Оранский и Эгмонт не были привлечены к обсуждению реорганизации в Государственном совете, но внешне все выглядело так, будто они несли за нее ответственность. То же самое произошло при рассмотрении весьма щекотливого вопроса о выводе из Нидерландов испанских войск. Принц упорно возражал против подобной практики: в июле 1561 г. они с Эгмонтом отправили королю резкое письмо, в котором требовали обсуждения всех дел на пленарном заседании совета. Ответа не последовало, и оппозиция усилилась. Друг Оранского Филипп де Монморанси, граф Горн, теперь уже в Государственном совете стал на сторону Оранского и Эгмонта, и они втроем противостояли планам короля об использовании специального отряда кавалерии в войне против французских гугенотов. После этого от Гранвеллы и правительницы — с 1559 г. Маргариты Пармской — поступила жалоба Филиппу: Оранский и его друзья вызывают беспорядки в стране.
Вильгельм и его коллеги в Государственном совете вынесли дело об аббатствах и кавалерийском отряде на собрание рыцарей ордена Золотого Руна, в результате чего королю Франции было отказано в любой помощи в его борьбе против гугенотов на том основании, что это вызовет неодобрение и раздражение германских князей. В событиях видна рука Оранского: благодаря его браку с Анной Саксонской, дочерью покойного курфюрста Морица, в августе 1561 г. усилилось влияние гессенских и саксонских родственников.
Из собрания рыцарей Золотого Руна в мае 1562 г. образовалась лига дворян, которая под предводительством принца выступала против Гранвеллы и абсолютистской политики короля. От ее имени Оранский потребовал на Государственном совете созыва Генеральных штатов. В этом оппозиционном движении, в основном направленном против всемогущего Гранвеллы, Оранский являлся руководящей фигурой и в качестве таковой был признан как друзьями, так и врагами.
Правительница и Гранвелла опасались, что Оранский и его друзья будут противостоять правительству и королю, применяя насильственные методы. Недовольство короля выразилось в том, что он не послал принца в качестве своего уполномоченного на рейхстаге во Франкфурте, который собрался по поводу избрания Максимилиана II. После этого Вильгельм совершил вызывающий поступок — отправился туда по собственной инициативе и оставался там до декабря, вел переговоры с германскими делегациями об участии рейхстага в борьбе против религиозных преследований.
Пребывание в Германии способствовало усилению агрессивной позиции принца. В марте было отправлено письмо королю Филиппу: Оранский, Эгмонт и Горн как члены Государственного совета требовали отставки Гранвеллы. В послании указывалось, что если требование не будет выполнено, они обратятся с ходатайством о своем выходе из Государственного совета. Гранвелла утверждал, что инициатором этой акции был Оранский. Поскольку ответа не последовало, Оранский пишет новое письмо: Гранвелла должен уйти, а до тех пор, пока это не произойдет, принц и его друзья присутствовать на Государственном совете не будет. Король Филипп и Маргарита Пармская теперь твердо убеждены: Оранский виноват во всем. А потому следовало — именно так — усилить наблюдение за его отношениями с германскими родственниками. Брат принца Людвиг Нассау был тогда посредником между Оранским и его германскими друзьями; с ним Вильгельм обсуждал план возможной вербовки ландскнехтов. Маргарита с недовольством следила за частыми поездками Людвига Нассау, жившего при дворе принца. 13 марта 1563 г. последовала отставка Гранвеллы. Настало время триумфа для Оранского, который теперь вернулся в Государственный совет и занял ведущее положение в государстве. Слишком долго можно описывать многочисленные раздоры, возникшие потом между Оранским и правительством, но нужно заметить, что после пережитого успеха политика Вильгельма стала менее радикальной. Принц доказывал свою верность католической церкви столь убедительно, что никто не мог заподозрить его в терпимости к кальвинизму.
