В сентябре САНО отправляет в Мехико 1111 сапатистов для встреч с гражданским обществом и независимыми организациями. Цель этих встреч — организация мирных мобилизаций с требованием выполнения договоров Сан-Андреса, демилитаризация Чьяпаса и освобождение десятков заключенных сапатистов.
Официальные власти все чаще говорят о необходимости «восстановления национального суверенитета» над сапатистскими территориями. Боевики регулярно убивают представителей гражданских сапатистских властей и угрожают иностранным наблюдателям. Жители многих сапатистских селений под давлением боевиков вынуждены бежать из родных мест в лагеря для беженцев, находящиеся под контролем международного Красного креста и неправительственных организаций. 4 ноября, накануне визита Папы Римского, происходит покушение на епископа Сан-Кристобаля Самуэля Руиса — последовательного защитника прав индейцев и через два дня — на его сестру.
22 декабря, несмотря на все предупреждения и заверения властей о «полном контроле над ситуацией», ультраправые боевики учиняют в деревушке Актеаль бойню, жертвами которой становятся 45 человек, в большинстве своем женщины и дети. Расправа длилась больше 6 часов, все это время в 200 метрах от места трагедии находилась полиция, вмешавшаяся только после окончания бойни, чтобы… помочь преступникам спрятать трупы.
1998 год начинается в обстановке крайней напряженности. Войска, полиция и боевики продолжают нападения на гражданские общины, гибнут и пропадают без вести десятки мирных жителей, власти ведут охоту на генеральное командование САНО. Из Мексики депортируют множество иностранцев — журналистов, сотрудников неправительственных организаций и наблюдателей за соблюдением прав человека. Все они обвиняются во вмешательстве во внутренние дела страны. Пока в Мехико правительство говорит о стремлении к возобновлению диалога и отсутствии у него агрессивных намерений, федеральные силы штурмуют безоружные индейские селения, 38 танкеток по четыре раза в день проводят «военные парады» в самом центре общины Ла-Реалидад и военная авиация ведет постоянные маневры, пикируя на хижины индейцев в сельве. В течение практически всего этого года САНО пребывает в молчании, отдавая приоритет организации ненасильственных гражданских акций давления на правительство с целью выполнения договоренностей Сан-Андреса. В конце года САНО выступает с инициативой о проведении «Национальной консультации для признания индейских народов и прекращения войны на уничтожение». Одновременно с этим САНО заявляет, что в сложившейся ситуации диалог с правительством совершенно невозможен и определяет в качестве своего единственного собеседника гражданское общество.
В воскресенье 21 марта 1999 года, рассредоточившись по всей Мексике, почти пять тысяч сапатистских делегатов — по одному на каждый из муниципалитетов страны и тысячи добровольцев проводят общенациональную консультацию, вопросы которой связаны с необходимостью конституционного признания прав и культуры индейских народов. В ней принимают участие 2 миллиона 800 тысяч человек по всей Мексике и 48 тысяч мексиканцев, проживающих за границей, главным образом, в Соединенных Штатах. Ответ подавляющего большинства: «да» — признанию прав индейцев и «нет» — войне. Реакцией правительства становится телевизионное шоу о «сдаче сапатистами оружия и униформ федеральной армии». Через несколько дней выясняется, что в роли сапатистов-дезертиров были боевики из группы МИРА, и что за выступление в эфире им заплачено натурой (коровами) и деньгами.
Через две недели после проведения консультации спецподразделения полиции штата берут штурмом муниципалитет Сан-Андреса и взамен избранных сапатистских властей, сажают в кабинеты представителей ИРП. Проправительственная пресса сообщают новость о «конце еще одного сапатистского муниципалитета». Тем не менее, на следующий день около трех тысяч гражданских сапатистов мирным путем восстанавливают контроль над административным центром и берут его под свою охрану.
В этом же 1999 году начинается крупнейшая в истории Мексики забастовка главного вуза страны — УНАМ. Студенты и преподаватели требуют ограничить приватизацию образования. Многие из них становятся регулярными посетителями Лакандонской сельвы, где происходит постоянный обмен опытом и идеями. Сапатисты заявляют о своей поддержке студенческого движения и ведут постоянные дискуссии о путях совместного сопротивления.
В феврале 2000 года федеральная полиция Мексики нарушает университетскую автономию и, чтобы положить конец забастовке, входит на территорию УНАМ. Сотни студенческих руководителей и преподавателей оказываются за решеткой. САНО выступает с заявлением, осуждающем насилие и организует акции солидарности с заключенными студентами.