Но в Донголе случилось большое несчастье: Оскар утонул во время купанья. Смерть его была большой утратой для всей экспедиции (не говоря уже о Брэме, горячо любившем брата), так как покойный был знатоком насекомых, которые были вообще мало известны Альфреду Брэму (оттого в его описаниях редко упоминаются насекомые, разве только такие, какие бросаются в глаза своей окраской или величиной, напр., некоторые жуки и бабочки). Оскара похоронили в пустыне, а караван 13 июня вернулся в Хартум, где был уже новый губернатор, Абдул-эль-Латиф-паша. Впрочем, и он гостеприимно принял путешественников. Мало того, он даже ссудил Брэма деньгами, когда у того истощились средства, а барон Мюллер не прислал новых. Из Хартума наш натуралист сделал экспедицию сначала в леса Голубого Нила, затем далеко за Сеннар. Экспедиции дали богатый материал для коллекций, особенно последняя: путешественники чуть не каждую ночь слышали рев львов, видели целые стада слонов и огромные стаи обезьян, охотились на крокодилов и бегемотов, собрали обширную коллекцию шкурок редких птиц…
В марте 1851 г. в Хартум пришло, наконец, давно ожидаемое письмо барона Мюллера, но содержание его было не радостно для Брэма: барон писал, что он совершенно обанкротился и потому не мог прислать денег. Положение Брэма было отчаянное: без денег, вдали от родины… Что может быть хуже этого? Хорошо еще, что местные мусульманские купцы, питавшие к нему уважение, ссудили его небольшими средствами. Но ведь не все же ему жить на чужой счет! Между тем приходилось содержать не только членов экспедиции, но и животных, которых набрался большой зверинец: тут были и птицы, и обезьяны, крокодилы, львица. Все эти дикие животные в умелых руках Брэма превратились в мирных друзей дома. Способности нашего натуралиста приручать зверей так удивляли арабов, что они прозвали Брэма колдуном.