Три года письменные источники молчат о судьбе Алевиза Нового и его спутников. И вдруг в июне 1503 г. крымский хан Менгли-Гирей в письме к Ивану III сообщает: "Нонеча слава Богу, на свои руки взял есми Дмитрия Ларева да Митрофапа Федорова Карачарова; и мастеры твои иуня месяца к нам приехав и челом ударили. Мастеры фрясские и с женами и с детьми и с девками к нам пришли". Посол Заболоцкий при ханском дворе уточняет дату приезда русских и итальянцев: "за две недели до Петрова Заговенья", т. е. не позже первых дней июня. В Бахчисарае посольство задержалось до сентября 1504 г. Особых причин такого длительного пребывания в ханской резиденции не было. Просто Менгли-Гирей хотел воспользоваться пребыванием у него итальянского зодчего, чтобы построить в Бахчисарае свой, затем ставший знаменитым, дворец. Алевиз Новый построил его за пятнадцать месяцев. Но время не пощадило дворец. До наших дней дошел только его портал, по которому мы можем судить о богатстве и великолепии всего сооружения.
Наконец после настоятельных требований Ивана III Менгли-Гирей отпускает Алевиза Нового и его спутников в Москву. Причем в сопроводительной грамоте дает восторженный отзыв об искусстве итальянца: "Алевиз мастер вельми добрый, не как иные мастеры, весьма великий мастер".
23 ноября 1504 г., как об этом сообщают летописи, спустя четыре года после выезда из Италии, Алевиз Новый прибывает в Москву.
Деятельность Алевиза Нового в Москве весьма разнообразна. Все работавшие до него архитекторы сосредоточили свои усилия главным образом в Кремле. Алевиз Новый строит не только там, но также и на посаде, в разных местах разросшегося и экономически окрепшего города.
Очевидно, Алевиз Новый обладал большими организаторскими способностями. За короткий срок он построил огромный дворец в Бахчисарае; всего четыре строительных сезона — с 1505 по 1508 г. — ему понадобилось для сооружения второго по величине собора в Москве. В 1508 г. он устраивает пруды и выкладывает белым камнем ров шириной 34 и глубиной 10 метров. Этот ров, ошибочно приписываемый Алевизу Старому, шел вдоль Красной площади и замыкал водяное кольцо вокруг кремлевской цитадели, ставшей еще более неприступной. С 1514 по 1519 г. он строит в разных частях города одиннадцать церквей. Алевиз Новый становится главным архитектором Москвы. Сооруженные им церкви способствовали формированию силуэта города и его архитектурно-пространственной композиции. На крутом взгорье в конце Ивановского переулка стоит церковь Владимира "в Старых садах" — одна из одиннадцати, построенных Алеви-зом. Местность эта была застроена в XVI веке, и над низкими деревянными домами возвышалась эта церковь.
XV и XVI века еще не знали типичных для более позднего времени трехчастных осевых композиций — колокольня, трапезная и сама церковь. Во времена Алевиза каменные церкви строились одним прямоугольным объемом с порталом на западном и апсидами на восточном фасадах. Вместо колокольни была звонница: или непосредственно вкомпонованная в объем, как в церкви Трифона в Напрудном, или же отдельно стоящее устройство для подвески колоколов. Лаконизм силуэта, белый камень или красный кирпич, который после Фиораванти прочно входит в практику русских строителей, очень точно найденное место в пространстве города — все это делало церкви неотделимыми от живописного пейзажа Москвы начала XVI века.
И все же самым значительным произведением Алевиза Нового остается Архангельский собор в Кремле.
Три собора на площади Кремля поделили между собой обязанности в придворном религиозном быту русских царей: Благовещенский, некогда соединявшийся крытым переходом с Теремным дворцом, служил домовой церковью; Успенский — главная святыня Мое ковского государства, где русских царей венчали на царство и хоронили патриархов; Архангельский — вплоть до конца XVII века служил царской усыпальницей. Таким образом, Успенский собор представлял духовную власть, тогда как Архангельский — светскую. Это в какой-то степени повлияло на его архитектуру.
Спустя год после появления в Москве Алевиз Новый приступает к сооружению Архангельского собора на том месте, где стояла небольшая белокаменная церковь Архангела Михаила, построенная еще при Иване Калите. К началу XVI века она пришла в ветхость, и в 1505 г. ее снесли.