По отношению к папе римскому он вел себя лояльно, хотя в его наследном княжестве Оранском к католической церкви относились иначе. Вильгельм вызвал неприязнь у нидерландских кальвинистов, и Людвиг предостерегал его от этих фанатиков. С другой стороны, он с большим интересом следил за развитием гугенотского движения во Франции и даже рассчитывал на его возможную помощь в борьбе против Испании. Принц сохранил тесные отношения с теми теологами, которые выступали за равенство между религиями, и не прекратил поддерживать связь с германскими родственниками-лютеранами и друзьями, в чем неустанную помощь оказывал ему Людвиг. Хотя Оранский называл себя верным слугой короля, он решительно противостоял его централизованной абсолютистской политике, но всячески избегал любых отношений со сторонниками радикальных мер, осевшими за пределами страны. И тем не менее все нити оппозиции вели к принцу. Создается впечатление, что события увлекли его за собой, и он чувствовал себя вожаком целого движения, целей которого в тот момент еще не видел.
После отъезда Гранвеллы Оранский и его друзья вернулись в Государственный совет и попытались усилить влияние дворянства и Генеральных штатов. Принцу даже удалось добиться от Маргариты Пармской более мягкого отношения к религиозным вопросам, и это произошло как раз в тот момент, когда король приказал огласить решение Тридентского собора, в котором указывалось, что светские инстанции по делам Инквизиции подчиняются епископам. Между тем под духовным руководством Оранского оппозиция настолько усилилась, что до 1565 г. новые епископства еще не были созданы и публикация решений Тридентского собора была возможна только с ограничительными оговорками.
31 декабря 1564 г. принц произнес в Государственном совете памятную речь, которая однозначно определила его позицию в религиозном вопросе, однако его собственные религиозные убеждения остались невысказанными. Он считал, что король должен знать об опасности всеобщих беспорядков из-за религиозных гонений, поэтому решения Тридентского собора сейчас нельзя было претворять в жизнь. По его мнению, постановления по вопросу религии были слишком строгими. Монарх не имеет права самовольно навязывать веру своим подданным! Негодующий принц заявил, что об этом нужно немедленно сообщить королю. Сам Оранский отклонил предложение лично сделать это, но в инструкциях Эгмонту, который собирался ехать в Испанию, было указано на смуту, вызванную гонением на еретиков, а также содержалось условие: если король не сможет лично прибыть в Брюссель, то пусть предоставит правительнице полномочия, позволяющие смягчить религиозные указы. Указания Эгмонту — прямое следствие речи Оранского, — звучали как ультиматум принца королю, монарх так их и воспринял.
Вернувшись в мае 1565 г., Эгмонт высказал соображение, что, вероятно, в скором времени можно будет ожидать некоторого послабления. Но принц, напротив, считал, что король останется непреклонным, и когда в ноябре 1565 г. стали известны его пресловутые письма из леса в Сеговии, оказалось, что Оранский был прав. Все осталось по-прежнему, преследования еретиков продолжались, и правительнице запретили созывать Генеральные штаты. Таков приказ короля.
В это время в стране возросло недовольство. Оппозиция приобрела революционный характер. В связи с этим дворянству пришлось пойти на компромисс. Оранский настаивал на прямом и абсолютном неповиновении королевским приказам: только так, считал он, сопротивление достигнет цели. Те же, кто до этого сдержанно и нерешительно поддерживали оппозицию: герцог Эршо, сеньоры Берлеймона, Нуакарма и др., — теперь еще больше отдалились от Оранского и его друзей. Так как исчезли все препятствия в виде придерживающихся закона политических кругов, принц и его приверженцы попали под влияние повстанческих элементов, которые в конце 1565 г. сосредоточились вокруг «дворян». Остается открытым вопрос, сам ли принц выбрал этот радикальный курс, хотя известно, что преданный ему брат Людвиг, охваченный революционными идеями, разъезжал по стране, вербуя сторонников.