Борис Годунов не посмел преследовать вдову-царицу Марию Нагую, но всеми мерами старался укоренить в обществе взгляд на царевича Дмитрия как на незаконнорожденного. По воле отца царевич получил во владение Угличское удельное княжество. Стараниями Годунова его права на удел были ограничены и почти упразднены.
Афанасий Нагой был величайшим мастером политических интриг. Он готов был пустить в ход все возможные средства, чтобы доставить трон Дмитрию. Нагие и Шуйские принадлежали к противоположным полюсам политической жизни, но их объединяла вражда к правителю.
Оказавшись в изоляции, Годунов прибегнул к насильственным действиям. По замечанию В. О. Ключевского, современники верно понимали затруднительное положение Бориса при царе Федоре: оно побуждало бить, чтобы не быть побитым.
Джером Горсей был поражен переменами, когда явился в Москву в 1586 г. «Я был огорчен, — писал англичанин, — увидев, какую ненависть возбудил в сердцах и во мнении большинства князь-правитель, которым его жестокости и лицемерие казались чрезмерными».
Сослав Шуйских в деревню, Борис приказал следить за каждым их шагом. Регент Иван Петрович Шуйский из Кинешмы был переведен в суздальскую вотчину — село Лопатниче. Не позднее весны 1587 г. боярин ездил к вдове царевича Ивана Ивановича в Покровский монастырь в Суздале. Вскоре старица посетила Шуйского в Лопатниче.
Борис заподозрил неладное и отрядил в Суздаль бывших опричников — боярина князя Дмитрия Хворостинина и казначея Дмитрия Черемисинова. Они провели розыск в монастыре. Вслед за тем в село прибыл князь Иван Туренин, родня и доверенное лицо правителя. Он арестовал боярина и под охраной отвез на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре регента насильно постригли в монахи. Монастырь стал местом одновременного заточения двух главных душеприказчиков Грозного — Мстиславского и Шуйского.
Старец Иов Шуйский недолго жил в глухой северной обители. В конце 1588 г. по всей стране прошла молва о его смерти. Англичане Джильс Флетчер и Джером Горсей, летописцы московские и псковские упомянули о том, что «великий боярин» был убит по приказу Бориса. Но кто может сказать, записали ли они достоверные сведения или клеветнические слухи? Рассеять сомнения помогают подлинные документы, найденные в фондах Кирилло-Белозерского монастыря.
На страницах монастырских вкладных книг кирилловские монахи записали, что 12 ноября 1588 г. в их обитель прибыл пристав князь Туренин, а 28 ноября этот пристав внес большое денежное пожертвование на помин души князя Ивана Шуйского. «А корм на преставление его (князя Шуйского. — P.C.), — отметили старцы, — ноября в 16 День». Очевидно, Туренин не мог пожертвовать деньги на опального без прямого царского повеления. Чтобы снестись с Москвой, ему нужен был самое малое месяц. Следовательно, распоряжение из столицы он не мог получить раньше середины декабря. Как же случилось, что Туренин «упокоил» душу опального в ноябре, на 12-й день после его кончины? Неизбежно предположение, что правитель поручил Туренину не только привезти Шуйского на Белоозеро, но и убить его.
По словам псковского летописца, Борис «утуши сеном» бывшего опекуна. Аналогичные сведения сообщает англичанин Горсей. Боярина удушили «дымом от зажженного сырого сена и жнива». Самый способ казни свидетельствовал о том, что Борис старался убрать соперника без лишнего шума. В тех же целях был затеян маскарад с пострижением.
Казнь Шуйского можно назвать поистине «благочестивым» убийством. Московские государи перед кончиной обычно надевали иноческое платье. Не всем это удавалось.
Грозный сподобился пострижения уже после того, как испустил дух. По понятиям людей того времени, «ангельский образ» облегчал потустороннюю жизнь.
Сколь бы критической ни казалась ситуация, убийство Шуйского было продиктовано не трезвым политическим расчетом, а чувством страха. Пострижение регента покончило с его светской карьерой, ибо в мир он мог вернуться лишь расстригой. По словам Горсея, все оплакивали знаменитого воеводу. Репутация Годунова была загублена окончательно. Отныне любую смерть, любую беду молва мгновенно приписывала его злой воле.
Признанным главой антигодуновского заговора был Андрей Шуйский, но его казнь была отсрочена на год. Согласно семейным преданиям, князя Андрея умертвили в тюрьме 8 июня 1589 г. Его палачом стал стрелецкий голова Смирной Маматов. Местом гибели боярина называют разные места, включая Буй-город, Каргополь и Самару. Дата смерти не поддается проверке.