Ход событий разочаровал Самозванца в его отборном войске — поляках, сразу отступивших от него после зимнего поражения и заставил его обходиться всяким сбродом, в изобилии пристававшим к нему в пределах Московского государства. Самозванцу приходилось теперь на этой силе строить все свои надежды и планы, и он развил ее до огромных размеров. От степей Днепра и Дона до Уральских гор на восток и до берегов Чёрного моря на юге, все казаки и боевые татары призывались им к оружию; им было назначено собраться в, известный главарям, заранее намеченный пункт. Собрав громаду наёмного войска, жаждавшего богатой добычи, Лжедмитрий предполагал двинуть его на Москву, оставляя по пути гарнизоны и увеличивая свои силы новобранцами. Таким образом столица была бы окружена огромными силами и не имела бы возможности получить подкреплений из окраин страны. Этот смелый план Самозванец выработал в Путивле, вернувшись снова к тем намерениям, которые он питал ещё в Брагине. В средине марта отправлены были гонцы на Дон, Волгу, Терек и Урал, и уже через месяц Лжедмитрию донесли о скором прибытии новых войск. Донские казаки не только сами отозвались на призыв Лжедмитрия, по ещё оказали ему весьма существенную услугу, успев привлечь на его сторону ногайских татар, которых в Москве считали преданными Годунову. В апреле посланы были подарки крымским татарам, и это оказалось прекрасным средством заручиться их признанием и содействием.
Известие о новом походе Самозванца, грозящем захватить Москву снова смутили покой Бориса Годунова, и ему стало не до свадьбы дочери. Он начал собирать военный совет, чтобы решить кого отправить главным воеводой против вновь поднявшихся мятежников. Узнав о причине задержки начала свадебных обрядов Петр Басманов вне себя воскликнул, находясь перед царем:
— Как жестоко расплачиваюсь я за то, что некогда отпустил на волю расстригу Григория Отрепьева. Нынче он грозит мирное Московское царство, где я надеялся обрести семейное счастье, спалить огнем и утопить в крови!
— Так Самозванец в самом деле Гришка Отрепьев? — нахмурившись, спросил у него Борис Годунов.
— Да, сомнений нет. Я лично видел его в Макарьевской обители и возле Новгород-Северского, — кивнул головой воевода Басманов.
— Тогда напрасно грешил я на поляков, думая, что они виной появления моего злейшего врага, — медленно проговорил царь Борис. — Тесто, из которого слепили Самозванца замешано в Москве. Это Романовы играют со мной кровавыми шахматами грозного губительного Рока, не опасаясь праведного Предвечного неподкупного Судии, перед которым все земные цари не более чем нищие, питающиеся жалким подаянием.
— Романовы? Как они связаны с Расстригой? — непонимающе посмотрел на царя Петр Басманов.
— Ксения Шестова, жена Федора Романова, двоюродная сестра Григория Отрепьева, — хмуро объяснил будущему зятю Борис Годунов.
— О, как я был слеп!!! — потрясенно воскликнул молодой воевода, и упал перед царем на колени. — Государь, отправьте меня в поход! Я исправлю свой промах и или привезу вам отрезанную голову Самозванца, или сам паду в бою!
— Не вини себя, Петр, не решился Гришка Отрепьев на воровское дело, так нашли бы другого Самозванца для Смуты мои недруги-бояре. Встань, сын мой, и не думай о плохом! На тебя вся наша надежда, и ты, я знаю, нашу семью не подведешь! — Борис Годунов отечески поднял молодого воеводу с колен. — Дам тебе отборное войско, рази врага! Когда вернешься в Москву с победой, то тут же патриарх Иов обвенчает тебя с Ксенией.
Петр с благодарностью взглянул на великодушного царя и еще раз пылко уверил его в своей преданности. Оставалось написать разрядные листы, назначающих воевод снова бороться с Самозванцем, и это дело поручили думным дьякам, наказав им приготовить грамоты к завтрашнему дню.
В следующий день, 23 апреля 1605 года, ничто не предвещало беды. После торжественного приёма датских послов, царь Борис угощал их пасхальными блюдами на пиру в Золотой палате, намереваясь после приложить свою печать к военным грамотам для Петра Басманова. Однако едва он встал из-за стола, как у него открылось сильнейшее кровотечение из носа, рта и ушей. Тщетно дворцовые лекари пытались остановить кровь государя. Через два часа Борис Годунов скончался, едва успев перед смертью постричься в иноки с именем Боголепа под плач верной жены и детей.
Внезапно умершего Бориса Годунова похоронили через три дня в усыпальнице государей московских, в Архангельском соборе московского Кремля. Весь народ при погребении громко вопил и плакал, сокрушаясь о потере царя, бывшего щедрым на подаяние сирым и убогим. Горе едва не убило вдову Годунова, но материнская любовь к своим детям заставила ее быстро совершить ряд поступков, направленное на укрепление их царского положения.