Для творческого развития Золя роман «Завет умершей» имел определенное значение. Все пристальнее изучает он нравы Второй империи, все больше его волнует современность. И если Золя не удался образ Даниэля, который получился надуманным и ходульным, то многие обличительные сцены романа оказались весьма яркими. Живо написан Золя некий Телье — типичный представитель империи, один из ее столпов. Он мнит себя великим политиком, но на деле это беспринципный и тупой человек, управляющий государством, «как привратница швейцарской». Резко сатиричен в романе Лорен — ловкий спекулянт, мерилом всего считающий деньги. Перед нами проходит галерея персонажей, представляющих высший свет общества времен Второй империи. Золя выразительно рисует духовную опустошенность, ограниченность и пошлость этих людей, наделенных весьма пестрыми биографиями.
Толчком к написанию романа послужила газетная заметка, опубликованная в марсельской газете «Семафор» за 1831 год. И эту деталь следует отметить. Интерес Золя к подлинным документам будет непрерывно расти и станет одной из основ его творческого метода.
Историю создания романа «Марсельские тайны» рассказал сам Золя в предисловии к изданию 1883 года:
«Дело происходило в 1867 году, в пору моих первых литературных начинаний. В то тяжелое для меня время я не всегда имел кусок хлеба. И вот в один из таких дней беспросветной нужды ко мне с деловым предложением явился издатель марсельского листка «Мессаже де Прованс». Желая привлечь читателей к своей газетке, он задумал выпустить в свет роман под заглавием «Марсельские тайны», положив в основу его действительные события. Для этого он брался собственноручно перерыть все бумаги в судебных архивах Марселя и Экса и переписать протоколы самых крупных процессов, которые волновали оба города за последние полстолетия… Я принял его предложение, хотя чувствовал, что оно не отвечает ни моим склонностям, ни характеру моего дарования. Но в тот период своей газетной деятельности я скрепя сердце еще не тем занимался. «Марсельские тайны» должны были давать мне на протяжении девяти месяцев без малого по двести франков. Словом, мне неожиданно улыбнулось счастье. Получив целую груду объемистых папок, я тут же принялся за дело. Для главной интриги моего романа я взял самый нашумевший процесс, а вокруг него постарался расположить остальное, связав все единой повествовательной нитью. Конечно, здесь это сделано довольно грубо; и все же ныне, перечитывая гранки, я вдруг понял, что по воле случая все эти подлинные факты, собранные воедино, помогли мне в пору моих первых творческих исканий написать произведение вполне профессиональное, хотя и ремесленническое. Позднее в моей литературной деятельности я неизменно прибегал к такому приему».
Роман «Марсельские тайны» начал печататься в «Мессаже де Прованс» 1 марта 1867 года. Затем он выходил отдельными частями в Марсельском издательстве. В отличие от «Завета умершей» роман нашел своего читателя и в 1872 году был вновь напечатан в республиканской газете «Корсар» под названием «Социальная дуэль», а в 1879 году в газете «Ля Лантерн».
Демократические устремления Золя сказались в этом романе с особенной отчетливостью. Сюжет его построен на столкновении двух общественных сил. На одной стороне мы видим простых тружеников — мелких служащих, рабочих, на другой марсельскую знать — дворян и крупных буржуа. История Филиппа Каноля, полюбившего юную Бланш и похитившего ее из дома богатого аристократа Казалиса, дает возможность писателю показать, с какой силой знатность, власть, деньги, весь административный и судебный аппарат государства обрушиваются на бедного юношу, осмелившегося забыть о социальных и сословных перегородках. Филипп арестован, ему грозят наказание у позорного столба и тюремное заключение. С большими трудностями спасают Филиппа его брат Мариус, цветочница Фина и множество других простых людей, которые посочувствовали несчастью молодого человека. Позднее с таким же трудом Мариусу приходится спасать сына Филиппа и Бланш. Полиция, суд, церковь — все поставлено на защиту знатности и богатства, и все направлено против бедняка, лишенного не только хлеба, но и закона. Однако Золя далек от радикальных выводов. Он ищет и находит добрых аристократов (Жирус), добрых промышленников (господин Мартели), добрых священников (аббат Донади). Герой романа Мариус видит вокруг себя вопиющие общественные пороки, возмущается ими, но сам он человек осторожный, стоящий далеко от политики. Филипп, который в конце романа становится левым республиканцем и поднимает рабочих на борьбу за социальную справедливость, характеризуется Золя как человек неуравновешенный и потому приносящий больше вреда, чем пользы. Политические убеждения Золя расплывчаты, но тем не менее ему удается воссоздать колоритную картину общественных нравов Марселя накануне и во время революции 1848 года.